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万見
- PDB-8z6h: Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with Phosphatidylg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z6h
タイトルStructure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with Phosphatidylglycerol-bound
要素
  • Polycystin-1
  • Polycystin-2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Heterotetrameric TRP channel / Polycystin
機能・相同性
機能・相同性情報


metanephric distal tubule morphogenesis / nitrogen cycle metabolic process / detection of nodal flow / metanephric smooth muscle tissue development / metanephric cortex development / metanephric cortical collecting duct development / metanephric distal tubule development / polycystin complex / mesonephric tubule development / mesonephric duct development ...metanephric distal tubule morphogenesis / nitrogen cycle metabolic process / detection of nodal flow / metanephric smooth muscle tissue development / metanephric cortex development / metanephric cortical collecting duct development / metanephric distal tubule development / polycystin complex / mesonephric tubule development / mesonephric duct development / metanephric part of ureteric bud development / renal tubule morphogenesis / determination of liver left/right asymmetry / HLH domain binding / lung epithelium development / metanephric ascending thin limb development / lymph vessel morphogenesis / metanephric mesenchyme development / metanephric S-shaped body morphogenesis / basal cortex / renal artery morphogenesis / mitocytosis / positive regulation of inositol 1,4,5-trisphosphate-sensitive calcium-release channel activity / metanephric proximal tubule development / calcium-induced calcium release activity / calcium-independent cell-matrix adhesion / Wnt receptor activity / migrasome / cilium organization / VxPx cargo-targeting to cilium / genitalia development / detection of mechanical stimulus / muscle alpha-actinin binding / regulation of calcium ion import / voltage-gated monoatomic ion channel activity / placenta blood vessel development / response to fluid shear stress / cellular response to hydrostatic pressure / Golgi-associated vesicle membrane / cation channel complex / cellular response to fluid shear stress / metanephric collecting duct development / outward rectifier potassium channel activity / actinin binding / cellular response to osmotic stress / non-motile cilium / digestive tract development / determination of left/right symmetry / inorganic cation transmembrane transport / voltage-gated monoatomic cation channel activity / aorta development / cartilage development / neural tube development / motile cilium / voltage-gated sodium channel activity / ciliary membrane / cartilage condensation / branching involved in ureteric bud morphogenesis / protein heterotetramerization / branching morphogenesis of an epithelial tube / skin development / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / spinal cord development / establishment of cell polarity / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / heart looping / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / centrosome duplication / voltage-gated potassium channel activity / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / anatomical structure morphogenesis / potassium channel activity / lateral plasma membrane / embryonic placenta development / voltage-gated calcium channel activity / regulation of cell adhesion / transcription regulator inhibitor activity / monoatomic cation channel activity / cytoskeletal protein binding / cellular response to cAMP / regulation of proteasomal protein catabolic process / release of sequestered calcium ion into cytosol / potassium ion transmembrane transport / calcium channel complex / sodium ion transmembrane transport / regulation of mitotic spindle organization / cytoplasmic vesicle membrane / cellular response to calcium ion / protein export from nucleus / liver development / basal plasma membrane / cell-matrix adhesion / kidney development / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to reactive oxygen species / establishment of localization in cell / phosphoprotein binding / protein tetramerization / calcium ion transmembrane transport
類似検索 - 分子機能
Polycystic kidney disease type 1 protein / PKD/REJ-like domain / Polycystin cation channel / REJ domain / REJ domain / REJ domain profile. / Polycystin-1 like, PLAT/LH2 domain / Carbohydrate-binding WSC / WSC domain / WSC domain profile. ...Polycystic kidney disease type 1 protein / PKD/REJ-like domain / Polycystin cation channel / REJ domain / REJ domain / REJ domain profile. / Polycystin-1 like, PLAT/LH2 domain / Carbohydrate-binding WSC / WSC domain / WSC domain profile. / present in yeast cell wall integrity and stress response component proteins / PKD domain / Ferredoxin I 4Fe-4S cluster domain / : / Polycystic kidney disease type 2 protein / Polycystin domain / Polycystin domain / Lipoxygenase homology 2 (beta barrel) domain / PLAT/LH2 domain / PLAT/LH2 domain superfamily / PLAT/LH2 domain / PLAT domain profile. / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / GPS motif / GAIN-B domain profile. / G-protein-coupled receptor proteolytic site domain / PKD domain / Polycystin cation channel, PKD1/PKD2 / Polycystin cation channel / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Voltage-dependent channel domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PGW / Polycystin-1 / Polycystin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Chen, M.Y. / Su, Q. / Shi, Y.G.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930059 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81920108015 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with Phosphatidylglycerol-bound
著者: Chen, M. / Su, Q. / Shi, Y.
履歴
登録2024年4月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polycystin-1
B: Polycystin-2
C: Polycystin-2
D: Polycystin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)481,36911
ポリマ－479,2934
非ポリマー2,0767
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Polycystin-1 / PC1 / Autosomal dominant polycystic kidney disease 1 protein


分子量: 138627.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKD1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P98161
#2: タンパク質 Polycystin-2 / PC2 / Autosomal dominant polycystic kidney disease type II protein / Polycystic kidney disease 2 ...PC2 / Autosomal dominant polycystic kidney disease type II protein / Polycystic kidney disease 2 protein / Polycystwin / R48321 / Transient receptor potential cation channel subfamily P member 2


分子量: 113555.008 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKD2, TRPP2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13563
#3: 化合物 ChemComp-PGW / (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Palmitoyl-2-Oleoyl-sn-Glycero-3-[Phospho-(1-glycerol)] / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / POPG


分子量: 749.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with Phosphatidylglycerol-bound
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 852238 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00217984
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.49824451
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.1252438
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0392788
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0033045

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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