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万見
- PDB-8za2: lbADH mutant L195S/V196L with NADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8za2
タイトルlbADH mutant L195S/V196L with NADP
要素R-specific alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alcohol dehydrogenase / rational design
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / R-specific alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Levilactobacillus brevis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Xu, W.H. / Cen, Y.X. / Wu, Q.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: lbADH mutant L195S/V196L with NADP
著者: Xu, W.H. / Cen, Y.X. / Wu, Q.
履歴
登録2024年4月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: R-specific alcohol dehydrogenase
B: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,78416
ポリマ－53,2882
非ポリマー2,49614
水1,802100
1
A: R-specific alcohol dehydrogenase
B: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: R-specific alcohol dehydrogenase
B: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: R-specific alcohol dehydrogenase
B: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: R-specific alcohol dehydrogenase
B: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,13664
ポリマ－213,1528
非ポリマー9,98456
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_544y+1/2,x-1/2,-z-1/21
crystal symmetry operation10_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation16_444-y-1/2,-x-1/2,-z-1/21
Buried area44680 Å2
ΔGint-503 kcal/mol
Surface area64170 Å2
手法PISA
2
A: R-specific alcohol dehydrogenase
B: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: R-specific alcohol dehydrogenase
B: R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,56832
ポリマ－106,5764
非ポリマー4,99228
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_444-y-1/2,-x-1/2,-z-1/21
Buried area21640 Å2
ΔGint-234 kcal/mol
Surface area32780 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6870 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area20250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)188.670, 188.670, 128.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-306-

MG

21A-401-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERGLNGLNchain 'A'AA1 - 2511 - 251
12NAPNAPNAPNAPchain 'A'AC301
21SERSERGLNGLNchain 'B'BB1 - 2511 - 251
22NAPNAPNAPNAPchain 'B'BK301

-
要素

#1: タンパク質 R-specific alcohol dehydrogenase


分子量: 26644.008 Da / 分子数: 2 / 変異: L195S, V196L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Levilactobacillus brevis (バクテリア)
遺伝子: radh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84EX5
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.98 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2 M ammonium sulfate 0.1 M Tirs pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 1.03845 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03845 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→48.47 Å / Num. obs: 29417 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.8 % / Biso Wilson estimate: 44.51 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.78→2.93 Å / Num. unique obs: 4249 / CC1/2: 0.784

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.78→43.74 Å / SU ML: 0.2994 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.3693
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2131 1511 5.14 %
Rwork0.1866 27889 -
obs0.188 29400 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→43.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3740 0 148 100 3988
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00273946
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53055360
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441604
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043678
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.92061452
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.78-2.870.31951450.27922482X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.970.26451350.26572500X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.090.30851510.25352503X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.230.27021290.24512491X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.40.24681320.2212513X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.620.22881410.19812521X-RAY DIFFRACTION100
3.62-3.890.16991410.17442518X-RAY DIFFRACTION99.96
3.89-4.290.19181180.15512544X-RAY DIFFRACTION100
4.29-4.910.17131350.14432550X-RAY DIFFRACTION99.96
4.91-6.180.18511400.15792576X-RAY DIFFRACTION100
6.18-43.740.18311440.15932691X-RAY DIFFRACTION99.89
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.166 Å / Origin y: -61.736 Å / Origin z: -23.477 Å
111213212223313233
T0.285616153223 Å2-0.0197100411334 Å2-0.0229906037622 Å2-0.309618901351 Å2-0.0168981227597 Å2--0.289130853725 Å2
L0.886545650038 °2-0.397623944848 °20.0347236294908 °2-1.0097213466 °2-0.131931726649 °2--0.623134586207 °2
S0.0235217844549 Å °-0.0827027972391 Å °0.0864017252265 Å °0.0583668760447 Å °-0.00872244593089 Å °-0.151004148059 Å °-0.0301483563472 Å °0.159642866532 Å °-0.0135157730032 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 1:251 OR RESID 301:301 OR RESID 302:307 OR RESID 401:461 OR RESID 308:308 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 1:251 OR RESID 301:301 OR RESID 302:305 OR RESID 401:439 OR RESID 306:306 ) )A1 - 251
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 1:251 OR RESID 301:301 OR RESID 302:307 OR RESID 401:461 OR RESID 308:308 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 1:251 OR RESID 301:301 OR RESID 302:305 OR RESID 401:439 OR RESID 306:306 ) )A301
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 1:251 OR RESID 301:301 OR RESID 302:307 OR RESID 401:461 OR RESID 308:308 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 1:251 OR RESID 301:301 OR RESID 302:305 OR RESID 401:439 OR RESID 306:306 ) )A302 - 307
4X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 1:251 OR RESID 301:301 OR RESID 302:307 OR RESID 401:461 OR RESID 308:308 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 1:251 OR RESID 301:301 OR RESID 302:305 OR RESID 401:439 OR RESID 306:306 ) )A401 - 461
5X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 1:251 OR RESID 301:301 OR RESID 302:307 OR RESID 401:461 OR RESID 308:308 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 1:251 OR RESID 301:301 OR RESID 302:305 OR RESID 401:439 OR RESID 306:306 ) )A308
6X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 1:251 OR RESID 301:301 OR RESID 302:307 OR RESID 401:461 OR RESID 308:308 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 1:251 OR RESID 301:301 OR RESID 302:305 OR RESID 401:439 OR RESID 306:306 ) )B1 - 251
7X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 1:251 OR RESID 301:301 OR RESID 302:307 OR RESID 401:461 OR RESID 308:308 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 1:251 OR RESID 301:301 OR RESID 302:305 OR RESID 401:439 OR RESID 306:306 ) )B301
8X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 1:251 OR RESID 301:301 OR RESID 302:307 OR RESID 401:461 OR RESID 308:308 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 1:251 OR RESID 301:301 OR RESID 302:305 OR RESID 401:439 OR RESID 306:306 ) )B302 - 305
9X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 1:251 OR RESID 301:301 OR RESID 302:307 OR RESID 401:461 OR RESID 308:308 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 1:251 OR RESID 301:301 OR RESID 302:305 OR RESID 401:439 OR RESID 306:306 ) )B401 - 439
10X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 1:251 OR RESID 301:301 OR RESID 302:307 OR RESID 401:461 OR RESID 308:308 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 1:251 OR RESID 301:301 OR RESID 302:305 OR RESID 401:439 OR RESID 306:306 ) )B306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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