PDB-8zad: Crystal structure of RuABA3 from Rutstroemia sp. NJR-2017a WRK4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zad

タイトル

Crystal structure of RuABA3 from Rutstroemia sp. NJR-2017a WRK4

要素

Aba 3 protein

キーワード

LYASE / RuABA3 / Sesquiterpene synthases / apo-form

機能・相同性

Aba 3 protein

機能・相同性情報

生物種

Rutstroemia sp. NJR-2017a WRK4 (菌類)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Li, S.Y. / Li, H. / Yang, Y. / Huang, J.-W. / Chen, C.-C. / Guo, R.-T.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Molecular insights into a distinct class of terpenoid cyclases.
著者: Li, S. / Huang, J.W. / Min, J. / Li, H. / Ning, M. / Zhou, S. / Yang, Y. / Chen, C.C. / Guo, R.T.

履歴

登録	2024年4月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zad.cif.gz	94.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zad.ent.gz	68.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zad.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8zad_validation.pdf.gz	434.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zad_full_validation.pdf.gz	436.9 KB	表示
XML形式データ	8zad_validation.xml.gz	20.8 KB	表示
CIF形式データ	8zad_validation.cif.gz	29.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/8zad ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/8zad	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8zacC 8zaeC 8zafC 8zagC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aba 3 protein

ヘテロ分子

46.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aba 3 protein

ヘテロ分子

A: Aba 3 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.324, 141.011, 90.285
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-867- HOH

#1: タンパク質	Aba 3 protein 分子量: 46758.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rutstroemia sp. NJR-2017a WRK4 (菌類) 遺伝子: CJF32_00009727 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S7P8J3
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 8000, 0.1 M CAPS pH 10.5, 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34138 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.34138 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→36.39 Å / Num. obs: 25866 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.62 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.13 Å / Num. unique obs: 1045 / CC_1/2: 0.792

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
SAINT		データスケーリング
SAINT		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2.1→36.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 4.385 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21166	1308	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16388	-	-	-
obs	0.16631	24504	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.186 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.76 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→36.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2798	0	1	375	3174

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	2879
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2618
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.6	1.647	3896
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.425	1.574	6023
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.128	5	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.685	20.791	177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.156	15	479
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.239	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	361
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3262
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	702
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.949	2.227	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.944	2.225	1378
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.006	3.329	1722
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.008	3.332	1723
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.676	2.509	1499
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.675	2.511	1500
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.211	3.646	2175
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.919	26.762	3588
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.749	26.201	3499
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	99	-
R_work	0.22	1755	-
obs	-	-	99.2 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)