PDB-8z5b: The X-Ray crystal structure of multicopper oxidase from Bacillus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8z5b

タイトル

The X-Ray crystal structure of multicopper oxidase from Bacillus freudenreichii

要素

Multicopper oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Oxidized polyphenol substrates

機能・相同性

COPPER (II) ION / :

機能・相同性情報

生物種

Bacillus freudenreichii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Qian, H. / Wang, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The X-Ray crystal structure of multicopper oxidase from Bacillus freudenreichii
著者: Wang, Y. / Qian, H.

履歴

登録	2024年4月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8z5b.cif.gz	231.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8z5b.ent.gz	184.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8z5b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8z5b_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8z5b_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	8z5b_validation.xml.gz	29.1 KB	表示
CIF形式データ	8z5b_validation.cif.gz	43.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/8z5b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/8z5b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Multicopper oxidase

ヘテロ分子

63.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.590, 74.590, 230.946
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Multicopper oxidase 分子量: 63651.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus freudenreichii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: cuproxidase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 627 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.25 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 20% v/v Ethanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→29.02 Å / Num. obs: 124244 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 14.3 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 24.2
反射シェル	解像度: 1.4→1.45 Å / Num. unique obs: 124244 / R_rim(I) all: 0.03

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→29.02 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1731	2000	1.61 %
R_work	0.1584	-	-
obs	0.1587	124244	96.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→29.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4126	0	3	627	4756

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4271
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.041	5822
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.554	563
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.093	625
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	757

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.43	0.3682	123	0.316	7526	X-RAY DIFFRACTION	84
1.43-1.47	0.2716	129	0.243	7884	X-RAY DIFFRACTION	89
1.47-1.52	0.2168	133	0.1986	8145	X-RAY DIFFRACTION	91
1.52-1.57	0.201	138	0.1762	8415	X-RAY DIFFRACTION	94
1.57-1.62	0.195	142	0.1655	8653	X-RAY DIFFRACTION	96
1.62-1.69	0.1707	143	0.1654	8758	X-RAY DIFFRACTION	98
1.69-1.76	0.1661	144	0.1689	8813	X-RAY DIFFRACTION	98
1.76-1.86	0.1869	147	0.1601	8944	X-RAY DIFFRACTION	99
1.86-1.97	0.1888	147	0.16	8982	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.13	0.1664	147	0.1513	9050	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.34	0.1679	149	0.1544	9081	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.68	0.183	149	0.1573	9141	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-3.37	0.1453	152	0.1542	9248	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-29.02	0.1621	157	0.1428	9604	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3785	0.6423	0.2196	1.7746	-0.5418	0.9274	-0.0712	0.4233	-0.0204	-0.1047	0.0573	-0.0485	-0.0027	0.0729	0.0146	0.1286	0.0018	0.0303	0.1488	-0.0087	0.059	76.0109	37.6102	75.091
2	1.1612	0.1644	-0.0688	1.1458	-0.2756	0.6982	-0.0376	0.1087	-0.0987	-0.0313	0.062	0.1378	0.0106	-0.0793	-0.0228	0.0839	-0.0097	-0.0004	0.1256	0.0055	0.109	65.0159	27.9281	82.6293
3	1.0654	-0.5448	0.1228	1.9049	-0.7067	0.6772	-0.0597	0.0472	0.0479	0.1405	0.0371	-0.0719	-0.1218	0.0112	0.0237	0.1171	-0.0095	-0.0138	0.1188	0.0142	0.0888	76.0783	41.5822	86.286
4	1.5817	-0.2739	-0.19	1.44	-0.4383	1.0584	-0.0667	0.0776	0.2145	0.2343	0.0986	0.0681	-0.2024	-0.121	-0.0554	0.1963	0.0231	-0.014	0.1113	0.0149	0.1176	68.2518	50.3823	89.3502
5	1.4053	-0.4448	-0.2942	1.3315	-0.1018	0.6977	-0.1297	-0.1778	-0.1383	0.531	0.1983	0.1427	-0.1248	-0.0969	-0.0365	0.3016	0.0737	0.0428	0.236	0.0733	0.146	65.4847	29.545	106.4608
6	0.0796	0.0514	0.0614	0.3247	-0.417	3.0697	-0.0461	-0.0541	0.0277	0.4216	0.1111	0.0029	-0.3771	0.2115	-0.0673	0.3825	0.0856	0.0175	0.2074	0.0142	0.1489	64.9875	44.0756	108.9792
7	1.2894	-0.3306	-0.003	1.3974	-0.3222	1.3785	-0.0761	-0.0644	-0.1073	0.2701	0.1606	0.2513	-0.1581	-0.1829	-0.0728	0.2082	0.0599	0.0546	0.1794	0.0649	0.1402	61.682	32.4286	100.7821

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 44 through 76 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 77 through 233 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 234 through 331 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 332 through 418 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 419 through 463 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 464 through 505 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 506 through 550 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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