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- PDB-8z78: Crystal structure of Procerain-B from Calotropis gigantea with gl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z78
タイトルCrystal structure of Procerain-B from Calotropis gigantea with glycerol
要素Procerain B
キーワードHYDROLASE / plant protease / cystein peptidase / leaf latex
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Calotropis (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kumar, A. / Jamdar, S.N. / Makde, R.D.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Other government インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Procerain-B from Calotropis gigantea with glycerol
著者: Kumar, A. / Jamdar, S.N. / Makde, R.D.
履歴
登録2024年4月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Procerain B
B: Procerain B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4362
ポリマ－77,4362
非ポリマー00
水3,333185
1
A: Procerain B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7181
ポリマ－38,7181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Procerain B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7181
ポリマ－38,7181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.478, 91.697, 64.646
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 129 through 321 or resid 325 through 339))
d_2ens_1chain "B"

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11PROPROSERSERAA129 - 321129 - 321
d_12GLYGLYTYRTYRAA325 - 339325 - 339
d_21PROPROTYRTYRBB129 - 339129 - 339

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999994941252, 0.00211615218754, -0.00237473601512), (-0.00209867309275, -0.999970867288, -0.00733894719016), (-0.00239019716177, -0.00733392626969, 0.999970249799) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999994941252, 0.00211615218754, -0.00237473601512), (-0.00209867309275, -0.999970867288, -0.00733894719016), (-0.00239019716177, -0.00733392626969, 0.999970249799)
ベクター: -23.7012848278, -0.192901028721, -32.3533727191)

