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- PDB-8z73: Crystal Structure of AF9 in complex with H3K9la peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z73
タイトルCrystal Structure of AF9 in complex with H3K9la peptide
要素
  • Histone H3.3C
  • Protein AF-9
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / YEATS domain
機能・相同性
機能・相同性情報


modification-dependent protein binding / regulation of stem cell division / segment specification / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / anterior/posterior pattern specification / nucleosomal DNA binding / hematopoietic stem cell differentiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex ...modification-dependent protein binding / regulation of stem cell division / segment specification / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / anterior/posterior pattern specification / nucleosomal DNA binding / hematopoietic stem cell differentiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription elongation factor complex / : / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / euchromatin / structural constituent of chromatin / nucleosome / chromosome / positive regulation of cell growth / gene expression / molecular adaptor activity / histone binding / protein heterodimerization activity / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
AF-9, ANC1 homology domain / : / ANC1 homology domain (AHD) / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 ...AF-9, ANC1 homology domain / : / ANC1 homology domain (AHD) / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein AF-9 / Histone H3.3C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.906 Å
データ登録者Li, H.T. / Ma, H.D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of AF9 in complex with H3K9la peptide
著者: Ma, H.D. / Li, H.T.
履歴
登録2024年4月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein AF-9
P: Histone H3.3C
B: Protein AF-9
C: Histone H3.3C
D: Protein AF-9
E: Histone H3.3C
F: Protein AF-9
G: Histone H3.3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,13512
ポリマ－78,8878
非ポリマー2484
水1,982110
1
A: Protein AF-9
P: Histone H3.3C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7222
ポリマ－19,7222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein AF-9
C: Histone H3.3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7843
ポリマ－19,7222
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: Protein AF-9
E: Histone H3.3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7843
ポリマ－19,7222
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
F: Protein AF-9
G: Histone H3.3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8464
ポリマ－19,7222
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.587, 116.587, 168.824
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質
Protein AF-9 / ALL1-fused gene from chromosome 9 protein / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia translocated ...ALL1-fused gene from chromosome 9 protein / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia translocated to chromosome 3 protein / YEATS domain-containing protein 3


分子量: 18500.256 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminally processed / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLLT3, AF9, YEATS3 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42568
#2: タンパク質・ペプチド
Histone H3.3C / Histone H3.5


分子量: 1221.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6NXT2
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.69 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.4M Sodium Malonate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 29694 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 1.005 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 202935
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.9-2.956.80.78314560.8910.9710.3240.850.471100
2.95-36.60.70614790.9270.9810.2970.7680.50199.9
3-3.066.20.54514760.9340.9830.2390.5970.501100
3.06-3.126.50.4814620.9530.9880.2040.5230.543100
3.12-3.1970.37214540.9650.9910.1510.4020.59100
3.19-3.276.90.31114660.9770.9940.1270.3370.633100
3.27-3.356.50.26214880.980.9950.1110.2850.69399.9
3.35-3.446.70.20614630.9860.9960.0860.2240.778100
3.44-3.547.40.17714890.990.9970.0710.1910.9299.9
3.54-3.657.30.14514760.9940.9990.0580.1571.00199.9
3.65-3.787.30.13314600.9920.9980.0530.1431.11399.9
3.78-3.947.20.10714940.9940.9980.0430.1161.14199.9
3.94-4.117.20.09714770.9940.9990.0390.1051.28299.6
4.11-4.337.20.07914700.9970.9990.0320.0861.37899.1
4.33-4.670.0714870.9950.9990.0290.0761.53699.1
4.6-4.966.90.06114870.9970.9990.0250.0671.51699.2
4.96-5.466.40.0615000.9970.9990.0250.0651.35999.7
5.46-6.246.30.05815140.9980.9990.0250.0631.20699.7
6.24-7.866.60.0515400.9980.9990.0210.0541.20299.4
7.86-506.80.04415560.99810.0170.0471.53395.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3247: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TMP

4tmp


解像度: 2.906→24.964 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2205 1427 4.83 %
Rwork0.1956 --
obs0.1968 29561 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.906→24.964 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4877 0 16 110 5003
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015029
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1276766
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.9561926
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066698
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007879
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.906-30.33881280.29122743X-RAY DIFFRACTION98
3.0093-3.12960.28491480.25842797X-RAY DIFFRACTION100
3.1296-3.27170.24491460.2432762X-RAY DIFFRACTION100
3.2717-3.44380.2461420.22322820X-RAY DIFFRACTION100
3.4438-3.65890.25031320.2042816X-RAY DIFFRACTION100
3.6589-3.94040.20781500.19572796X-RAY DIFFRACTION100
3.9404-4.33510.2051380.17922808X-RAY DIFFRACTION99
4.3351-4.95810.17421260.14992842X-RAY DIFFRACTION99
4.9581-6.23060.19291500.17472857X-RAY DIFFRACTION100
6.23-24.960.21691670.19282893X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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