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- PDB-8z7k: Crystal structure of Hemolysin co-regulated protein 1 (Hcp1) Vari... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z7k
タイトルCrystal structure of Hemolysin co-regulated protein 1 (Hcp1) VariantB from Burkholderia pseudomallei
要素Hcp family type VI secretion system effector
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Burkholderia pseudomallei / melioidosis / hemolysin co-regulated protein (Hcp1)
機能・相同性Type VI secretion system effector Hcp / Hcp1-like superfamily / Type VI secretion system effector, Hcp / Hcp protein
機能・相同性情報
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.582 Å
データ登録者Lebedev, A.A. / Charoenwattanasatien, R. / Tandhavanant, S. / Chantratita, N.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Other government
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U01AI115520 米国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)HDTRA1-18-C-0062 米国
引用ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2025
タイトル: Genetic variation of hemolysin co-regulated protein 1 affects the immunogenicity and pathogenicity of Burkholderia pseudomallei.
著者: Tandhavanant, S. / Yimthin, T. / Sengyee, S. / Charoenwattanasatien, R. / Lebedev, A.A. / Lafontaine, E.R. / Hogan, R.J. / Chewapreecha, C. / West, T.E. / Brett, P.J. / Burtnick, M.N. / Chantratita, N.
履歴
登録2024年4月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Hcp family type VI secretion system effector
B: Hcp family type VI secretion system effector
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0236
ポリマ－39,6392
非ポリマー3844
水2,342130
1
A: Hcp family type VI secretion system effector
ヘテロ分子

A: Hcp family type VI secretion system effector
ヘテロ分子

A: Hcp family type VI secretion system effector
ヘテロ分子

A: Hcp family type VI secretion system effector
ヘテロ分子

A: Hcp family type VI secretion system effector
ヘテロ分子

A: Hcp family type VI secretion system effector
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,06918
ポリマ－118,9166
非ポリマー1,15312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
2
B: Hcp family type VI secretion system effector
ヘテロ分子

B: Hcp family type VI secretion system effector
ヘテロ分子

B: Hcp family type VI secretion system effector
ヘテロ分子

B: Hcp family type VI secretion system effector
ヘテロ分子

B: Hcp family type VI secretion system effector
ヘテロ分子

B: Hcp family type VI secretion system effector
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,06918
ポリマ－118,9166
非ポリマー1,15312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.721, 82.721, 64.066
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-307-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 2 - 168 / Label seq-ID: 10 - 176

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

#1: タンパク質 Hcp family type VI secretion system effector / Hcp protein / Type VI secretion system effector / Hcp1 family protein / Type VI secretion system ...Hcp protein / Type VI secretion system effector / Hcp1 family protein / Type VI secretion system tube protein Hcp


分子量: 19819.398 Da / 分子数: 2 / 変異: Q14T, H90Y, R91S, T94A, T96K, T96_T97insE, T167K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: K96243
遺伝子: hcp, BOC38_23720, CXQ84_30560, EGY15_21510, Y036_6368
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G4XEK9
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 3.75% v/v 2-propanol, 25% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99984 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年8月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→47.76 Å / Num. obs: 32755 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 29.5 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.048 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
8.66-47.769.50.02674.32260.9990.0130.0291.2497.8
1.58-1.614.42.0130.712110.2581.4582.5030.7971.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0425精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.582→47.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.84 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.109
詳細: This atomic model is a periodic representation of a partially disordered crystal. In the model, occupancies of atoms are 0.5 or 0.25, and chains A and B overlap with symmetry copies of B and ...詳細: This atomic model is a periodic representation of a partially disordered crystal. In the model, occupancies of atoms are 0.5 or 0.25, and chains A and B overlap with symmetry copies of B and A, respectively. The ordered crystal domains are likely to belong to space group P6 and have unit cell dimensions a = 143.3 and c = 128.1 A and unit cell volume six times larger than in the representation. Using indexing defined by crystal lattice of ordered domains, the diffraction of the whole crystal is described as follows. Reflections l = 2n, h - k = 3n are well-defined and are almost unaffected by partial disorder, reflections l = 2n, h - k = 3n +/- 1 are pseudo-extinctions due to the NCS translations in the ordered domains, reflections l = 2n + 1, h - k = 3n are stochastic extinctions due to destructive interference between ordered domains, and reflections l = 2n + 1, h - k = 3n +/- 1 are diffuse because of small sizes of ordered domains. Only the reflections of the first kind were measured and deposited, with indexing corresponding to the unit cell of the representation.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 1558 4.757 %
Rwork0.2247 31195 -
all0.226 --
obs-32753 95.926 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 35.751 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.131 Å2-0.566 Å2-0 Å2
2---1.131 Å20 Å2
3---3.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.582→47.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2182 0 20 130 2332
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0122269
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0162132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6641.8433057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5751.7594943
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6565281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg4.28656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.94110401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.1411089
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022541
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0170.02479
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5563.3351136
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5543.3391137
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1175.9481413
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.1155.9521414
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5423.7171133
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.5183.711126
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.8416.651644
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.836.6351633
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.88624.8611055
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.88324.7831049
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTION00
12AX-RAY DIFFRACTION00
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.582-1.6230.376990.3841765X-RAY DIFFRACTION73.8803
1.623-1.6670.3651240.3591954X-RAY DIFFRACTION85.5496
1.667-1.7160.2951170.3252050X-RAY DIFFRACTION90.4424
1.716-1.7680.333850.2862080X-RAY DIFFRACTION94.6241
1.768-1.8260.3331150.2652113X-RAY DIFFRACTION99.1986
1.826-1.890.2581030.242074X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.9610.214850.2042019X-RAY DIFFRACTION100
1.961-2.0410.2481100.191894X-RAY DIFFRACTION100
2.041-2.1320.252870.1921854X-RAY DIFFRACTION100
2.132-2.2360.241960.1881763X-RAY DIFFRACTION100
2.236-2.3560.215750.1771660X-RAY DIFFRACTION100
2.356-2.4990.242940.1871606X-RAY DIFFRACTION100
2.499-2.6710.232660.1791498X-RAY DIFFRACTION100
2.671-2.8840.208560.1731399X-RAY DIFFRACTION100
2.884-3.1580.212560.1941283X-RAY DIFFRACTION100
3.158-3.5290.215440.2051180X-RAY DIFFRACTION100
3.529-4.0720.215510.1821028X-RAY DIFFRACTION100
4.072-4.9780.149450.164893X-RAY DIFFRACTION100
4.978-7.0020.254320.253684X-RAY DIFFRACTION100
7.002-47.760.524180.688398X-RAY DIFFRACTION97.8824

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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