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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8z9u | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Methermicoccus shengliensis ZC-1 2-methoxybenzoic acid methyltransferase (MtxA) | ||||||
要素 | Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit H | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Homodimers / Methyltransferase | ||||||
機能・相同性 | Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit H / Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase, subunit H/Methyltransferase Mtx, subunit H / Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase MtrH subunit / tetrahydromethanopterin S-methyltransferase / Dihydropteroate synthase-like / methyltransferase activity / one-carbon metabolic process / methylation / Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit H 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Methermicoccus shengliensis DSM 18856 (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, Q. / Wang, S.X. / Bai, L.P. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of the Methermicoccus shengliensis ZC-1 2-methoxybenzoic acid methyltransferase (MtxA) 著者: Yang, Q. / Wang, S.X. / Bai, L.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8z9u.cif.gz | 155 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8z9u.ent.gz | 97.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8z9u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8z9u_validation.pdf.gz | 446.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8z9u_full_validation.pdf.gz | 448.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8z9u_validation.xml.gz | 23.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8z9u_validation.cif.gz | 34.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/8z9u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/8z9u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37873.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The sequence of organism Methermicoccus shengliensis DSM 18856 is not available, replaced by A0A832VZ83 temporarily. 由来: (組換発現) Methermicoccus shengliensis DSM 18856 (古細菌) 遺伝子: mtrH, HA299_01740 / 発現宿主: Methanococcus maripaludis S2 (古細菌) 参照: UniProt: A0A832VZ83, tetrahydromethanopterin S-methyltransferase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5 42% % v/v Polyethylene glycol 200 pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9785 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.91→50.51 Å / Num. obs: 67410 / % possible obs: 95.28 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 29.12 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 15.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.91→2.051 Å / Num. unique obs: 58060 / CC1/2: 0.779 / CC star: 0.998 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.91→39.01 Å / SU ML: 0.2167 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 21.8035 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.66 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.91→39.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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