PDB-8za7: ART-ARH type toxin effector-immunity protein pair of Listeria mon...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8za7

タイトル

ART-ARH type toxin effector-immunity protein pair of Listeria monocytogenes

要素

Lmo0066 protein
Lmo0067 protein

キーワード

TOXIN / toxin effector / immunity protein

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Ouyang, S. / Hongxin, G. / Huan, W.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: ART-ARH type toxin effector-immunity protein pair of Listeria monocytogenes
著者: Ouyang, S. / Hongxin, G. / Huan, W.

履歴

登録	2024年4月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8za7.cif.gz	217.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8za7.ent.gz	171.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8za7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8za7_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8za7_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	8za7_validation.xml.gz	30.4 KB	表示
CIF形式データ	8za7_validation.cif.gz	43.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/8za7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/8za7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lmo0067 protein

B: Lmo0066 protein

ヘテロ分子

58.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.020, 84.020, 82.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Lmo0067 protein / Eri1 / Esx secretion ADP-ribosyl hydrolase immunity 1 分子量: 37890.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア) 遺伝子: lmo0067 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YAQ0
#2: タンパク質	Lmo0066 protein / Ere1 / Esx secretion ADP-ribosyltransferase effector 1 分子量: 20260.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア) 遺伝子: lmo0066 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YAQ1
#3: 化合物	ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose 分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₅O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 556 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.62 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: counter-diffusion 詳細: 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Sodium cacolylate pH 6.5, 20% PEG1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→41.4 Å / Num. obs: 78696 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2.5 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.65→1.69 Å / Num. unique obs: 5848 / CC_1/2: 0.651

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→29.49 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.193	3752	4.77 %
R_work	0.1677	-	-
obs	0.1689	78646	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→29.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4085	0	38	556	4679

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	4207
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.244	5691
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.258	570
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	627
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	726

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.67	0.3125	176	0.2737	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.69	0.2981	116	0.2706	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.72	0.2533	144	0.2606	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.74	0.2866	130	0.2448	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.77	0.2656	98	0.2476	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.79	0.2508	170	0.2315	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.82	0.2588	138	0.2267	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.86	0.2222	166	0.2222	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.89	0.2659	154	0.2196	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.93	0.2248	142	0.2116	2827	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.96	0.281	150	0.2024	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.01	0.2186	149	0.1961	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.05	0.229	176	0.1832	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.11	0.2282	164	0.1759	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.16	0.1941	112	0.1662	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.23	0.2096	134	0.1734	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.3	0.2131	132	0.1714	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.38	0.1992	154	0.1601	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.47	0.1724	128	0.1549	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.59	0.1781	96	0.1609	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.72	0.1778	154	0.1645	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.89	0.1926	126	0.167	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.12	0.1569	152	0.1552	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.43	0.183	134	0.1562	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.93	0.1722	92	0.143	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
3.93-4.94	0.1465	134	0.1276	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
4.94-29.49	0.1775	131	0.1647	2763	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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