PDB-8z3i: Crystal Structure of Protein Glutaminase FBPG(Flavobacterium sp.316)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8z3i

タイトル

Crystal Structure of Protein Glutaminase FBPG(Flavobacterium sp.316)

要素

Protein glutaminase domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / Protein Glutaminase

機能・相同性

Protein glutaminase / Glutaminase / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Protein glutaminase domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Flavobacterium sp. 316 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88000083544 Å

データ登録者

Long, Y.T. / Lan, D.M. / Wang, Y.H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Protein Glutaminase FBPG(Flavobacterium sp.316)
著者: Long, Y.T. / Lan, D.M. / Wang, Y.H.

履歴

登録	2024年4月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8z3i.cif.gz	153.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8z3i.ent.gz	99 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8z3i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/8z3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/8z3i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein glutaminase domain-containing protein

35.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.338, 52.455, 109.467
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Protein glutaminase domain-containing protein 分子量: 35610.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Flavobacterium sp. 316 (バクテリア) 遺伝子: SY27_02215 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D6TQX4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.57 %
結晶化	温度: 289.17 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.4, 25% (w/v)polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 24837 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.5 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 1.67
反射シェル	解像度: 1.88→1.91 Å / Num. unique obs: 24837 / CC_1/2: 0.844

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692+SVN	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.88000083544→24.2631499632 Å / SU ML: 0.170167632604 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36394567655 / 位相誤差: 20.9363112294

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.207612183786	3193	8.62110862111 %
R_work	0.161278379226	33844	-
obs	0.165299339158	23357	79.7970439953 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.5241516965 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88000083544→24.2631499632 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2177	0	0	272	2449

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00689828774662	2233
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.895306684911	3031
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036493412971	327
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00443518100834	389
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.1140185449	795

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.88000083544-1.9081	0.297111815284	47	0.260397115202	519	X-RAY DIFFRACTION	28.2717282717
1.9081-1.9379	0.300131185257	62	0.232552389559	650	X-RAY DIFFRACTION	35.2126607319
1.9379-1.9696	0.256690165444	76	0.220113983743	764	X-RAY DIFFRACTION	41.958041958
1.9696-2.0036	0.249129192234	77	0.207492359946	893	X-RAY DIFFRACTION	48.3549351944
2.0036-2.04	0.263224607581	94	0.19524594043	994	X-RAY DIFFRACTION	53.4906588004
2.04-2.0792	0.234352705995	98	0.202225004091	1064	X-RAY DIFFRACTION	57.4110671937
2.0792-2.1216	0.198718980721	112	0.185082973929	1160	X-RAY DIFFRACTION	63.1578947368
2.1216-2.1677	0.247959802345	106	0.173245489161	1274	X-RAY DIFFRACTION	68.4523809524
2.1677-2.2181	0.219928589425	144	0.175216424977	1329	X-RAY DIFFRACTION	73.0292513634
2.2181-2.2735	0.22173007722	142	0.17186172979	1553	X-RAY DIFFRACTION	83.1697742885
2.2735-2.335	0.241731751892	165	0.170418967478	1644	X-RAY DIFFRACTION	90.45
2.335-2.4036	0.219656738263	157	0.175592257248	1770	X-RAY DIFFRACTION	95.2545724172
2.4036-2.4811	0.255272238944	172	0.176516720916	1840	X-RAY DIFFRACTION	99.4071146245
2.4811-2.5697	0.242686348195	167	0.173762342418	1836	X-RAY DIFFRACTION	99.850448654
2.5697-2.6725	0.210246850902	179	0.176204219349	1828	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6725-2.7939	0.241687893371	170	0.170162969558	1839	X-RAY DIFFRACTION	99.9502487562
2.7939-2.941	0.243401947552	178	0.166971065334	1865	X-RAY DIFFRACTION	99.902200489
2.941-3.1249	0.194423469842	177	0.158091330468	1825	X-RAY DIFFRACTION	99.9001996008
3.1249-3.3656	0.205287380696	177	0.147075311617	1858	X-RAY DIFFRACTION	99.8527968597
3.3656-3.7032	0.186046610607	183	0.141855451251	1829	X-RAY DIFFRACTION	99.7026759167
3.7032-4.2366	0.182288576707	170	0.131568670552	1842	X-RAY DIFFRACTION	99.554675903
4.2366-5.3284	0.149055134299	169	0.127786004626	1835	X-RAY DIFFRACTION	99.6023856859
5.3284-24.2631499632	0.194165668166	171	0.174753345236	1833	X-RAY DIFFRACTION	99.0118577075

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.37549202184	0.544559647444	-0.554837308567	0.835523320264	-0.0434284319247	1.12366525009	0.0478310278701	-0.212397874265	-0.141203647863	0.035220856961	0.0308213682017	0.509502820103	-0.025579735824	-0.113934302196	-0.00504404280215	0.0869179951602	-0.0129063618291	0.0518699218827	0.18676015677	0.0161614840456	0.186710241708	-15.8152513496	-10.0452902415	34.84483675
2	1.07502436446	0.257249750477	0.205526472227	1.06551578653	-0.343180426853	0.776182158759	0.0412873474927	-0.131852968242	-0.0829488396444	0.277879195103	0.00341861637796	0.0406474702754	-0.0228248977051	-0.100029986232	-0.0194874110797	0.129929625334	-0.00177755257339	0.0275659106528	0.12422935676	-0.0137192945512	0.0955316491574	-7.97101682238	-9.97481675002	38.2059778932
3	0.0553984839094	0.0496127589288	0.0792869213435	1.82128351343	1.94082598098	2.92640853859	-0.094647616406	0.127897248831	0.144538118881	-0.241155361271	-0.0384932350253	0.148664152652	-0.20132126782	-0.142288200945	-0.0342194123681	0.414913718316	0.00699917878339	-0.0275252884577	0.239670656347	0.0406373553549	0.257431524077	-8.032085796	9.44766195433	9.99306795855
4	0.817397228097	-0.441895166186	0.0934840240657	1.39877787994	-0.132387383065	0.911231711047	0.000454840660123	0.0645188557247	0.00119674808129	-0.339721693379	-0.030001786149	0.315163768228	0.0465645119311	-0.047189394322	0.0176864381059	0.118500245685	0.00201624072026	-0.0700269545341	0.0936013666051	-0.00367078392163	0.114904134948	-12.7854484004	-6.97420176014	14.7367932327

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 35 through 68 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 69 through 123 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 124 through 149 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 150 through 312 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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