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- PDB-8z60: Cryo-EM structure of the polar flagellar motor-hook complex -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 8z60
タイトルCryo-EM structure of the polar flagellar motor-hook complex
要素
  • (Flagellar basal-body rod protein ...) x 3
  • (Flagellar biosynthetic protein ...) x 4
  • (FlgH) x 2
  • Component of sodium-driven polar flagellar motor
  • Flagella basal-body protein
  • Flagellar M-ring protein
  • Flagellar assembly lipoprotein FlgP
  • Flagellar basal body rod protein FlgB
  • Flagellar hook protein FlgE
  • Flagellar hook-basal body complex protein FliE
  • FlgB-Dc
  • FlgI
  • FliE-helix 1
  • LRR
  • Sodium-type flagellar motor component
キーワードMOTOR PROTEIN / Polar flagellum / Polar flagellar motor
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum basal body, distal rod / bacterial-type flagellum basal body, rod / bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum basal body, MS ring / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / cytoskeletal motor activity / bacterial-type flagellum assembly / protein secretion ...bacterial-type flagellum basal body, distal rod / bacterial-type flagellum basal body, rod / bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum basal body, MS ring / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / cytoskeletal motor activity / bacterial-type flagellum assembly / protein secretion / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / protein targeting / cell outer membrane / structural molecule activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Flagellar assembly protein T, N-terminal / Flagellar assembly protein T, middle domain / Flagellar assembly protein T, C-terminal / FlgT, C-terminal domain superfamily / MotY N-terminal domain / Flagellar assembly protein T, C-terminal domain / Flagellar assembly protein T, middle domain / Flagellar assembly protein T, N-terminal domain / MotY N-terminal domain / Flagellar protein FlgP ...Flagellar assembly protein T, N-terminal / Flagellar assembly protein T, middle domain / Flagellar assembly protein T, C-terminal / FlgT, C-terminal domain superfamily / MotY N-terminal domain / Flagellar assembly protein T, C-terminal domain / Flagellar assembly protein T, middle domain / Flagellar assembly protein T, N-terminal domain / MotY N-terminal domain / Flagellar protein FlgP / : / Flagellar biosynthetic protein FlhB / FlgT, N-terminal domain superfamily / Flagellar basal-body rod FlgF / Type III secretion system substrate exporter / Type III secretion system substrate exporter, C-terminal / FlhB HrpN YscU SpaS Family / Flagellar hook-basal body complex protein FliE / Flagellar basal-body rod FlgG / Flagellar hook-basal body complex protein FliE / Flagellar basal-body rod protein FlgC / Flagellar biosynthesis protein FliQ / Flagellar basal-body rod protein FlgB / Flagellar transport protein FliP / Flagellar biosynthesis protein FliR / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. / Flagellar hook protein FlgE superfamily / Flagellar hook protein FlgE / Flagellar basal body protein FlaE D2 domain / Sel1 repeat / Sel1-like repeat / Sel1-like repeats. / Bacterial export protein family 3 / Bacterial export proteins, family 3 / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G-like / : / Flagellar hook protein FlgE/F/G D1 domain / Flagella transport protein fliP family signature 1. / Type III secretion system inner membrane P protein / FliP family / Flagella transport protein fliP family signature 2. / Type III secretion system inner membrane R protein / Bacterial export proteins, family 1 / Flagellar basal body rod protein, conserved site / Flagella basal body rod proteins signature. / Flagellar basal body rod protein, N-terminal / Flagellar basal-body/hook protein, C-terminal domain / Flagella basal body rod protein / Flagellar basal body rod FlgEFG protein C-terminal / Flagellar M-ring protein FliF / Flagellar M-ring C-terminal / Flagellar M-ring protein C-terminal / : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / Lipoprotein YscJ/Flagellar M-ring protein / Secretory protein of YscJ/FliF family / Flagellar M-ring , N-terminal / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar basal body rod protein FlgB / Flagellar basal-body rod protein FlgC / Flagellar basal-body rod protein FlgF / Flagellar assembly lipoprotein FlgP / Flagellar hook-basal body complex protein FliE / Flagellar hook protein FlgE / Flagellar biosynthetic protein FliQ / Flagellar basal-body rod protein FlgG / Flagellar biosynthetic protein FlhB / Flagellar biosynthetic protein FliR ...Flagellar basal body rod protein FlgB / Flagellar basal-body rod protein FlgC / Flagellar basal-body rod protein FlgF / Flagellar assembly lipoprotein FlgP / Flagellar hook-basal body complex protein FliE / Flagellar hook protein FlgE / Flagellar biosynthetic protein FliQ / Flagellar basal-body rod protein FlgG / Flagellar biosynthetic protein FlhB / Flagellar biosynthetic protein FliR / Flagellar biosynthetic protein FliP / Flagella basal-body protein / Component of sodium-driven polar flagellar motor / Flagellar M-ring protein / Sodium-type flagellar motor component
