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万見
- PDB-8z9r: Cryo-EM structure of Thogoto virus polymerase in a replication el... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z9r
タイトルCryo-EM structure of Thogoto virus polymerase in a replication elongation-reception conformation
要素
  • Polymerase acidic protein
  • Polymerase basic protein 2
  • RNA (5'-D(*(ATP))-R(P*GP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*A)-3')
  • RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*UP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*U)-3')
  • RNA (5'-R(*GP*AP*CP*UP*GP*CP*CP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*GP*CP*U)-3')
  • RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
キーワードTRANSCRIPTION / RNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Polymerase basic protein 2 (PB2), '627' domain / Polymerase basic protein 2, cap-binding domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain ...: / : / Polymerase basic protein 2 (PB2), '627' domain / Polymerase basic protein 2, cap-binding domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase acidic protein / Polymerase basic protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Thogoto virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Xue, L. / Chang, T. / Li, Z. / Zhao, H. / Li, M. / He, J. / Chen, X. / Xiong, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)(82341085 to X.X. 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structures of Thogoto virus polymerase reveal unique RNA transcription and replication mechanisms among orthomyxoviruses.
著者: Lu Xue / Tiancai Chang / Zimu Li / Chenchen Wang / Heyu Zhao / Mei Li / Peng Tang / Xin Wen / Mengmeng Yu / Jiqin Wu / Xichen Bao / Xiaojun Wang / Peng Gong / Jun He / Xinwen Chen / Xiaoli Xiong /
要旨: Influenza viruses and thogotoviruses account for most recognized orthomyxoviruses. Thogotoviruses, exemplified by Thogoto virus (THOV), are capable of infecting humans using ticks as vectors. THOV ...Influenza viruses and thogotoviruses account for most recognized orthomyxoviruses. Thogotoviruses, exemplified by Thogoto virus (THOV), are capable of infecting humans using ticks as vectors. THOV transcribes mRNA without the extraneous 5' end sequences derived from cap-snatching in influenza virus mRNA. Here, we report cryo-EM structures to characterize THOV polymerase RNA synthesis initiation and elongation. The structures demonstrate that THOV RNA transcription and replication are able to start with short dinucleotide primers and that the polymerase cap-snatching machinery is likely non-functional. Triggered by RNA synthesis, asymmetric THOV polymerase dimers can form without the involvement of host factors. We confirm that, distinctive from influenza viruses, THOV-polymerase RNA synthesis is weakly dependent of the host factors ANP32A/B/E in human cells. This study demonstrates varied mechanisms in RNA synthesis and host factor utilization among orthomyxoviruses, providing insights into the mechanisms behind thogotoviruses' broad-infectivity range.
履歴
登録2024年4月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / em_author_list

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase acidic protein
B: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
C: Polymerase basic protein 2
D: RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*UP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*U)-3')
E: RNA (5'-R(*GP*AP*CP*UP*GP*CP*CP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*GP*CP*U)-3')
F: RNA (5'-R(*GP*AP*CP*UP*GP*CP*CP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*GP*CP*U)-3')
G: RNA (5'-D(*(ATP))-R(P*GP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*A)-3')
H: Polymerase acidic protein
I: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
J: Polymerase basic protein 2
K: RNA (5'-D(*(ATP))-R(P*GP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)518,21311
ポリマ－518,21311
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 AHBICJ

#1: タンパク質 Polymerase acidic protein / PA / RNA-directed RNA polymerase subunit P3


分子量: 71623.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thogoto virus (isolate SiAr 126) (ウイルス)
遺伝子: Segment 3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P27194
#2: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / RNA-directed RNA polymerase subunit P2


分子量: 81432.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thogoto virus (isolate SiAr 126) (ウイルス)
遺伝子: Segment 2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O41353, RNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 Polymerase basic protein 2 / PB2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3


分子量: 94418.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thogoto virus (isolate SiAr 126) (ウイルス)
遺伝子: Segment 1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9YNA4

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RNA鎖 , 3種, 5分子 DEFGK

#4: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*UP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*UP*U)-3')


分子量: 5843.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Thogoto virus (isolate SiAr 126) (ウイルス)
#5: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*AP*CP*UP*GP*CP*CP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*GP*CP*U)-3')


分子量: 5335.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Thogoto virus (isolate SiAr 126) (ウイルス)
#6: RNA鎖 RNA (5'-D(*(ATP))-R(P*GP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*A)-3')


分子量: 3375.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Thogoto virus (isolate SiAr 126) (ウイルス)

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of Thogoto virus polymerase in a replication elongation-reception conformation
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Thogoto virus (isolate SiAr 126) (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 86841 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00228805
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.51839213
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.9354231
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.044393
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0054847

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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