PDB-8z6o: Crystal structure of HDGFRP2 PWWP domain in complex with Varenicline

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8z6o

タイトル

Crystal structure of HDGFRP2 PWWP domain in complex with Varenicline

要素

Hepatoma-derived growth factor-related protein 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Complex / hit / Hepatoma-derived growth factor-related protein 2 / PWWP domain

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3K27me3 reader activity / skeletal muscle tissue regeneration / muscle cell differentiation / histone H3K9me2/3 reader activity / muscle organ development / DNA repair-dependent chromatin remodeling / histone reader activity / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of cell growth / DNA recombination ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Wei, X. / Ruan, K.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fragment based discovery of small molecule inhibitors of the HDGFRP2 PWWP domain
著者: Wei, X. / Ruan, K.

履歴

登録	2024年4月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8z6o.cif.gz	90.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8z6o.ent.gz	67.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8z6o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8z6o_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8z6o_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8z6o_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	8z6o_validation.cif.gz	16.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/8z6o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/8z6o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8z6cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Hepatoma-derived growth factor-related protein 2

B: Hepatoma-derived growth factor-related protein 2

ヘテロ分子

21.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hepatoma-derived growth factor-related protein 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Hepatoma-derived growth factor-related protein 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.054, 39.012, 41.720
Angle α, β, γ (deg.)	63.16, 70.31, 73.59
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Hepatoma-derived growth factor-related protein 2 / HDGF-related protein 2 / HRP-2 / Hepatoma-derived growth factor 2 / HDGF-2 分子量: 10657.184 Da / 分子数: 2 / 断片: PWWP domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDGFL2, HDGF2, HDGFRP2, HRP2, UNQ785/PRO1604 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z4V5
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-QMR / VARENICLINE 分子量: 211.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₃N₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.63 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08 M magnesium acetate tetrahydrate, 0.05 M sodium cacodylate trihydrate (pH 6.5), 30% w/v polyethylene glycol 4000 solution

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→36.1 Å / Num. obs: 25245 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / R_merge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1177 / CC_1/2: 0.902

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→36.1 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 24.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2145	1243	4.93 %
R_work	0.187	-	-
obs	0.1884	25229	94.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→36.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1425	0	20	181	1626

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1515
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.791	2067
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.724	198
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	192
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	274

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.61	0.3061	147	0.2648	2564	X-RAY DIFFRACTION	92
1.61-1.69	0.2497	134	0.22	2689	X-RAY DIFFRACTION	95
1.69-1.77	0.2275	140	0.1956	2671	X-RAY DIFFRACTION	95
1.77-1.89	0.2627	119	0.1896	2653	X-RAY DIFFRACTION	95
1.89-2.03	0.2283	160	0.1921	2695	X-RAY DIFFRACTION	95
2.03-2.24	0.2085	142	0.1787	2679	X-RAY DIFFRACTION	96
2.24-2.56	0.2379	142	0.1984	2670	X-RAY DIFFRACTION	95
2.56-3.22	0.2239	130	0.1971	2708	X-RAY DIFFRACTION	95
3.22-36.1	0.1717	129	0.1641	2657	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2856	-0.0864	0.4254	4.2012	0.3362	5.228	0.0969	-0.2604	-0.2416	0.1296	-0.1045	-0.2019	0.3792	0.0974	-0.0177	0.1252	0.009	-0.0148	0.0848	0.0341	0.1034	-0.2117	-1.5241	2.0724
2	5.634	-3.015	-1.4725	6.5791	4.9816	3.9263	0.04	0.5909	-0.1455	-0.5158	-0.5169	0.3621	-0.2846	-0.5662	0.458	0.305	0.0402	-0.0058	0.2314	-0.0325	0.2044	-1.7153	-12.324	-7.8857
3	1.9959	2.6988	-0.6872	3.9229	-1.1017	4.023	-0.0343	-0.1129	-0.0673	0.1195	-0.1365	-0.0338	-0.081	-0.0802	0.1819	0.1124	0.0352	0.0047	0.0973	0.0186	0.1306	-0.4312	-1.6425	2.2379
4	6.4425	0.6321	3.2435	3.782	-0.6344	6.9762	0.0054	0.0819	0.199	0.0897	-0.0758	-0.2212	-0.266	0.3615	0.0412	0.1261	-0.0067	0.0215	0.1037	-0.0015	0.1672	3.8746	8.5252	-1.5737
5	3.926	0.6241	-0.326	4.7372	-1.3299	3.7883	0.0428	-0.1891	0.048	0.2302	-0.111	0.0569	-0.082	0.0902	0.0642	0.1154	0.0065	0.0068	0.0744	-0.0071	0.0601	-13.181	10.4782	-14.0554
6	2.8136	-0.9728	-1.3708	3.0743	1.3551	0.9515	0.032	-0.0843	0.5688	-0.1149	0.273	-0.5557	-0.4431	0.2853	-0.3238	0.3482	0.0418	-0.0203	0.1625	-0.0254	0.2723	-12.5172	25.2025	-9.6099
7	2.651	0.2373	2.015	2.9616	-0.1191	3.6484	-0.0526	-0.0107	-0.0308	-0.0497	-0.0261	-0.1814	0.1625	0.0034	0.0654	0.1026	0.0066	0.0471	0.1042	0.0051	0.0887	-12.7426	10.4715	-14.1355
8	5.5162	2.6759	-0.9574	6.2394	-2.2538	4.5122	-0.0755	0.3018	-0.1254	-0.3095	0.1558	0.2062	0.3437	-0.3391	-0.0916	0.1216	-0.0073	-0.0144	0.1555	-0.0151	0.1059	-18.0271	8.1346	-24.399

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 38 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 39 through 68 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 69 through 93 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 4 through 25 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 26 through 38 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 39 through 68 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 69 through 92 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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