PDB-8zag: Crystal structure of SkABA3 from Shimazuella kribbensis in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zag

タイトル

Crystal structure of SkABA3 from Shimazuella kribbensis in complex with PPi

要素

Sesquiterpene synthases

キーワード

LYASE / SkABA3 / Sesquiterpene synthases / PPi

機能・相同性

PYROPHOSPHATE 2-

機能・相同性情報

生物種

Shimazuella kribbensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Li, S.Y. / Li, H. / Yang, Y. / Huang, J.-W. / Chen, C.-C. / Guo, R.-T.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Molecular insights into a distinct class of terpenoid cyclases.
著者: Li, S. / Huang, J.W. / Min, J. / Li, H. / Ning, M. / Zhou, S. / Yang, Y. / Chen, C.C. / Guo, R.T.

履歴

登録	2024年4月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月22日	Group: Database references / Refinement description カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_initial_refinement_model / refine Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_initial_refinement_model.accession_code / _pdbx_initial_refinement_model.source_name / _pdbx_initial_refinement_model.type / _refine.pdbx_starting_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zag.cif.gz	98.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zag.ent.gz	71.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zag.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8zag_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zag_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	8zag_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	8zag_validation.cif.gz	31.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/8zag ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/8zag	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8zacC 8zadC 8zaeC 8zafSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#116 - 2009年8月
硫酸転移酵素 (Sulfotransferases)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Sesquiterpene synthases

ヘテロ分子

47.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sesquiterpene synthases

ヘテロ分子

A: Sesquiterpene synthases

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.249, 64.607, 70.955
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.93, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-798- HOH
2	1	A-872- HOH

#1: タンパク質	Sesquiterpene synthases 分子量: 47504.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shimazuella kribbensis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2- 分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.55 M Sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris 6.5, 23% w/v PEG 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.9998 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2023年9月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9998 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→25 Å / Num. obs: 48426 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.026 / R_pim(I) all: 0.013 / R_rim(I) all: 0.029 / Χ²: 0.666 / Net I/σ(I): 18.6 / Num. measured all: 222383

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.6-1.66	4.5	0.097	4858	0.993	0.998	0.051	0.11	0.481	99.7
1.66-1.72	4.3	0.073	4803	0.995	0.999	0.04	0.084	0.486	99.6
1.72-1.8	4.7	0.061	4864	0.997	0.999	0.032	0.069	0.5	99.6
1.8-1.9	4.3	0.046	4780	0.998	0.999	0.025	0.053	0.54	99.5
1.9-2.02	4.7	0.036	4839	0.999	1	0.019	0.041	0.588	99.5
2.02-2.17	4.8	0.03	4867	0.999	1	0.015	0.033	0.66	99.6
2.17-2.39	4.8	0.025	4824	0.999	1	0.012	0.028	0.718	99.4
2.39-2.74	4.6	0.022	4856	0.999	1	0.012	0.025	0.795	99.3
2.74-3.44	4.4	0.021	4878	0.999	1	0.011	0.023	0.9	99.7
3.44-25	4.8	0.024	4857	0.998	1	0.012	0.027	0.959	97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8ZAF

8zaf

解像度: 1.6→23.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 1.842 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22388	2433	5 %	RANDOM
R_work	0.18137	-	-	-
obs	0.18349	45993	99.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.777 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.11 Å²	-0 Å²	-0.88 Å²
2-	-	0.94 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.6→23.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2911	0	12	374	3297

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2981
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2733
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.954	1.651	4035
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.543	1.572	6308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.295	5	354
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.156	21.136	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.487	15	520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.979	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	374
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3319
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	682
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.83	1.672	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.824	1.669	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.736	2.495	1776
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.739	2.495	1776
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.468	1.932	1556
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.467	1.933	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.764	2.791	2247
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.525	20.914	3698
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.454	20.351	3610
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.641 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	150	-
R_work	0.246	3411	-
obs	-	-	99 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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