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- PDB-8za3: lbADH mutant A144F with NADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8za3
タイトルlbADH mutant A144F with NADP
要素R-specific alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alcohol dehydrogenase / rational design
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / R-specific alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Levilactobacillus brevis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Xu, W.H. / Cen, Y.X. / Wu, Q.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: lbADH mutant A144F with NADP
著者: Xu, W.H. / Cen, Y.X. / Wu, Q.
履歴
登録2024年4月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7226
ポリマ－26,6741
非ポリマー1,0485
水3,585199
1
A: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,89024
ポリマ－106,6964
非ポリマー4,19320
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area20980 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area31580 Å2
手法PISA
2
A: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,44512
ポリマ－53,3482
非ポリマー2,09710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area6450 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area19730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.900, 82.360, 112.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

MG

21A-537-

HOH

31A-575-

HOH

41A-581-

HOH

51A-582-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 R-specific alcohol dehydrogenase


分子量: 26674.121 Da / 分子数: 1 / 変異: E144F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Levilactobacillus brevis (バクテリア)
遺伝子: radh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84EX5

-
非ポリマー , 5種, 204分子

#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.39 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% PEG1000 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→46.25 Å / Num. obs: 36446 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 16.72 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 27.7
反射 シェル解像度: 1.56→1.59 Å / Num. unique obs: 1464 / CC1/2: 0.882

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.56→26.67 Å / SU ML: 0.1359 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.9995
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1879 1831 5.03 %
Rwork0.1627 34574 -
obs0.1639 36405 97.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→26.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1873 0 67 199 2139
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00841994
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9392701
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0599306
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063344
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2987746
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.56-1.60.25161050.22132240X-RAY DIFFRACTION82.89
1.6-1.650.20981270.18692464X-RAY DIFFRACTION91.72
1.65-1.70.20551500.15622621X-RAY DIFFRACTION96.96
1.7-1.760.18021330.1552684X-RAY DIFFRACTION99.82
1.76-1.830.16351420.15812717X-RAY DIFFRACTION99.97
1.83-1.920.24491490.20212656X-RAY DIFFRACTION98.32
1.92-2.020.22661400.18042663X-RAY DIFFRACTION98.42
2.02-2.140.22371560.17612711X-RAY DIFFRACTION99.34
2.14-2.310.19911360.16892661X-RAY DIFFRACTION98.31
2.31-2.540.16271590.15262721X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.910.18551640.15522733X-RAY DIFFRACTION99.93
2.91-3.670.18741460.15412776X-RAY DIFFRACTION99.93
3.67-26.670.15181240.15382927X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -25.1154674252 Å / Origin y: -15.6228146679 Å / Origin z: -14.6881414064 Å
111213212223313233
T0.161190668022 Å20.00930849720202 Å20.00396274351043 Å2-0.160267512125 Å2-0.0214989516235 Å2--0.152855978295 Å2
L0.65552137895 °20.0179814620635 °20.0795531118758 °2-0.523818831783 °20.056886922702 °2--0.542711606898 °2
S0.0204563634493 Å °0.0845346519545 Å °-0.119093808676 Å °-0.0833064009984 Å °-0.0138834576232 Å °-0.0283809095664 Å °0.0755514692968 Å °0.031957379823 Å °-0.0113383762203 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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