[日本語] English
万見
- PDB-8z9f: Crystal structure of glyoxylate reductase from Acetobacter aceti ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z9f
タイトルCrystal structure of glyoxylate reductase from Acetobacter aceti in complex with NADH
要素3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / glyoxylate reductase NADH complex form
機能・相同性
機能・相同性情報


organic acid catabolic process / NAD binding / NADP binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like, NAD-binding domain / NAD-binding of NADP-dependent 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / : / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Acetobacter aceti (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Majumder, T.R. / Yoshizawa, T. / Inoue, M. / Aono, R. / Matsumura, H. / Mihara, H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the mechanism underlying the dual cofactor specificity of glyoxylate reductase from Acetobacter aceti in the beta-hydroxyacid dehydrogenase family.
著者: Majumder, T.R. / Yoshizawa, T. / Inoue, M. / Aono, R. / Matsumura, H. / Mihara, H.
履歴
登録2024年4月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
B: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
C: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
D: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
E: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
F: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
G: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
H: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)267,24613
ポリマ－263,9198
非ポリマー3,3275
水19,9431107
1
A: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
B: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
C: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
D: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,9567
ポリマ－131,9594
非ポリマー1,9963
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17020 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area37800 Å2
手法PISA
2
E: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
F: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
G: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
H: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,2906
ポリマ－131,9594
非ポリマー1,3312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15800 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area33100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.598, 192.500, 118.213
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.071, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase


分子量: 32989.816 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acetobacter aceti (バクテリア) / 遺伝子: ghr, AAJCM20276_07180 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6S6PLJ6
#2: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.4M MES, 0.2M CaCl2, 15% PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→48.28 Å / Num. obs: 321671 / % possible obs: 95.59 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 20.41 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1216 / Rpim(I) all: 0.04944 / Net I/σ(I): 17.35
反射 シェル解像度: 1.6→1.657 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 1.181 / Mean I/σ(I) obs: 1.62 / Num. unique obs: 26268 / CC1/2: 0.588 / CC star: 0.861 / Rpim(I) all: 0.5403 / % possible all: 78.46

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→48.28 Å / SU ML: 0.2145 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.2213
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2317 16061 4.99 %
Rwork0.2114 305610 -
obs0.2124 321671 95.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15731 0 220 1107 17058
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006816228
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.957522087
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05382644
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00822844
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.00622348
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.620.38693790.35786890X-RAY DIFFRACTION65.06
1.62-1.630.36734280.34798074X-RAY DIFFRACTION75.59
1.63-1.650.32724750.31389364X-RAY DIFFRACTION87.85
1.65-1.680.31365160.28329861X-RAY DIFFRACTION92.46
1.68-1.70.27885050.26439998X-RAY DIFFRACTION93.24
1.7-1.720.2825480.245610188X-RAY DIFFRACTION96.05
1.72-1.750.26295020.225810304X-RAY DIFFRACTION95.43
1.75-1.770.24715480.214910310X-RAY DIFFRACTION97.37
1.77-1.80.23635660.209410269X-RAY DIFFRACTION95.92
1.8-1.830.23495530.199110308X-RAY DIFFRACTION97.73
1.83-1.860.22185590.199910351X-RAY DIFFRACTION96.32
1.86-1.890.24035420.205310396X-RAY DIFFRACTION97.86
1.89-1.930.23096100.207710294X-RAY DIFFRACTION96.79
1.93-1.970.23995430.209910435X-RAY DIFFRACTION97.74
1.97-2.010.23055490.214410358X-RAY DIFFRACTION97.38
2.01-2.060.24785700.223510405X-RAY DIFFRACTION97.14
2.06-2.110.24125390.212110457X-RAY DIFFRACTION98.26
2.11-2.170.22345700.198410366X-RAY DIFFRACTION97.77
2.17-2.230.22785750.199510472X-RAY DIFFRACTION97.78
2.23-2.30.22885540.198910525X-RAY DIFFRACTION97.91
2.3-2.390.22225370.200410499X-RAY DIFFRACTION98.62
2.39-2.480.24825370.208510534X-RAY DIFFRACTION98.44
2.48-2.590.23575230.203610547X-RAY DIFFRACTION98.55
2.59-2.730.22825260.207410561X-RAY DIFFRACTION98.53
2.73-2.90.23245300.21510604X-RAY DIFFRACTION98.71
2.9-3.130.22255500.213210547X-RAY DIFFRACTION99.03
3.13-3.440.23095320.217510651X-RAY DIFFRACTION99.03
3.44-3.940.21855840.197310629X-RAY DIFFRACTION99.29
3.94-4.960.20755570.187310650X-RAY DIFFRACTION99.29
4.96-48.280.2175540.223610763X-RAY DIFFRACTION99.17

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る