PDB-8z5a: Crystal Structure of Nur77 LBD in complex with NLM1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8z5a

タイトル

Crystal Structure of Nur77 LBD in complex with NLM1

要素

Nuclear receptor subfamily 4immunitygroup A member 1

キーワード

TRANSCRIPTION / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / regulation of type B pancreatic cell proliferation / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide / AKT phosphorylates targets in the nucleus / endothelial cell chemotaxis / nuclear glucocorticoid receptor binding / macrophage activation / cell migration involved in sprouting angiogenesis / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.179 Å

データ登録者

Hong, W.B. / Lin, T.W. / Chen, X.Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Nur77 LBD in complex with NLM1
著者: Hong, W.B. / Lin, T.W. / Chen, X.Q.

履歴

登録	2024年4月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8z5a.cif.gz	109 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8z5a.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8z5a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8z5a_validation.pdf.gz	756.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8z5a_full_validation.pdf.gz	770.6 KB	表示
XML形式データ	8z5a_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	8z5a_validation.cif.gz	28.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/8z5a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/8z5a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Nuclear receptor subfamily 4immunitygroup A member 1

A: Nuclear receptor subfamily 4immunitygroup A member 1

ヘテロ分子

55.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.463, 76.435, 127.866
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 32 - 267 / Label seq-ID: 13 - 248

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	A
2	A	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Nuclear receptor subfamily 4immunitygroup A member 1 / Early response protein NAK1 / Nuclear hormone receptor NUR/77 / Nur77 / Orphan nuclear receptor HMR ...Early response protein NAK1 / Nuclear hormone receptor NUR/77 / Nur77 / Orphan nuclear receptor HMR / Orphan nuclear receptor TR3 / ST-59 / Testicular receptor 3 分子量: 27542.963 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR4A1, GFRP1, HMR, NAK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22736
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-A1D72 / 5-[[4-[4-methyl-2-(methylamino)-1,3-thiazol-5-yl]pyrimidin-2-yl]amino]-~{N}-(3-morpholin-4-ylpropyl)-1~{H}-indole-2-carboxamide 分子量: 506.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₃₀N₈O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.6 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG4000, Sodium citrate, Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.179→50 Å / Num. obs: 38870 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / R_merge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 24.182
反射シェル	解像度: 2.179→2.22 Å / Num. unique obs: 38870 / CC_1/2: 0.822

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.179→37.259 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.912 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 6.175 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.192 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2738	1906	4.914 %
R_work	0.239	36878	-
all	0.241	-	-
obs	-	38784	99.81 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.876 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.408 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.705 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.113 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.179→37.259 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3584	0	42	67	3693

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	3703
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	3648
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.612	1.63	5013
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.284	1.574	8403
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.009	5	450
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.262	21.093	183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.293	15	646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.823	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	468
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4058
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	820
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	852
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	3231
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	1790
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1821
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.047	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.259	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.206	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.008	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.302	4.903	1815
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.301	4.902	1814
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.877	7.32	2260
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.875	7.322	2261
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.949	5.402	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.948	5.405	1889
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.218	7.93	2753
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.217	7.933	2754
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.217	92.108	15194
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.216	92.12	15182
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.152	0.05	6639

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15156	0.05006
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15156	0.05006

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.179-2.236	0.322	139	0.286	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.1522
2.236-2.297	0.281	124	0.27	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.297-2.364	0.301	125	0.253	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.364-2.436	0.271	145	0.25	2453	X-RAY DIFFRACTION	100
2.436-2.516	0.304	136	0.245	2404	X-RAY DIFFRACTION	100
2.516-2.604	0.296	129	0.247	2331	X-RAY DIFFRACTION	100
2.604-2.702	0.32	133	0.229	2213	X-RAY DIFFRACTION	100
2.702-2.812	0.306	109	0.233	2188	X-RAY DIFFRACTION	100
2.812-2.937	0.291	105	0.238	2085	X-RAY DIFFRACTION	100
2.937-3.08	0.3	93	0.242	2021	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.247	0.261	100	0.244	1893	X-RAY DIFFRACTION	100
3.247-3.443	0.335	62	0.251	1854	X-RAY DIFFRACTION	100
3.443-3.68	0.291	93	0.239	1679	X-RAY DIFFRACTION	99.9436
3.68-3.974	0.278	73	0.235	1611	X-RAY DIFFRACTION	100
3.974-4.352	0.231	90	0.207	1460	X-RAY DIFFRACTION	100
4.352-4.862	0.26	71	0.197	1339	X-RAY DIFFRACTION	100
4.862-5.61	0.19	53	0.219	1201	X-RAY DIFFRACTION	99.9203
5.61-6.858	0.284	52	0.276	1026	X-RAY DIFFRACTION	100
6.858-9.646	0.257	44	0.234	814	X-RAY DIFFRACTION	99.6516
9.646-37.259	0.264	30	0.298	463	X-RAY DIFFRACTION	94.8077

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関連情報:EMDBヘッダ

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