PDB-8zah: Crystal structure of the channel protein CorA from Campylobacter ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zah

タイトル

Crystal structure of the channel protein CorA from Campylobacter jejuni

要素

Magnesium transport protein CorA

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / channel

機能・相同性

機能・相同性情報

nickel cation transmembrane transporter activity / cobalt ion transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Ahn, S.Y. / Yoon, S.I.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024
タイトル: Structural and biochemical analysis of the unique interactions of the Campylobacter jejuni CorA channel protein with divalent cations.
著者: Ahn, S.Y. / Lee, S.J. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2024年4月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb8zah.ent.gz	168.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8zah_validation.pdf.gz	451.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zah_full_validation.pdf.gz	453.4 KB	表示
XML形式データ	8zah_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	8zah_validation.cif.gz	26 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/8zah ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/8zah	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8zakC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Magnesium transport protein CorA

B: Magnesium transport protein CorA

ヘテロ分子

64.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Magnesium transport protein CorA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Magnesium transport protein CorA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.620, 95.620, 110.304
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	LEU	LEU	(chain 'A' and (resid 0 through 18 or (resid 19...	A	A	0 - 20	6 - 26
1	2	SER	SER	ALA	ALA	(chain 'A' and (resid 0 through 18 or (resid 19...	A	A	22 - 39	28 - 45
1	3	ILE	ILE	LEU	LEU	(chain 'A' and (resid 0 through 18 or (resid 19...	A	A	42 - 51	48 - 57
1	4	LEU	LEU	ASP	ASP	(chain 'A' and (resid 0 through 18 or (resid 19...	A	A	64 - 85	70 - 91
1	5	ILE	ILE	ARG	ARG	(chain 'A' and (resid 0 through 18 or (resid 19...	A	A	96 - 198	102 - 204
1	6	ARG	ARG	LYS	LYS	(chain 'A' and (resid 0 through 18 or (resid 19...	A	A	200 - 206	206 - 212
1	7	ALA	ALA	GLU	GLU	(chain 'A' and (resid 0 through 18 or (resid 19...	A	A	209 - 262	215 - 268
2	8	PRO	PRO	LEU	LEU	(chain 'B' and (resid 0 through 6 or (resid 7...	B	B	0 - 20	6 - 26
2	9	SER	SER	ALA	ALA	(chain 'B' and (resid 0 through 6 or (resid 7...	B	B	22 - 39	28 - 45
2	10	ILE	ILE	LEU	LEU	(chain 'B' and (resid 0 through 6 or (resid 7...	B	B	42 - 51	48 - 57
2	11	LEU	LEU	ASP	ASP	(chain 'B' and (resid 0 through 6 or (resid 7...	B	B	64 - 85	70 - 91
2	12	ILE	ILE	ARG	ARG	(chain 'B' and (resid 0 through 6 or (resid 7...	B	B	96 - 198	102 - 204
2	13	ARG	ARG	LYS	LYS	(chain 'B' and (resid 0 through 6 or (resid 7...	B	B	200 - 206	206 - 212
2	14	ALA	ALA	GLU	GLU	(chain 'B' and (resid 0 through 6 or (resid 7...	B	B	209 - 262	215 - 268

#1: タンパク質	Magnesium transport protein CorA 分子量: 32144.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 遺伝子: corA, FPQ34_01795 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6C7N0T6
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.27 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 400, lithium sulfate, Hepes

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2022年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 30273 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 29.33 Å² / CC_1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1476 / CC_1/2: 0.657 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→29.16 Å / SU ML: 0.265 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.0214
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2482	1506	4.99 %
R_work	0.2121	28655	-
obs	0.214	30161	98.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3965	0	30	85	4080

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0075	4052
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8859	5495
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0599	650
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	698
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.9893	2464

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.17	0.2996	153	0.2707	2554	X-RAY DIFFRACTION	98.72
2.17-2.25	0.2887	118	0.2538	2556	X-RAY DIFFRACTION	98.82
2.25-2.34	0.2747	120	0.2456	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.23
2.34-2.44	0.2675	130	0.2406	2567	X-RAY DIFFRACTION	99.3
2.44-2.57	0.3015	146	0.2326	2590	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.57-2.73	0.2847	138	0.2226	2600	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.73-2.94	0.2989	110	0.2348	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.94-3.24	0.3037	152	0.2306	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.6
3.24-3.7	0.2225	125	0.1969	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.32
3.7-4.66	0.2072	163	0.1726	2618	X-RAY DIFFRACTION	98.58
4.66-29.16	0.2152	151	0.1999	2689	X-RAY DIFFRACTION	95.21

