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万見
- PDB-8z4a: Solution Structure of DRB4 C-terminal domain, DRB4D3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z4a
タイトルSolution Structure of DRB4 C-terminal domain, DRB4D3
要素Double-stranded RNA-binding protein 4
キーワードPLANT PROTEIN / DRB4 / DRB7.2 / RNAi / endo-IR pathway / gene regulation / noncoding RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


ta-siRNA processing / RNAi-mediated antiviral immune response / miRNA processing / double-stranded RNA binding / defense response to virus / nucleus
類似検索 - 分子機能
AtDRB-like, first double-stranded RNA binding domain, plant / AtDRB-like, second double-stranded RNA binding domain, plant / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Double-stranded RNA-binding protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Deshmukh, M.V. / Paturi, S. / Patra, D.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR)MLP0161 インド
引用ジャーナル: Elife / 年: 2025
タイトル: The mechanism of DRB7.2:DRB4 mediated sequestering of endogenous inverted-repeat dsRNA precursors in plants
著者: Paturi, S. / Patra, D. / Behera, P.C. / Aute, R. / Waghela, N. / Kinatukara, P. / Deshmukh, M.V.
履歴
登録2024年4月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Double-stranded RNA-binding protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2691
ポリマ－8,2691
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 5000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Double-stranded RNA-binding protein 4 / dsRNA-binding protein 4 / AtDRB4


分子量: 8268.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: DBR4 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8H1D4
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N TROSY
121isotropic13D HNCO
131isotropic13D HN(CA)CO
141isotropic13D HN(COCA)CB
151isotropic13D HN(CA)CB
1191isotropic13D HN(CO)CA
1181isotropic13D HNCA
1172isotropic13D H(CCO)NH TOCSY
1162isotropic13D (H)C(CO)NH TOCSY
1151isotropic13D 1H-13C HSQC
1141isotropic13D 1H-15N NOESY-HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1400 uM U-[13C,15N],2H[~90%] DRB4D3, 90% H2O/10% D2OU-[13C,15N],2H[~90%] DRB4D3 : 2H[~ 90%] DRB7.2MU-[13C,15N],2H[~90%]90% H2O/10% D2O
solution2400 uM U-[13C,15N],2H[~50%] DRB4D3, 90% H2O/10% D2OU-[13C,15N],2H[~50%] DRB4D3 : 2H[~ 90%] DRB7.2MU-[13C,15N],2H[~50%]90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
400 uMDRB4D3U-[13C,15N],2H[~90%]1
400 uMDRB4D3U-[13C,15N],2H[~50%]2
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: 1 / pH: 7 / 圧: 1 bar / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE NEO / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE NEO / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
RosettaRaman et al. Science (2010), 927(5968):1014-1018structure calculation
RosettaRaman et al. Science (2010), 927(5968):1014-1018精密化
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
TopSpinBruker Biospinデータ解析
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 5000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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