PDB-8z48: Beta-galactosidase from Bacteroides xylanisolvens (complex with m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8z48

タイトル

Beta-galactosidase from Bacteroides xylanisolvens (complex with methyl beta-galactopyranose)

要素

Beta-galactosidase

キーワード

HYDROLASE / glycoside hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides xylanisolvens XB1A (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Nakajima, M. / Motouchi, S. / Kobayashi, K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Structure and function of a beta-1,2-galactosidase from Bacteroides xylanisolvens, an intestinal bacterium.
著者: Nakazawa, Y. / Kageyama, M. / Matsuzawa, T. / Liang, Z. / Kobayashi, K. / Shimizu, H. / Maeda, K. / Masuhiro, M. / Motouchi, S. / Kumano, S. / Tanaka, N. / Kuramochi, K. / Nakai, H. / Taguchi, H. / Nakajima, M.

履歴

登録	2024年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8z48.cif.gz	446.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8z48.ent.gz	348.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8z48.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8z48_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8z48_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8z48_validation.xml.gz	93.2 KB	表示
CIF形式データ	8z48_validation.cif.gz	127.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/8z48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/8z48	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8z43C 8z47C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-galactosidase

B: Beta-galactosidase

C: Beta-galactosidase

D: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

251 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: Homotetramer according to PISA analysis

単位格子

Length a, b, c (Å)	231.765, 50.839, 229.445
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.099, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

Beta-galactosidase

分子量: 62596.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacteroides xylanisolvens XB1A (バクテリア)
遺伝子: BXY_22780 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D6CYU7

#2: 糖

ChemComp-MBG / methyl beta-D-galactopyranoside / METHYL-BETA-GALACTOSE / methyl beta-D-galactoside / methyl D-galactoside / methyl galactoside / メチルβ-D-ガラクトピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: potassium thiocyanate, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→45.91 Å / Num. obs: 194503 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.1 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 1.94→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 9674 / CC_1/2: 0.768

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.94→45.629 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.153 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.251	9831	5.054 %
R_work	0.2113	184670	-
all	0.213	-	-
obs	-	194501	98.081 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.001 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→45.629 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16098	0	52	1329	17479

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	16582
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	15422
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.535	1.812	22510
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.841	1.759	35578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.218	5	2010
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.41	5	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.844	10	2764
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.931	10	756
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	2414
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	19470
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	3874
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	3305
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	14327
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	8084
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	8231
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.113	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.119	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.252	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.05	2.466	8064
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.05	2.466	8064
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.954	4.424	10066
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.954	4.425	10067
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.77	2.767	8518
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.77	2.767	8519
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.331	4.932	12444
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.331	4.932	12445
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.562	24.81	19289
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.523	24.714	19017

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.94-1.99	0.333	702	0.306	13715	0.307	14496	0.926	0.938	99.455	0.277
1.99-2.045	0.303	721	0.281	13476	0.282	14257	0.941	0.949	99.5792	0.249
2.045-2.104	0.316	660	0.267	12998	0.269	13721	0.938	0.956	99.5408	0.234
2.104-2.168	0.29	641	0.249	12625	0.251	13360	0.946	0.962	99.2964	0.217
2.168-2.239	0.276	681	0.237	12275	0.239	13028	0.952	0.966	99.4473	0.207
2.239-2.318	0.292	608	0.233	11915	0.235	12607	0.949	0.967	99.3337	0.205
2.318-2.405	0.28	621	0.22	11341	0.223	12072	0.952	0.972	99.0888	0.193
2.405-2.503	0.256	599	0.211	10932	0.213	11655	0.962	0.974	98.9361	0.186
2.503-2.614	0.248	600	0.201	10497	0.203	11232	0.961	0.977	98.7981	0.179
2.614-2.741	0.259	568	0.203	9959	0.206	10719	0.96	0.976	98.2088	0.184
2.741-2.889	0.256	521	0.198	9578	0.201	10295	0.963	0.977	98.0962	0.183
2.889-3.063	0.262	446	0.204	9020	0.206	9668	0.961	0.976	97.9106	0.192
3.063-3.274	0.247	422	0.203	8467	0.205	9099	0.963	0.977	97.6921	0.195
3.274-3.534	0.23	409	0.206	7817	0.207	8538	0.97	0.978	96.3457	0.205
3.534-3.87	0.221	381	0.191	7094	0.192	7882	0.974	0.981	94.8363	0.195
3.87-4.322	0.207	327	0.176	6356	0.177	7122	0.977	0.983	93.836	0.188
4.322-4.984	0.199	310	0.165	5623	0.167	6337	0.982	0.986	93.6247	0.181
4.984-6.086	0.223	282	0.193	4873	0.195	5394	0.978	0.982	95.5692	0.206
6.086-8.531	0.232	217	0.206	3900	0.208	4285	0.975	0.979	96.0793	0.222
8.531-45.629	0.253	115	0.22	2210	0.222	2517	0.969	0.974	92.3719	0.252

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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