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio alginolyticus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Zhang, L. / Tan, J.X. / Zhou, Y. / Zhu, Y.Q.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81925024 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U23A20163 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0503900 中国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Cryo-EM structure of the polar flagellar motor-hook complex
著者: Zhang, L. / Tan, J.X. / Zhou, Y. / Zhu, Y.Q.
履歴
登録2024年4月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: LRR
1: Flagellar biosynthetic protein FliP
2: Flagellar biosynthetic protein FliP
3: Flagellar biosynthetic protein FliP
4: Flagellar biosynthetic protein FliQ
5: Flagellar biosynthetic protein FliQ
6: Flagellar biosynthetic protein FliQ
7: Flagellar biosynthetic protein FliQ
8: Flagellar biosynthetic protein FliR
9: LRR
A: Flagellar basal-body rod protein FlgG
A1: Flagellar hook protein FlgE
A2: Flagellar hook protein FlgE
A3: Flagellar hook protein FlgE
AA: Flagellar M-ring protein
AB: Flagellar M-ring protein
AC: Flagellar M-ring protein
AD: Flagellar M-ring protein
AE: Flagellar M-ring protein
AF: Flagellar M-ring protein
AG: Flagellar M-ring protein
AH: Flagellar M-ring protein
AI: Flagellar M-ring protein
AJ: Flagellar M-ring protein
AK: Flagellar M-ring protein
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B: Flagellar basal-body rod protein FlgG
C: Flagellar basal-body rod protein FlgG
D: Flagellar hook protein FlgE
E: Flagellar hook protein FlgE
F: Flagellar hook protein FlgE
G: Flagellar hook protein FlgE
H: Flagellar hook protein FlgE
I: Flagellar hook protein FlgE
J: Flagellar hook protein FlgE
K: Flagellar hook protein FlgE
L: Flagellar hook protein FlgE
M: Flagellar hook protein FlgE
N: Flagellar hook protein FlgE
O: Flagellar hook protein FlgE
P: Flagellar basal-body rod protein FlgG
Q: Flagellar basal-body rod protein FlgG
R: Flagellar basal-body rod protein FlgG
S: Flagellar basal-body rod protein FlgG
T: Flagellar basal-body rod protein FlgG
U: Flagellar basal-body rod protein FlgG
V: Flagellar basal-body rod protein FlgG
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e: Flagellar basal body rod protein FlgB
f: Flagellar basal body rod protein FlgB
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w: Flagellar hook-basal body complex protein FliE
x: Flagellar biosynthetic protein FlhB
y: Flagellar biosynthetic protein FliP
z: Flagellar biosynthetic protein FliP
B7: Flagella basal-body protein
B8: FlgH
B9: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
B0: FlgH
CA: FlgI
CB: Flagella basal-body protein
CC: FlgH
CD: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
CE: FlgH
CF: FlgI
CG: Component of sodium-driven polar flagellar motor
A0: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
CH: FlgH
CI: FlgI
CJ: Flagella basal-body protein
A4: FlgH
A5: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
A6: FlgH
A7: FlgI
A8: Flagella basal-body protein
A9: FlgH
CK: FlgH
CL: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
CM: FlgH
CN: FlgI
CO: Flagella basal-body protein
CP: FlgH
CQ: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
CR: FlgH
CS: FlgI
CT: Flagella basal-body protein
CU: FlgH
CV: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
CW: FlgH
CX: FlgI
CY: Flagella basal-body protein
CZ: FlgH
Ca: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Cb: FlgH
Cc: FlgI
Cd: Flagella basal-body protein
Ce: FlgH
Cf: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Cg: FlgH
Ch: FlgI
Ci: Flagella basal-body protein
Cj: FlgH
Ck: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Cl: FlgH
Cm: FlgI
Cn: Flagella basal-body protein
Co: FlgH
Cp: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Cq: FlgH
Cr: FlgI
Cs: Flagella basal-body protein
Ct: FlgH
Cu: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Cv: FlgH
Cw: FlgI
Cx: Flagella basal-body protein
Cy: FlgH
Cz: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
C1: FlgH
C2: FlgI
C3: Flagella basal-body protein
C4: FlgH
C5: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
C6: FlgH
C7: FlgI
C8: Flagella basal-body protein
C9: FlgH
C0: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
DA: Component of sodium-driven polar flagellar motor
B1: Flagella basal-body protein
B2: FlgH
B3: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
B4: FlgH
B5: FlgI
B6: Flagella basal-body protein
BA: FlgH
BB: FlgI
BC: Flagella basal-body protein
BD: FlgH
BE: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
BF: FlgH
BG: FlgI
BH: Flagella basal-body protein
BI: FlgH
BJ: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
BK: FlgH
BL: FlgI
BM: Flagella basal-body protein
BN: FlgH
BO: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
BP: FlgH
BQ: FlgI
BR: Flagella basal-body protein
BS: FlgH
BT: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
BU: FlgH
BV: FlgI
