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万見
- PDB-8z53: Arabidopsis Dwarf14 (AtD14) co-crystallized in the presence of Za... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z53
タイトルArabidopsis Dwarf14 (AtD14) co-crystallized in the presence of Zaxinone
要素Strigolactone esterase D14
キーワードHYDROLASE / AtD14 / Zaxinone / Strigolactone
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to strigolactone / strigolactone biosynthetic process / secondary shoot formation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Strigolactone esterase D14
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Arold, S.T. / Hameed, U.F.S.
資金援助 サウジアラビア, 1件
組織認可番号国
Other privateKing Abdullah University of Science and Technology サウジアラビア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Arabidopsis Dwarf14 (AtD14) co-crystallized in the presence of Zaxinone
著者: Arold, S.T. / Hameed, U.F.S.
履歴
登録2024年4月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02025年6月11日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_sites / cell / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns_shell / software / struct_asym / struct_conf / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _cell.Z_PDB / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_ligand_distance / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entry_details.nonpolymer_details / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii / _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_free / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs / _reflns_shell.pdbx_redundancy / _reflns_shell.percent_possible_all / _software.version / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_asym_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_asym_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_asym_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_sheet_range.id / _struct_sheet_range.sheet_id
解説: Ligand geometry / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Strigolactone esterase D14
B: Strigolactone esterase D14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4786
ポリマ－58,7312
非ポリマー7474
水1,11762
1
A: Strigolactone esterase D14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8384
ポリマ－29,3651
非ポリマー4733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Strigolactone esterase D14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6402
ポリマ－29,3651
非ポリマー2741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.820, 69.580, 89.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Strigolactone esterase D14 / Protein DWARF 14 / AtD14


分子量: 29365.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: D14, At3g03990, T11I18.10
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9SQR3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-A1L1M / (7E)-6-methyl-8-[(4S)-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octa-3,5,7-trien-2-one


分子量: 274.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H26O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN
非ポリマーの詳細The authors state that the ligand in this structure is indeed Zaxinone: (3E,5E,7E)-6-Methyl-8-[(4R)- ...The authors state that the ligand in this structure is indeed Zaxinone: (3E,5E,7E)-6-Methyl-8-[(4R)-2,6,6-trimethyl-4-hydroxy-1-cyclohexenyl]-3,5,7-octatriene-2-one, and stereoisomer was changed as the hydroxyl group directly forms a strong hydrogen bonding with Ser 97.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.988 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→44.91 Å / Num. obs: 20924 / % possible obs: 98.49 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.77
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.77 / Num. unique obs: 1788 / CC1/2: 0.85 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACrefmac5精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→44.91 Å / SU B: 17.216 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.525 / ESU R Free: 0.257 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2264 1047 5 %RANDOM
Rwork0.17772 ---
obs0.18016 19877 98.49 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.844 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.86 Å20 Å2-0.36 Å2
2--0.48 Å20 Å2
3---0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→44.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4123 0 53 62 4238
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.48 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3169 --
Rwork0.2917 8268 -
obs--90 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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