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- PDB-8z4e: Structure of human 18_14D scFv and 1G01 scFv in complex with infl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z4e
タイトルStructure of human 18_14D scFv and 1G01 scFv in complex with influenza virus neuraminidase from A/Yunan/DQ001/2016 (H5N6)
要素
  • (Heavy chain of ...) x 2
  • (Light chain of ...) x 2
  • Neuraminidase
キーワードVIRAL PROTEIN / influenza virus / neuraminidase / human monoclonal antibody / immunogen
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Wang, M. / Peng, Q. / Gao, Y. / Shi, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32192452 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A human monoclonal antibody targeting the monomeric N6 neuraminidase confers protection against avian H5N6 influenza virus infection.
著者: Min Wang / Yuan Gao / Chenguang Shen / Wei Yang / Qi Peng / Jinlong Cheng / Han-Ming Shen / Yang Yang / George Fu Gao / Yi Shi /
要旨: The influenza neuraminidase (NA) is a potential target for the development of a next-generation influenza vaccine, but its antigenicity is not well understood. Here, we isolate an anti-N6 human ...The influenza neuraminidase (NA) is a potential target for the development of a next-generation influenza vaccine, but its antigenicity is not well understood. Here, we isolate an anti-N6 human monoclonal antibody, named 18_14D, from an H5N6 avian influenza virus (AIV) infected patient. The antibody weakly inhibits enzymatic activity but confers protection in female mice, mainly via ADCC function. The cryo-EM structure shows that 18_14D binds to a unique epitope on the lateral surface of the N6 tetramer, preventing the formation of tightly closed NA tetramers. These findings contribute to the molecular understanding of protective immune responses to NA of AIVs in humans and open an avenue for the rational design of NA-based vaccines.
履歴
登録2024年4月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuraminidase
B: Light chain of 18_14D scFv
C: Heavy chain of 18_14D scFv
E: Heavy chain of 1G01 scFv
F: Light chain of 1G01 scFv
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,1087
ポリマ－138,6445
非ポリマー4642
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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抗体 , 4種, 4分子 BCEF

#2: 抗体 Light chain of 18_14D scFv


分子量: 22813.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: According to author, Entity 2 (Light chain of 18_14D scFV, 216 aa, chain B) and Entity 3 (Heavy chain of 18_14D scFV, 236 aa, chain C) are not expressed as one chain.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Heavy chain of 18_14D scFv


分子量: 25064.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Heavy chain of 1G01 scFv


分子量: 24933.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: According to author, Entity 4 (Heavy chain of 1G01 scFv, 232 aa, chain E) and Entity 5 (Light chain of 1G01 scFV, 216 aa, chain F) are not expressed as one chain.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 Light chain of 1G01 scFv


分子量: 23677.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 糖 / 非ポリマー , 3種, 3分子 A

#1: タンパク質 Neuraminidase


分子量: 42155.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence reference for Influenza A virus (A/Yunan/DQ001/2016 (H5N6)) is not available at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt ID A0A0K0YAP8.
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: NA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0K0YAP8, exo-alpha-sialidase
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of human 18_14D C and 1G01 scFv in complex with influenza virus neuraminidase from A/Yunan/DQ001/2016 (H5N6)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Yunan/DQ001/2016 (H5N6)) (A型インフルエンザウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 116206 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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