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万見
- PDB-8z5e: Crystal structure of beta-ketoacyl-ACP synthase FabF K336A in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z5e
タイトルCrystal structure of beta-ketoacyl-ACP synthase FabF K336A in complex with octanoyl-ACP from Helicobacter pylori
要素
  • 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
  • Acyl carrier protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / beta-ketoacyl-ACP synthase / FabF / octanoyl-ACP
機能・相同性
機能・相同性情報


Kdo2-lipid A biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain ...3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Acyl carrier protein (ACP) / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / Chem-PN7 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Acyl carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhang, L. / Huang, Y.Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22077081 中国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: The beta-Ketoacyl-ACP Synthase FabF Catalyzes Carbon-Carbon Bond Formation in a Bimodal Pattern for Fatty Acid Biosynthesis.
著者: Huang, Y. / Wang, Y. / Cai, C. / Zhang, L. / Ye, F. / Zhang, L.
履歴
登録2024年4月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
C: Acyl carrier protein
D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
E: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
F: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,35912
ポリマ－193,0666
非ポリマー1,2946
水14,394799
1
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
C: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,1806
ポリマ－96,5333
非ポリマー6473
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8800 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area28720 Å2
手法PISA
2
D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
E: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
F: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,1806
ポリマ－96,5333
非ポリマー6473
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8690 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area29120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.857, 115.691, 127.933
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2


分子量: 43584.684 Da / 分子数: 4 / 変異: K336A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: CV729_03800, DD764_02895, EC543_05795 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A438WLJ1, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II
#2: タンパク質 Acyl carrier protein / ACP


分子量: 9363.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌)
遺伝子: acpP, acpP_2, AA971_03770, ACM26_04180, ACM37_01955, AEY53_01410, AM496_03540, AM497_00990, AP069_0203010, AV920_0203940, B0X29_03800, B0X45_00570, B0X60_00365, BB384_06970, BB395_06520, ...遺伝子: acpP, acpP_2, AA971_03770, ACM26_04180, ACM37_01955, AEY53_01410, AM496_03540, AM497_00990, AP069_0203010, AV920_0203940, B0X29_03800, B0X45_00570, B0X60_00365, BB384_06970, BB395_06520, BB411_01045, BB413_00115, BB414_01745, BB424_04705, BB425_06615, BB461_04255, BB464_01665, BGL66_01950, BGL69_04330, BGL75_08125, BHU51_05610, BV499_06310, BZK21_01490, BZK27_00480, C2R62_01950, C2R66_01755, C2R85_07050, C2R93_06190, C2R96_08170, C2S01_06755, C2S04_07420, C2S07_01945, C2S19_07900, C2S39_07050, C2S42_07730, C2S44_03705, CGC32_03355, CHC155_06320, CV726_04705, CV727_03490, CV728_03285, CV729_03805, CV730_03675, D2C82_03205, D2C84_02485, D8X56_02965, DD750_02355, DD779_02830, DDP35_03120, DDP37_03425, DDP42_02985, DDP44_02790, DDP47_01920, DDP49_02455, DDP57_02830, EC503_03190, EC505_03755, EC511_02300, EC517_03570, EC518_00005, EC525_03720, EC532_06155, EC533_02570, EC547_02800, EC550_02360, EC556_02625, EC558_03510, EC565_04600, EC572_05195, EC585_03955, EC589_03210, EC590_01945, ECC07_01920, ECC12_02075, ECC24_01300, ECC33_03205, ECC34_03320, ECC35_03300, ECC38_04160, ECC40_02350, ECC41_02110, ECC43_03930, ECC49_04200, EDA74_03725, EDB75_01310, EDC13_02400, EGV97_06255, EGW01_07925, EPC79_07230, EPC80_01035, F7187_05530, F7189_04775, F7197_04985, F7198_04545, F7213_06745, F7220_05045, F7229_06460, HPF17_0447, HPF209_0807, HPF210_0847, HPF72_0568, HPK21_01210, HPMKM5_0823, HPPMSS1_c00678, HPY1846_06495
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5EDC8
#3: 化合物
ChemComp-OCA / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / オクタン酸


分子量: 144.211 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H16O2 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-PN7 / N~3~-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-sulfanylethyl)-beta-alaninamide


分子量: 358.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H23N2O7PS / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 799 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M imidazole, pH6.5, and 25% w/v PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9875 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9875 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 86343 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 0.912 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 588547
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.285.90.40285800.9310.9820.1790.4410.98799.9
2.28-2.376.90.34985730.9640.9910.1430.3780.96100
2.37-2.486.80.27586040.9760.9940.1130.2970.936100
2.48-2.6170.21986110.9810.9950.0890.2360.935100
2.61-2.776.80.16686170.9860.9960.0680.1790.907100
2.77-2.996.90.12786410.990.9970.0520.1380.865100
2.99-3.2970.10186230.9910.9980.0410.1090.799100
3.29-3.766.80.08386340.9910.9980.0340.090.779100
3.76-4.7470.07486820.9920.9980.030.080.76699.9
4.74-506.90.08487780.9860.9960.0340.0911.20499.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→34.52 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2126 4088 4.91 %
Rwork0.1643 --
obs0.1667 83197 96.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13479 0 0 799 14278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813714
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97918490
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3235094
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0622064
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072449
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.230.2717940.1941862X-RAY DIFFRACTION66
2.23-2.250.2483970.19152200X-RAY DIFFRACTION77
2.25-2.280.2891120.19952289X-RAY DIFFRACTION81
2.28-2.310.28841290.19642456X-RAY DIFFRACTION87
2.31-2.340.23821280.18762580X-RAY DIFFRACTION91
2.34-2.380.27061170.18532683X-RAY DIFFRACTION94
2.38-2.410.24961480.18632692X-RAY DIFFRACTION96
2.41-2.450.2321450.18782818X-RAY DIFFRACTION98
2.45-2.490.22521680.16762757X-RAY DIFFRACTION99
2.49-2.530.2391410.16672830X-RAY DIFFRACTION99
2.53-2.580.22251280.16672844X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.630.21411440.17362801X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.680.24641370.1652850X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.740.21461630.17862793X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.810.22081400.17782883X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.880.23251400.17182788X-RAY DIFFRACTION100
2.88-2.950.21111760.17542847X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.040.21651540.16892805X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.140.23681500.17462818X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.250.23581410.16792867X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.380.20371530.1742832X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.540.21261740.16372795X-RAY DIFFRACTION100
3.54-3.720.19691380.15662871X-RAY DIFFRACTION100
3.72-3.950.20091170.1492880X-RAY DIFFRACTION100
3.95-4.260.16531280.13792874X-RAY DIFFRACTION100
4.26-4.690.18021630.12962806X-RAY DIFFRACTION100
4.69-5.360.18691310.15292884X-RAY DIFFRACTION100
5.36-6.750.20271620.17372840X-RAY DIFFRACTION100
6.75-34.520.20251700.16262864X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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