PDB-8z8t: norbelladine 4'-O-methyltransferase S52T Y186F complexed with Mg ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8z8t

タイトル

norbelladine 4'-O-methyltransferase S52T Y186F complexed with Mg and SAH

要素

Norbelladine 4'-O-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / O-methyltransferase family protein / NpN4OMT

機能・相同性

機能・相同性情報

norbelladine O-methyltransferase / alkaloid metabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Narcissus pseudonarcissus MK-2014 (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Saw, Y.Y.H. / Nakashima, Y. / Morita, H.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural guided studies for Amaryllidaceae O-methyltransferases
著者: Saw, Y.Y.H. / Nakashima, Y. / Morita, H.

履歴

登録	2024年4月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8z8t.cif.gz	247.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8z8t.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8z8t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8z8t_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8z8t_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	8z8t_validation.xml.gz	23.1 KB	表示
CIF形式データ	8z8t_validation.cif.gz	29.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/8z8t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/8z8t	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

B: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

ヘテロ分子

56.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.501, 116.587, 50.297
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Norbelladine 4'-O-methyltransferase / NpN4OMT 分子量: 27395.109 Da / 分子数: 2 / 変異: S52T, Y186F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Narcissus pseudonarcissus MK-2014 (植物) 遺伝子: N4OMT / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) 参照: UniProt: A0A077EWA5, norbelladine O-methyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 141分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-A1LU2 / Norbelladine 分子量: 259.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₇NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 12% (w/v) PEG 8000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl (pH 9.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.035 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.035 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→47.21 Å / Num. obs: 47597 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.2 % / B_iso Wilson estimate: 38.73 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 2.18→2.25 Å / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 0.943 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2153 / CC_1/2: 0.758 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.18→47.21 Å / SU ML: 0.243 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.5284
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2099	3735	7.85 %
R_work	0.1782	43862	-
obs	0.1808	47597	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→47.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3792	0	31	134	3957

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0027	3964
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5758	5396
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0442	603
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0035	687
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.6751	1463

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.18-2.21	0.3593	136	0.3069	1599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.24	0.3014	137	0.2888	1628	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.24-2.27	0.357	137	0.2863	1612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.3	0.2823	142	0.2535	1676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.33	0.2776	138	0.2411	1572	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.33-2.37	0.2848	142	0.2414	1672	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.37-2.41	0.239	139	0.2362	1610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.45	0.2652	139	0.2273	1609	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.45-2.5	0.2709	145	0.2185	1654	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.5-2.54	0.2747	138	0.2214	1625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.6	0.2509	134	0.2078	1629	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.6-2.65	0.26	136	0.2102	1649	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.65-2.71	0.2273	135	0.1902	1591	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.71-2.78	0.2298	143	0.2014	1644	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.78-2.86	0.2341	135	0.2052	1600	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.86-2.94	0.2274	139	0.2025	1622	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.94-3.04	0.2375	136	0.1887	1596	X-RAY DIFFRACTION	98.63
3.04-3.14	0.237	143	0.2001	1652	X-RAY DIFFRACTION	98.95
3.14-3.27	0.1955	139	0.1834	1591	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.27-3.42	0.188	135	0.1637	1642	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.6	0.1948	135	0.1688	1619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-3.82	0.2205	144	0.154	1619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-4.12	0.1864	130	0.1448	1641	X-RAY DIFFRACTION	100
4.12-4.53	0.1665	142	0.1273	1636	X-RAY DIFFRACTION	100
4.53-5.19	0.1617	140	0.1449	1602	X-RAY DIFFRACTION	100
5.19-6.53	0.2143	138	0.1705	1638	X-RAY DIFFRACTION	100
6.54-47.21	0.1434	138	0.1492	1634	X-RAY DIFFRACTION	99.66

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.357248849399	0.149711077144	0.0526453763317	0.342880590778	0.324136794952	0.338818852428	0.0503253599612	-0.028474935757	-0.105422836689	0.30241896264	-0.213929844509	-0.232068636088	0.141260498129	-0.00388986893769	-0.000108791261708	0.394971687999	-0.00162794618117	-0.0213569134682	0.414255639798	0.0446286345332	0.372028588867	38.6625403614	26.1809251059	28.1730802137
2	0.136581062031	0.290526043954	-0.00343274154405	0.643389501171	0.0970520582353	0.250232608523	0.275835896112	-0.413902963427	0.278987302854	0.602615641253	-0.052743551646	0.444442046995	-0.17834116481	-0.318345075405	0.00866083640766	0.347108284165	-0.104982755941	-0.0274575310391	0.348799264538	-0.00967516146054	0.260585673857	23.9769718993	23.0845399305	34.7673996287
3	0.315416087138	0.226350361457	-0.20951634154	0.270647516332	0.0162331337569	0.278420980668	0.190167376748	-0.0203851247257	-0.402380701411	0.00295355665834	-0.0563771308825	-0.0602281240853	0.0895424555015	0.159423493497	-8.64556408442E-5	0.326685555654	-0.0208987822361	-0.0327553542632	0.351422637822	-0.0175876719106	0.37084990288	26.4178546408	20.2733022525	24.9510276996
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5	0.0499991618865	-0.114875892314	-0.104744598886	0.122773380496	0.139585881393	0.0605181693014	0.14352692977	-0.254332144283	-0.0204546610687	0.133208896552	-0.0731094489305	0.131553784196	0.191010121253	-0.213128847871	3.28929402158E-5	0.298413719081	-0.0422636492273	-0.0200975737553	0.281627165466	-0.0196895019313	0.424226502006	16.8265632923	13.9208188594	24.1629085232
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9	0.724003735079	0.712141679021	-0.188486409042	1.47747530676	0.125227356549	0.546697757858	-0.0706489342861	0.0421440876892	-0.219296059076	-0.176741538778	0.0154527778437	-0.280318489203	0.137870148198	0.0660967395422	-3.79461332538E-5	0.369419235311	0.0374490704597	0.00791972606666	0.344033780307	-0.0828499991004	0.371194338467	34.101168023	13.8003819499	11.8995985224
10	0.350734006429	-0.0776269683334	-0.351935277533	2.1657835109	-0.245335426404	1.34174667882	-0.02036816668	0.228872387005	0.0712122879604	-0.456474470085	-0.0534938999412	-0.0217291864316	-0.0800704540115	0.0710982705103	4.19564248684E-5	0.40437847709	-0.00029042493944	-0.0120914056326	0.380947035408	0.00187705830858	0.278854007759	28.4009186977	38.5838843907	3.68795888715
11	0.520257302677	-0.410629909412	0.486416918734	1.1533365628	-0.566898011013	0.385011359234	0.0121719766896	0.0134221761967	0.129336253106	-0.0183335460441	-0.0282475421557	-0.0301941490628	-0.0443379011814	0.019520558505	-2.49278360068E-5	0.279840620661	0.00200268361056	0.0207002536219	0.300059988632	-0.0361921022077	0.321146532922	26.0501834968	41.9787123942	20.0838775024

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 29 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 30 through 46 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 47 through 70 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 71 through 83 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 84 through 105 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 106 through 118 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 119 through 142 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 143 through 157 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 158 through 239 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 6 through 157 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 158 through 239 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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