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.039694203	1.2118223872	-0.425001254228	2.15931114212	0.683890155852	0.702526324737	0.0109376217363	-0.403206166885	-0.650969311673	0.776186107048	0.220448209479	-0.0342255289086	0.161427938914	-0.168391092831	-0.215184060443	0.720363954719	0.11389975849	0.0509102227149	0.540469427002	0.193104069652	0.31030056556	29.5460358269	-20.6267328814	35.4610605758
2	1.45274223981	1.4037767209	1.04213119159	2.06344584687	-0.497610116847	3.93494817952	0.293341068186	-0.117102073079	0.346055688804	-0.0147878057811	-0.344879531772	0.175270447747	-0.931607951095	-1.15410042786	-0.407274804383	0.892383594889	0.267586041286	0.048203154611	0.6260342561	0.0722775024888	0.46535957964	30.2108293328	-15.3066239815	44.1536033797
3	0.273385025995	0.268269140159	-0.353902569056	2.34312110157	-0.0583800959076	0.546996907529	0.0604830403342	-0.1436418461	0.0222989965351	0.565200520571	0.0917256142323	-0.227788105174	0.0332060185172	0.127588635661	-0.0934955224443	0.377627429161	0.035804829167	-0.0195309170714	0.276781718711	0.0303556984967	0.225056585532	33.6548468311	-3.7470350724	26.6867984594
4	0.419513749956	0.172551293419	0.269690336897	2.66346567128	-0.819324035358	2.15864070811	-0.0654623032227	-0.127546955833	-0.196287427675	0.343315522553	0.0541858227398	-0.0319855475986	0.300821140473	0.0257654045026	-0.0136504137815	0.460167832835	0.0313723770716	0.0229010649179	0.358387463994	0.0475766851326	0.284647985777	29.7013453774	-15.2822524662	24.1684849905
5	2.00753175422	-0.65862587324	1.19435537016	1.64292101395	-0.15771850944	2.77088491591	0.168502122021	-0.150830212345	-0.298803548055	0.0396318880725	0.0429152097511	0.318053692147	0.49224741929	-0.326651083137	-0.278769125454	0.379425872736	-0.0158043290365	0.062215990189	0.251352375216	0.0539627505664	0.410287927343	23.2316504127	-19.088302123	4.27191601648
6	4.19067799119	-0.386825020964	2.55775154027	1.30489491753	-0.0202450560571	3.62009821808	-0.115359715481	-0.178321934561	0.0245240825627	0.07466385813	0.106791737855	0.0321087970653	0.0559257943797	-0.0831433072693	-0.0212662319128	0.300631165083	-0.0057853824848	0.0383396592482	0.182667722147	0.03205978098	0.18699454392	28.1722399136	-9.92612171302	6.47795181463
7	4.30475581123	-1.57675789854	3.51898869805	1.93711350277	-1.20919833175	4.20037028448	0.236442666212	-0.212476355927	-0.266607758623	-0.151621458527	0.01738696739	0.177843329384	0.43592774629	-0.157279196345	-0.361539157494	0.285292018608	-0.0537391686864	0.0202392921206	0.212075989677	0.0377074717811	0.227406618747	27.849814966	-14.2282572553	-1.83876818244
8	1.99812700506	-0.841149253392	-0.262549678762	2.68806504897	-0.859241985248	2.78284027947	0.108785625282	0.174924013539	-0.0203075820877	-0.339354063844	-0.00420957536383	0.0919556570813	0.115027879149	-0.27955933222	-0.110128528942	0.263854232009	0.00810598072837	-0.0167589946686	0.194446889578	-0.0196144751736	0.204436842909	21.1684983267	4.06529783048	-22.2232642237
9	0.592601573564	-0.194019053139	-0.689772436833	0.587045721951	0.341417433169	3.93141406074	-0.0138078850715	-0.134890582429	0.0652354456931	-0.01556987214	0.0624473202915	0.0231174819233	-0.0296142130558	0.0986574369684	-0.0578114757637	0.216968236732	0.0201991434368	-0.00123323743129	0.19394013561	0.00451338607586	0.244698723913	28.6603043192	5.08415490254	2.68111545564

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 18 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 28 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 29 through 97 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 98 through 139 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 140 through 181 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 182 through 220 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 221 through 263 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 0 through 139 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 140 through 263 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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