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- PDB-8z84: The dimerization structure of CHASE4 domain of PA2072(beta form). -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z84
タイトルThe dimerization structure of CHASE4 domain of PA2072(beta form).
要素Bifunctional diguanylate cyclase/phosphodiesterase
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


CHASE4 / CHASE4 domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase ...CHASE4 / CHASE4 domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional diguanylate cyclase/phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Zhang, Y. / Lin, Z.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The dimerization structure of CHASE4 domain of PA2072(beta form).
著者: Zhang, Y. / Lin, Z.
履歴
登録2024年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional diguanylate cyclase/phosphodiesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7161
ポリマ－23,7161
非ポリマー00
水2,486138
1
A: Bifunctional diguanylate cyclase/phosphodiesterase

A: Bifunctional diguanylate cyclase/phosphodiesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4332
ポリマ－47,4332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x,-y,-z+1/21
Buried area3060 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area18950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.382, 74.280, 101.797
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Space group name HallI2b2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z+1/2
#3: -x+1/2,y,-z
#4: -x,-y+1/2,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1
#7: -x+1,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Bifunctional diguanylate cyclase/phosphodiesterase


分子量: 23716.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: PA2072 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I243
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.08 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350,10 mM MgCl2, 2 mM adenosine triphosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→20 Å / Num. obs: 12066 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 23.24 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.17→2.21 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 587 / CC1/2: 0.822

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.17→20 Å / SU ML: 0.2705 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.4986
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2577 599 4.97 %
Rwork0.2232 11449 -
obs0.225 12048 91.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1610 0 0 140 1750
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00951641
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04462227
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0569249
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007291
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.293229
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.17-2.390.34121350.28922790X-RAY DIFFRACTION89.83
2.39-2.740.3331570.272880X-RAY DIFFRACTION93.22
2.74-3.440.26711510.22062890X-RAY DIFFRACTION93.05
3.45-200.19871560.18582889X-RAY DIFFRACTION89.04
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.747894487170.5563043207080.07785543627120.7573168091560.3239678145271.295285509160.17516425454-0.277260598279-0.4263807731520.2002883699730.166238783028-0.388741858760.1647368470060.568630680203-0.2057724886550.1757988561510.0360797778084-0.07850701174860.330115416358-0.1516414402210.4287209846056.34295587941-5.6940578904522.6829551001
21.03709101016-0.546138003211-0.156587563013.117554883581.865564222872.693528956560.2459290441590.23107708852-0.0196346253113-1.24829588645-1.090585018760.739719459126-0.724026210717-1.593865777440.33238110475-0.1138622818150.00939467869662-0.05042054355660.580662997795-0.2465996695060.335649512205-21.1156729833-5.6299819727812.9868891082
31.551860972980.05455502984190.1188781678391.86542000651.53967721272.692833832620.1802653529740.0151190300927-0.08290910468670.479335193825-0.4384629393220.2647708114150.765473762332-0.5904325880510.03472475672150.313129408667-0.1973274584040.1031063882130.229441175622-0.0898412597610.247720455032-14.5846240967-13.331839234819.0787575509
40.9833784522930.1417206399510.9588142415682.172308296830.7617784077442.510929313280.08509554635750.09987402580130.138645946031-0.1851244970390.235391597925-0.495703955522-0.4055585206570.687956460302-0.274355281880.214199829263-0.0735620295310.08914709826560.355572058903-0.08014524513170.3550560178458.75972661256-1.8763344707513.1004487668
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 39 through 75 )39 - 751 - 37
22chain 'A' and (resid 76 through 141 )76 - 14138 - 103
33chain 'A' and (resid 142 through 201 )142 - 201104 - 163
44chain 'A' and (resid 202 through 251 )202 - 251164 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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