PDB-8z91: Soil metagenomic-derived esterase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8z91

タイトル

Soil metagenomic-derived esterase

要素

Esterase

キーワード

HYDROLASE / Esterase / PET degradation activity

機能・相同性

: / Esterase-like / Putative esterase / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Alpha/Beta hydrolase fold / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Esterase

機能・相同性情報

生物種

soil metagenome (メタゲノム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Li, W.Q. / Sun, S.W.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Discovery and characterization of a novel bottle-grade PET depolymerase with a BON domain-containing protein
著者: Li, W.

履歴

登録	2024年4月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8z91.cif.gz	292.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8z91.ent.gz	235.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8z91.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8z91_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8z91_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	8z91_validation.xml.gz	36.2 KB	表示
CIF形式データ	8z91_validation.cif.gz	50.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/8z91 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/8z91	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Esterase

B: Esterase

ヘテロ分子

79.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Esterase

B: Esterase

ヘテロ分子

A: Esterase

B: Esterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
159 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.749, 87.749, 172.194
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Esterase 分子量: 39186.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Sequence reference for soil metagenome (410658) is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt ID A0A8F6XWV1. 由来: (組換発現) soil metagenome (メタゲノム) / 遺伝子: estSC4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8F6XWV1

#1: タンパク質

Esterase

分子量: 39186.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence reference for soil metagenome (410658) is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt ID A0A8F6XWV1.
由来: (組換発現) soil metagenome (メタゲノム) / 遺伝子: estSC4 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8F6XWV1

-
非ポリマー , 5種, 559分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.53 %
結晶化	温度: 320 K / 手法: liquid diffusion 詳細: 0.1MHEPES (pH7.5), 2.0M ammonium sulfate, 2% polyethylene glycol 400; 2.0M ammonium sulfate, 5% (v/v) 2-propanol; 0.1M ammonium citrate, 0.2M potassium sodium tartrate, 2M ammonium sulfate; 0. ...詳細: 0.1MHEPES (pH7.5), 2.0M ammonium sulfate, 2% polyethylene glycol 400; 2.0M ammonium sulfate, 5% (v/v) 2-propanol; 0.1M ammonium citrate, 0.2M potassium sodium tartrate, 2M ammonium sulfate; 0.1M MES (pH 6.5), 0.01M cobalt chloride, 1.8M ammonium sulfate

結晶

マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.53 %

結晶化

温度: 320 K / 手法: liquid diffusion
詳細: 0.1MHEPES (pH7.5), 2.0M ammonium sulfate, 2% polyethylene glycol 400; 2.0M ammonium sulfate, 5% (v/v) 2-propanol; 0.1M ammonium citrate, 0.2M potassium sodium tartrate, 2M ammonium sulfate; 0. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97918 Å / Power: 0.979183 kW
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72672→75.9929 Å / Num. obs: 79430 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 1 % / R_rim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 1
反射シェル	解像度: 1.72672→2.41 Å / Num. unique obs: 1 / R_rim(I) all: 0.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	v1.0	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX	v1.0	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.73→31.68 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2306	3936	4.96 %
R_work	0.1921	-	-
obs	0.194	79430	97.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→31.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5378	0	60	550	5988

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5574
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.933	7538
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.407	772
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	798
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	976

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.73-1.75	0.3653	154	0.3487	2654	X-RAY DIFFRACTION	98
1.75-1.77	0.3156	141	0.3124	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.79	0.3445	170	0.315	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.82	0.2967	140	0.2908	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.84	0.2913	151	0.2788	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.87	0.3316	157	0.2671	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.9	0.2864	101	0.2456	1856	X-RAY DIFFRACTION	69
1.9-1.93	0.6379	115	0.5221	2278	X-RAY DIFFRACTION	84
1.93-1.96	0.2675	115	0.2475	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2	0.2785	132	0.2152	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.04	0.2455	154	0.2039	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.08	0.2297	154	0.1924	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.13	0.2163	134	0.189	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.18	0.2391	111	0.189	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.23	0.2724	157	0.2087	2698	X-RAY DIFFRACTION	99
2.23-2.29	0.4105	138	0.3648	2409	X-RAY DIFFRACTION	89
2.29-2.36	0.1894	126	0.1843	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.43	0.2184	117	0.1772	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.52	0.2212	156	0.1812	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.62	0.2446	139	0.1835	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.74	0.2413	138	0.1936	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.88	0.2378	125	0.1828	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.07	0.2346	164	0.1914	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.3	0.1948	147	0.1773	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.63	0.2094	168	0.1612	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-4.16	0.1775	167	0.1441	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
4.16-5.23	0.1499	119	0.1322	2889	X-RAY DIFFRACTION	100
5.24-31.68	0.1956	146	0.1737	2971	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6698	-0.3125	-0.1149	1.5634	0.1321	1.4817	-0.037	-0.0598	0.0402	0.2139	0.0444	0.0009	0.0464	-0.0566	-0.0073	0.1675	-0.0005	-0.014	0.2683	-0.0057	0.1828	1.6132	35.8611	-20.3222
2	2.1828	0.2684	-0.6142	1.4177	-0.0163	2.4319	-0.1876	-0.4194	-0.1749	0.199	0.1365	-0.507	0.678	0.7034	0.0294	0.5282	0.1753	-0.0272	0.4929	0.0083	0.3726	19.0333	17.1016	-14.239
3	1.2058	-0.0958	0.0781	1.7562	-0.0488	1.7122	0.0412	-0.098	-0.0033	-0.0032	-0.0188	-0.1351	0.1048	0.0883	-0.0167	0.1708	0.0011	-0.0091	0.2371	-0.0017	0.1917	8.1452	27.2352	-34.855
4	0.2637	-0.4698	0.2328	0.8243	-0.4127	0.2056	0.078	0.3648	-0.1881	-0.3208	-0.0826	0.4618	0.1556	-0.5245	0.0459	0.2262	-0.0049	-0.0657	0.5067	-0.0551	0.318	-13.6233	36.9729	-36.9503
5	1.0184	0.1984	0.2857	1.4569	0.0469	1.2824	-0.0573	0.1708	0.1273	-0.1082	0.042	-0.0425	-0.1559	0.136	0.0251	0.1823	-0.0438	-0.0025	0.2671	0.0399	0.1913	5.8117	41.8595	-66.8287
6	1.7829	0.5957	0.162	1.5156	-0.201	1.3993	-0.0181	0.3452	-0.4251	-0.2822	0.0727	-0.1516	0.3618	0.1272	-0.019	0.2449	0.0137	0.0107	0.2827	-0.0766	0.272	6.2632	18.6305	-66.8485
7	0.8181	0.2092	0.3044	1.4966	0.0783	1.3683	0.0349	0.047	0.0078	0.0241	-0.006	-0.0572	-0.0331	0.1274	-0.0271	0.1626	-0.014	0.0032	0.2494	-0.0104	0.1957	7.2206	30.2435	-50.6764

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 32 through 210 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 211 through 281 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 282 through 352 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 353 through 378 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 32 through 161 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 162 through 281 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 282 through 366 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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