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万見
- PDB-8zak: Crystal structure of the channel protein CorA from Campylobacter ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zak
タイトルCrystal structure of the channel protein CorA from Campylobacter jejuni in complex with Ni2+
要素Magnesium transport protein CorA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / channel
機能・相同性
機能・相同性情報


nickel cation transmembrane transporter activity / cobalt ion transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Magnesium/cobalt transport protein CorA / CorA, cytoplasmic domain / CorA, transmembrane region / Mg2+ transporter protein, CorA-like/Zinc transport protein ZntB / CorA-like Mg2+ transporter protein
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Magnesium transport protein CorA
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ahn, S.Y. / Yoon, S.I.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2023-00208153 韓国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024
タイトル: Structural and biochemical analysis of the unique interactions of the Campylobacter jejuni CorA channel protein with divalent cations.
著者: Ahn, S.Y. / Lee, S.J. / Yoon, S.I.
履歴
登録2024年4月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Magnesium transport protein CorA
B: Magnesium transport protein CorA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,98310
ポリマ－64,2892
非ポリマー6948
水73941
1
A: Magnesium transport protein CorA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4915
ポリマ－32,1451
非ポリマー3474
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13240 Å2
手法PISA
2
B: Magnesium transport protein CorA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4915
ポリマ－32,1451
非ポリマー3474
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area12260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.742, 95.742, 110.905
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROLEULEU(chain 'A' and (resid 0 through 6 or (resid 7...AA0 - 206 - 26
12GLNGLNLEULEU(chain 'A' and (resid 0 through 6 or (resid 7...AA23 - 5129 - 57
13LEULEUASPASP(chain 'A' and (resid 0 through 6 or (resid 7...AA64 - 8570 - 91
14ILEILEARGARG(chain 'A' and (resid 0 through 6 or (resid 7...AA96 - 207102 - 213
15ALAALAILEILE(chain 'A' and (resid 0 through 6 or (resid 7...AA209 - 261215 - 267
26PROPROLEULEU(chain 'B' and (resid 0 through 7 or (resid 8...BB0 - 206 - 26
27GLNGLNLEULEU(chain 'B' and (resid 0 through 7 or (resid 8...BB23 - 5129 - 57
28LEULEUASPASP(chain 'B' and (resid 0 through 7 or (resid 8...BB64 - 8570 - 91
29ILEILEARGARG(chain 'B' and (resid 0 through 7 or (resid 8...BB96 - 207102 - 213
210ALAALAILEILE(chain 'B' and (resid 0 through 7 or (resid 8...BB209 - 261215 - 267

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要素

#1: タンパク質 Magnesium transport protein CorA


分子量: 32144.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: corA, FPQ34_01795 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6C7N0T6
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 400, lithium sulfate, Tris / PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 20759 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 41.37 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1010 / CC1/2: 0.71 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→29.26 Å / SU ML: 0.2627 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.3661
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 981 4.74 %
Rwork0.1989 19729 -
obs0.2012 20710 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3936 0 32 41 4009
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00684018
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83085449
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0517646
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047691
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.84981454
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.530.27661380.23072734X-RAY DIFFRACTION99.03
2.53-2.680.26121270.22022762X-RAY DIFFRACTION99.69
2.68-2.890.26021360.21422775X-RAY DIFFRACTION100
2.89-3.180.30211500.21522799X-RAY DIFFRACTION99.97
3.18-3.640.25311570.19372786X-RAY DIFFRACTION100
3.64-4.590.21471220.1752879X-RAY DIFFRACTION99.97
4.59-29.260.22491510.2012994X-RAY DIFFRACTION99.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.789948145540.4907068813981.597688745493.069841419710.3155017850547.001055523920.0418255416307-0.813748605979-0.5192868271471.109340110170.308291389257-0.287895343813-0.337159732909-0.273965158313-0.1337917961490.8585580961490.1301004598170.1332015634290.5412192227440.2602694534430.36345632094430.2756845845-18.872426850238.4973951464
20.2499867566320.950875987220.0430611195154.061599720350.3340468421080.05217998209360.149381687066-0.1921364832290.07449838422040.743846994639-0.0226187875063-0.2033751882360.04095311037440.193704302978-0.1330164264760.4625811609430.001874405854680.01346409007560.422943849135-0.03800901650470.31926520298333.2793103432-4.4108413241433.4859583512
30.589222006364-0.3684114333430.06327416243592.292843706780.03860769712081.997921174710.0469101876889-0.172198577143-0.2073107854470.129056313611-0.03097572531790.1286551123670.274413895957-0.14881151091-0.0320235471570.3323037937610.01031875792350.05276290959670.2903802852790.0495041539610.32447923494928.6816915674-13.763660561715.8002590896
44.57371670613-0.4606078498383.410486381072.27833397961-0.05324193580315.229424463960.04040198090490.0811810513131-0.0942875709027-0.12569064486-0.007549528409260.229268216560.123408937254-0.0331972236251-0.03565322946470.276896430724-0.02064486652610.04272151317390.2222078380930.05239452081370.29596071283528.4174924849-12.30254320772.77374695389
53.88661163251-2.410390333390.2434471898525.45245328168-0.5956536905324.00085114320.269927467304-0.00220056037315-0.172583713482-0.444127386527-0.02202828409190.351045694630.305368599129-0.39090266967-0.211133930110.321512258231-0.0227215709993-0.06784782071590.301758647805-0.01649017249180.30420981596420.95392521083.87021373808-22.0515539124
61.11747213396-0.366267966924-1.819842922271.176444211571.168414173497.39767993686-0.0383930836555-0.04638947027590.0153772613448-0.141299873504-0.02152770873250.128925620380.03331541291550.06121218565020.03487828016030.2650644289180.0312692839811-0.03396806322140.2078509709630.01697937204020.26619971799928.5770241294.956880532322.8164180827
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 28 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 29 through 59 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 60 through 181 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 182 through 262 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 0 through 139 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 140 through 263 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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