-
要素

#1: タンパク質 Procerain B


分子量: 38718.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Calotropis (植物) / 器官: Leaf / Variant: Mumbai / 発現宿主: Calotropis gigantea (植物) / 参照: UniProt: A0A0A0Q2K8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 4.6
詳細: 0.2 M phospho-citrate pH 4.6, 65% PEG 400, 15% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97893 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2023年10月14日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97893 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.45
反射解像度: 1.9→45.85 Å / Num. obs: 28785 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 13.53 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.155 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.625 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 1799 / CC1/2: 0.765 / Rpim(I) all: 0.314 / Rrim(I) all: 0.702 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
RESOLVEモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→37.4 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.9044
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2131 1492 5.19 %
Rwork0.163 27267 -
obs0.1664 28759 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3315 0 0 185 3500
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00473392
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73074582
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0526463
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007594
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.02521242
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.8044389072 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.960.26841570.21522411X-RAY DIFFRACTION90.67
1.96-2.030.26331380.18462407X-RAY DIFFRACTION93.77
2.03-2.110.22181460.17842495X-RAY DIFFRACTION94.01
2.11-2.210.21531080.16342475X-RAY DIFFRACTION95.3
2.21-2.330.24351410.16612485X-RAY DIFFRACTION94.24
2.33-2.470.22761230.16292493X-RAY DIFFRACTION95.12
2.47-2.660.20261430.15642507X-RAY DIFFRACTION94.57
2.66-2.930.20791420.1542471X-RAY DIFFRACTION94.53
2.93-3.350.20861070.15932499X-RAY DIFFRACTION95.78
3.35-4.220.17551360.14452499X-RAY DIFFRACTION94.59
4.23-37.40.20321400.17342536X-RAY DIFFRACTION94.31
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.01212247597-0.00385178086398-0.07512770576731.315349498220.1096460870031.17042026992-0.009019177526970.017299187808-0.0235191915954-0.0228358012715-0.00258251161873-0.08630755296290.03293969230330.1091670036560.002814202087130.06424568792990.001105080782280.02405184651280.1469460843210.02775720961220.0970414795292-4.21893108583-6.12031679895-3.14517871636
20.8380657617530.08046979928530.2460205936851.977709002970.2453070733231.50461660058-0.001334401548890.04794378390280.09690401018760.00929471253353-0.001432409636990.0122792887529-0.0933529865355-0.0125408768862-0.003706040283180.06871334370610.01307310177490.01285793991950.116693383040.03887357410340.079083944268-14.95005801573.4138003492-2.69075406703
31.843487753930.964105721142-0.1362391652755.832766218360.4391674601673.280057057350.0362188245430.3711629745630.0797303808627-0.142328078440.1218190277210.008421602051930.18172611136-0.153216634606-0.1058903177220.0635066744730.007539628568390.04150554916830.19390586570.03066100179140.109741395145-14.0966367186-2.24054525628-13.007539809
43.299938355063.21663815712-3.204746679944.22145482554-2.034271460594.38638083753-0.2032670523410.295037237636-0.675169395526-0.2344119676950.0841651183153-0.09024830128960.200412955756-0.2162182487860.1300128023680.142992879810.01111550523140.006314006335760.163900592121-0.003297182019540.160638030249-11.3844575841-22.27167186-7.37227074077
51.87992238526-0.00624483479186-0.8715984021191.62014016932-0.7467461700022.987071678460.1026545320440.0131769720014-0.06937266569260.1198795323550.1354099953540.01579970858280.0825967456533-0.0811212996671-0.1887027296860.114644535424-0.01675828515470.008409444171040.117719559297-0.01356980967570.049130580567-9.75563580545-14.82889856255.23566562502
63.4934574368-0.213976912533-1.03535299872.77255410983-0.4187256135762.9635883381-0.0270789012065-0.429090933289-0.08758629364560.2701082717450.08856902258190.089338873311-0.007205951784230.157472652628-0.02128472072240.17139766987-0.01545121654240.01591218468150.0954106730049-0.006160518841270.128190328247-8.21178672666-18.214842592212.2103384747
71.116614445360.265237034324-0.2544000937720.9053576940050.05538469312680.8247002190860.02444053979040.0559878037357-0.225564859820.0801093771935-0.00419532099195-0.04465573207690.1559009095860.00500045018396-0.03742148895910.0741541666797-0.00471961814040.01446206013290.109202700754-0.003769473351980.144017363066-5.63083858282-16.63865922011.97941133518
81.12340826089-0.01115026513920.22624115111.068113876830.20230993831.47024916032-0.02604206853440.143733337420.0345802872874-0.0227716268675-0.007807934241130.0836737550241-0.03762801417010.009001956429090.02865178049320.09370362364380.003948167889190.03722740756760.1577214932470.01330872205870.0874611153941-19.45213097416.03950573653-35.4909964464
92.51808515651-0.4452647022481.40316742472.26980821716-0.144130685621.54817314080.1922662579820.0286655002635-0.325099883801-0.0576302793748-0.127252590056-0.0854366979884-0.00964974253959-0.162654357625-0.0636201770220.09832796264210.02014499872080.02719774225110.181069982364-0.006797988555340.100863390673-8.46274184168-1.34838253393-34.3432297844
101.172778010170.2702493980520.09720937321811.99001448292-0.4499281610892.044405735920.020865718640.0665284149294-0.00574216087275-0.0122814609558-0.00806882120591-0.09314427852110.3452027989350.0433641298894-0.002493891493950.09638037343790.008822977501520.008480259230450.1967537780510.03664825006250.110190077689-8.92755011131-5.17079402623-35.4689644292
112.604991764431.5106597626-0.5153973067117.95813745354-0.6614460437663.44191088237-0.093072962552-0.0837681537152-0.0125172784207-0.321371392030.106695114039-0.255128049088-0.3243550246820.248914545928-0.003032670293660.1934433474-0.03121520137060.05958310982870.2491174961910.0112380022440.0967312932349-9.607912779092.06323945983-45.2722770406
121.515342699680.04572865640640.8580055477521.3647834220.4964846107082.76406571915-0.08587476823380.2271771728890.113198553851-0.05629461395630.0300882743063-0.026206325819-0.4236621584170.3456137510160.04743590261470.119871303423-0.01197981914070.01224656327660.1887087947060.02914912664420.135056563171-13.342613277517.9887181909-32.6261835321
131.24781785302-0.552239092474-0.08948125681071.665855598310.3945837751213.11248879799-0.0294893573372-0.330478901037-0.2220449156280.2205234602430.0006793362816720.0405184076923-0.002036187551344.71960294983E-50.02867955266690.190191325713-0.009375445985510.01902907127640.2582494687740.06424713671040.0787837780719-15.705005484717.6714233102-20.0365292407
141.06254694075-0.117847728402-0.03123368705461.309657122360.9209694840942.796052597240.0735136597945-0.1189877831060.179163097249-0.00344441846746-0.03854927344320.0421613093333-0.1811482062430.0923667346329-0.03336718158640.107168031793-0.009672727186290.02751368059290.140606473333-0.003514619711790.124538077828-18.443592457915.7575562319-30.3863634044
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 129 through 169 )AA129 - 1691 - 41
22chain 'A' and (resid 170 through 225 )AA170 - 22542 - 97
33chain 'A' and (resid 226 through 236 )AA226 - 23698 - 108
44chain 'A' and (resid 237 through 249 )AA237 - 249109 - 121
55chain 'A' and (resid 250 through 266 )AA250 - 266122 - 138
66chain 'A' and (resid 267 through 282 )AA267 - 282139 - 154
77chain 'A' and (resid 283 through 339 )AA283 - 339155 - 211
88chain 'B' and (resid 129 through 169 )BB129 - 1691 - 41
99chain 'B' and (resid 170 through 194 )BB170 - 19442 - 66
1010chain 'B' and (resid 195 through 225 )BB195 - 22567 - 97
1111chain 'B' and (resid 226 through 236 )BB226 - 23698 - 108
1212chain 'B' and (resid 237 through 266 )BB237 - 266109 - 138
1313chain 'B' and (resid 267 through 282 )BB267 - 282139 - 154
1414chain 'B' and (resid 283 through 339 )BB283 - 339155 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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