BW: Flagella basal-body protein
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BZ: FlgH
Ba: FlgI
Bb: Flagella basal-body protein
Bc: FlgH
Bd: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Be: FlgH
Bf: FlgI
Bg: Flagella basal-body protein
Bh: FlgH
Bi: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Bj: FlgH
Bk: FlgI
Bl: Flagella basal-body protein
Bm: FlgH
Bn: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Bo: FlgH
Bp: FlgI
Bq: Flagella basal-body protein
Br: FlgH
Bs: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Bt: FlgH
Bu: FlgI
Bv: Flagella basal-body protein
Bw: FlgH
Bx: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
By: FlgH
Bz: FlgI
DB: Sodium-type flagellar motor component
DC: Sodium-type flagellar motor component
DD: Component of sodium-driven polar flagellar motor
DE: Component of sodium-driven polar flagellar motor
DF: Sodium-type flagellar motor component
DG: Sodium-type flagellar motor component
DH: Component of sodium-driven polar flagellar motor
DI: Component of sodium-driven polar flagellar motor
DJ: Sodium-type flagellar motor component
DK: Sodium-type flagellar motor component
DL: Component of sodium-driven polar flagellar motor
DM: Component of sodium-driven polar flagellar motor
DN: Sodium-type flagellar motor component
DO: Sodium-type flagellar motor component
DP: Component of sodium-driven polar flagellar motor
DQ: Component of sodium-driven polar flagellar motor
DR: Sodium-type flagellar motor component
DS: Sodium-type flagellar motor component
DT: Component of sodium-driven polar flagellar motor
DU: Component of sodium-driven polar flagellar motor
DV: Sodium-type flagellar motor component
DW: Sodium-type flagellar motor component
DX: Component of sodium-driven polar flagellar motor
DY: Component of sodium-driven polar flagellar motor
DZ: Sodium-type flagellar motor component
Da: Sodium-type flagellar motor component
Db: Component of sodium-driven polar flagellar motor
Dc: Component of sodium-driven polar flagellar motor
Dd: Sodium-type flagellar motor component
De: Sodium-type flagellar motor component
Df: Component of sodium-driven polar flagellar motor
Dg: Component of sodium-driven polar flagellar motor
Dh: Sodium-type flagellar motor component
Di: Sodium-type flagellar motor component
Dj: Component of sodium-driven polar flagellar motor
Dk: Component of sodium-driven polar flagellar motor
Dl: Sodium-type flagellar motor component
Dm: Sodium-type flagellar motor component
Dn: Component of sodium-driven polar flagellar motor
Do: Component of sodium-driven polar flagellar motor
Dp: Sodium-type flagellar motor component
Dq: Sodium-type flagellar motor component
Dr: Component of sodium-driven polar flagellar motor
Ds: Component of sodium-driven polar flagellar motor
Dt: Sodium-type flagellar motor component
Du: Sodium-type flagellar motor component
Dv: Component of sodium-driven polar flagellar motor
Dw: Component of sodium-driven polar flagellar motor
Dx: Sodium-type flagellar motor component
Dy: Sodium-type flagellar motor component
Dz: Flagellar M-ring protein
D1: Flagellar M-ring protein
D2: Flagellar M-ring protein
D3: Flagellar M-ring protein
D4: Flagellar M-ring protein
D5: Flagellar M-ring protein
D6: FlgB-Dc
D7: FlgB-Dc
D8: FlgB-Dc
D9: FlgB-Dc
D0: FlgH
EA: FliE-helix 1
EB: FliE-helix 1
EC: FliE-helix 1
ED: FliE-helix 1
EE: FliE-helix 1
EF: FliE-helix 1
EG: Flagellar M-ring protein
EH: Flagellar M-ring protein
EI: Flagellar M-ring protein
EJ: Flagellar M-ring protein
EK: Flagellar M-ring protein
EL: Flagellar M-ring protein
EM: Flagellar M-ring protein
EN: Flagellar M-ring protein
EO: Flagellar M-ring protein
EP: Flagellar M-ring protein
EQ: Flagellar M-ring protein
ER: Flagellar M-ring protein
ES: Flagellar M-ring protein
ET: Flagellar M-ring protein
EU: Flagellar M-ring protein
EV: Flagellar M-ring protein
EW: Flagellar M-ring protein
EX: Flagellar M-ring protein
EY: Flagellar M-ring protein
EZ: Flagellar M-ring protein
Ea: Flagellar M-ring protein
Eb: Flagellar M-ring protein
Ec: Flagellar M-ring protein
Ed: Flagellar M-ring protein
Ee: Flagellar M-ring protein
Ef: Flagellar M-ring protein
Eg: Flagellar M-ring protein
Eh: Flagellar M-ring protein
Ei: Flagellar M-ring protein
Ej: Flagellar M-ring protein
Ek: Flagellar M-ring protein
El: Flagellar M-ring protein
Em: Flagellar M-ring protein
En: Flagellar M-ring protein
Eo: Flagellar M-ring protein
Ep: Flagellar M-ring protein
Eq: Flagellar M-ring protein
Er: Flagellar M-ring protein
Es: Flagellar M-ring protein
Et: Flagellar M-ring protein
Eu: Flagellar M-ring protein
Ev: Flagellar M-ring protein
Ew: Flagellar M-ring protein
Ex: Flagellar M-ring protein
Ey: Flagellar M-ring protein
Ez: Flagellar M-ring protein
E1: Flagellar M-ring protein
E2: Flagellar M-ring protein
E3: Flagellar M-ring protein
E4: Flagellar M-ring protein
E5: Flagellar M-ring protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,718,806367
ポリマ－12,718,806367
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
タンパク質 , 11種, 281分子 09A1A2A3AbAcAdAeAfAgAhAiAjAkAlAmAnAoApAqArAsAtAuAvAwAxAyAz...

