PDB-8z8w: Crystal Structure of EphA6/Caskin1 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8z8w

タイトル

Crystal Structure of EphA6/Caskin1 complex

要素

Caskin-1,Ephrin type-A receptor 6

キーワード

PROTEIN BINDING / Protein-protein interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

EPH-Ephrin signaling / EPHA-mediated growth cone collapse / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / ephrin receptor activity / regulation of postsynaptic density assembly / receptor protein-tyrosine kinase / postsynapse / glutamatergic synapse / ATP binding / identical protein binding ...
類似検索 - 分子機能

Ephrin type-A receptor 6, ligand binding domain / EPH-A6 , SAM domain / Caskin-1, SH3 domain / Caskin, C-terminal / Caskin-1, CASK-interaction domain / Caskin1/2, SAM repeat 1 / Caskin1/2, SAM repeat 2 / Caskin1 CASK-interaction domain / C-terminal region of Caskin / Proline rich region of Caskin proteins ...Ephrin type-A receptor 6, ligand binding domain / EPH-A6 , SAM domain / Caskin-1, SH3 domain / Caskin, C-terminal / Caskin-1, CASK-interaction domain / Caskin1/2, SAM repeat 1 / Caskin1/2, SAM repeat 2 / Caskin1 CASK-interaction domain / C-terminal region of Caskin / Proline rich region of Caskin proteins / : / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / : / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain / Receptor tyrosine kinase class V signature 1. / Receptor tyrosine kinase class V signature 2. / Eph receptor ligand-binding domain profile. / Ephrin receptor ligand binding domain / Ankyrin repeats (many copies) / Putative ephrin-receptor like / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Li, J. / Liu, W.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of EphA6/Caskin1 complex
著者: Li, J. / Liu, W.

履歴

登録	2024年4月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8z8w.cif.gz	65.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8z8w.ent.gz	47 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8z8w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8z8w_validation.pdf.gz	424.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8z8w_full_validation.pdf.gz	428 KB	表示
XML形式データ	8z8w_validation.xml.gz	7.9 KB	表示
CIF形式データ	8z8w_validation.cif.gz	9.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/8z8w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/8z8w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (1)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#184 - 2015年4月
グルカゴン (Glucagon)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Caskin-1,Ephrin type-A receptor 6

20.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Caskin-1,Ephrin type-A receptor 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
41.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.434, 70.434, 74.486
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

#1: タンパク質	Caskin-1,Ephrin type-A receptor 6 / CASK-interacting protein 1 / EPH homology kinase 2 / EHK-2 分子量: 20581.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: fusion protein of Caskin1 and EphA6,fusion protein of Caskin1 and EphA6 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Caskin1, Kiaa1306, Epha6, Ehk-2, Ehk2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q6P9K8, UniProt: Q62413, receptor protein-tyrosine kinase
Has protein modification	N

#1: タンパク質

Caskin-1,Ephrin type-A receptor 6 / CASK-interacting protein 1 / EPH homology kinase 2 / EHK-2

分子量: 20581.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: fusion protein of Caskin1 and EphA6,fusion protein of Caskin1 and EphA6
由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Caskin1, Kiaa1306, Epha6, Ehk-2, Ehk2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6P9K8, UniProt: Q62413, receptor protein-tyrosine kinase

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.19 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 2.2 M Sodium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97891 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97891 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 3116 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.9 % / CC_1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.118 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.125 / Χ²: 0.565 / Net I/σ(I): 4.1 / Num. measured all: 30909

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.3-3.36	10.5	0.916	154	0.801	0.943	0.296	0.965	0.425	100
3.36-3.42	10.9	0.632	139	0.921	0.979	0.198	0.663	0.559	100
3.42-3.48	10.6	0.613	147	0.912	0.977	0.194	0.644	0.467	100
3.48-3.55	10.3	0.471	163	0.945	0.986	0.152	0.495	0.495	100
3.55-3.63	10.9	0.381	141	0.962	0.99	0.118	0.399	0.43	100
3.63-3.72	10.1	0.365	155	0.94	0.984	0.12	0.385	0.507	100
3.72-3.81	10.1	0.273	142	0.966	0.991	0.089	0.288	0.495	99.3
3.81-3.91	9.5	0.22	158	0.984	0.996	0.074	0.232	0.53	99.4
3.91-4.03	9.3	0.216	142	0.981	0.995	0.073	0.228	0.555	98.6
4.03-4.16	7.9	0.143	165	0.991	0.998	0.054	0.154	0.615	100
4.16-4.31	10.5	0.133	144	0.992	0.998	0.043	0.14	0.612	100
4.31-4.48	10.7	0.127	157	0.996	0.999	0.04	0.134	0.741	100
4.48-4.68	10.6	0.106	152	0.997	0.999	0.034	0.111	0.655	100
4.68-4.93	10.7	0.122	154	0.995	0.999	0.038	0.128	0.607	100
4.93-5.24	10.5	0.113	154	0.996	0.999	0.036	0.119	0.662	100
5.24-5.64	10.3	0.089	164	0.994	0.999	0.029	0.094	0.641	100
5.64-6.21	9.7	0.09	161	0.997	0.999	0.03	0.096	0.54	100
6.21-7.1	9.1	0.077	159	0.997	0.999	0.026	0.082	0.59	100
7.1-8.94	8.2	0.044	169	0.999	1	0.015	0.046	0.602	98.8
8.94-50	8.7	0.036	196	0.999	1	0.012	0.038	0.555	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.3→49.8 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 15.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2568	127	4.1 %
R_work	0.1964	-	-
obs	0.1991	3100	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→49.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	975	0	0	0	975

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	989
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.778	1334
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.987	134
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	156
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.015	165

LS精密化シェル

解像度: 3.3→49.8 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2568	127	-
R_work	0.1964	2973	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7873	-0.3683	2.238	3.2402	3.1276	4.396	-0.1001	-0.6931	0.0028	0.264	-0.9403	0.7211	0.152	-1.307	0.6401	0.7469	-0.0695	-0.0992	0.5901	0.004	0.6923	-11.7035	-31.4914	-5.817
2	1.7493	0.5184	3.0557	3.8078	-1.4226	6.8157	-0.8692	-0.657	0.8253	0.0326	0.7543	0.3826	-0.0013	-0.701	0.2458	0.8724	0.1987	-0.2514	0.7905	-0.0778	0.6753	-20.8032	-13.3302	-16.691
3	5.4225	1.3523	1.3669	2.4468	0.4168	4.9637	-0.7034	0.1117	0.2842	-0.1982	0.1321	0.0896	-0.5217	0.2559	0.4456	0.6733	-0.0793	-0.0344	0.4909	0.1361	0.6413	-4.8475	-25.5739	-10.5299

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 48 through 76 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 77 through 170 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 13 through 47 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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