#1: タンパク質 LRR


分子量: 21518.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148
#6: タンパク質 ...
Flagellar hook protein FlgE


分子量: 47434.438 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: A0A0H0YA78
#7: タンパク質 ...
Flagellar M-ring protein


分子量: 63915.605 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: Q75N27
#8: タンパク質
Flagellar basal body rod protein FlgB


分子量: 14239.950 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: A0A0G9LZG6
#11: タンパク質
Flagellar hook-basal body complex protein FliE


分子量: 11135.679 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: A0A0H0Y9C1
#13: タンパク質 ...
Flagella basal-body protein


分子量: 42417.168 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: D9N551
#14: タンパク質 ...
FlgH


分子量: 27929.951 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148
#15: タンパク質 ...
Flagellar assembly lipoprotein FlgP / Flagellar biosynthesis protein FlgP


分子量: 16303.760 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: A0A0H0Y943
#17: タンパク質 ...
FlgI


分子量: 37892.234 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148
#18: タンパク質 ...
Component of sodium-driven polar flagellar motor / Sodium-type flagellar protein MotY


分子量: 33528.008 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: P74944
#19: タンパク質 ...
Sodium-type flagellar motor component / Sodium-type polar flagellar protein MotX


分子量: 24088.613 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: Q93R25

-
Flagellar biosynthetic protein ... , 4種, 11分子 123yz45678x

#2: タンパク質
Flagellar biosynthetic protein FliP


分子量: 31314.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: A0A1W6TTE6
#3: タンパク質
Flagellar biosynthetic protein FliQ


分子量: 10329.615 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: A0A0H0YAF4
#4: タンパク質 Flagellar biosynthetic protein FliR


分子量: 28905.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: A0A0H0YFV7
#12: タンパク質 Flagellar biosynthetic protein FlhB


分子量: 42197.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: A0A0H0YB55

-
Flagellar basal-body rod protein ... , 3種, 38分子 AAPAQARASATAUAVAWAXAYAZAaBCPQRSTUVWXYZaghi...

#5: タンパク質 ...
Flagellar basal-body rod protein FlgG / Distal rod protein


分子量: 27908.943 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: A0A0H0YB44
#9: タンパク質
Flagellar basal-body rod protein FlgC


分子量: 14812.569 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: A0A0G9LZH2
#10: タンパク質
Flagellar basal-body rod protein FlgF


分子量: 26987.387 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: A0A0G9M4M9

-
タンパク質・ペプチド , 3種, 37分子 B0CECHA6CMCRCWCbCgClCqCvC1C6B4BABFBKBPBUBZBeBjBoBtByD0D6D7D8...

#16: タンパク質・ペプチド ...
FlgH


分子量: 1450.630 Da / 分子数: 27 / Fragment: The N-terminus / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148
#20: タンパク質・ペプチド
FlgB-Dc


分子量: 1395.589 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148
#21: タンパク質・ペプチド
FliE-helix 1


分子量: 1867.152 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: The polar flagellar motor-hook complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア名称: UCSF ChimeraX / カテゴリ: モデルフィッティング
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 329955
対称性点対称性: C100 (100回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61395 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER
原子モデル構築
ID 3D fitting-IDSource nameタイプ詳細
11AlphaFoldin silico model
21Otherin silico modelModelAngelo

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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