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- PDB-8z3f: Complex structure of CIB2 and TMC1 CR1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z3f
タイトルComplex structure of CIB2 and TMC1 CR1
要素
  • Calcium and integrin-binding family member 2
  • Transmembrane channel-like protein 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Calcium binding
機能・相同性
機能・相同性情報


vestibular reflex / muscle tendon junction / cuticular plate / stereocilium tip / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / auditory receptor cell development / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / stereocilium / regulation of calcium ion transmembrane transport / photoreceptor cell maintenance ...vestibular reflex / muscle tendon junction / cuticular plate / stereocilium tip / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / auditory receptor cell development / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / stereocilium / regulation of calcium ion transmembrane transport / photoreceptor cell maintenance / cellular response to ATP / photoreceptor outer segment / voltage-gated calcium channel activity / calcium ion homeostasis / photoreceptor inner segment / neuromuscular junction / sarcolemma / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / integrin binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / external side of plasma membrane / calcium ion binding / protein-containing complex binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TMC domain / Transmembrane channel-like protein / TMC domain / : / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Transmembrane channel-like protein 1 / Calcium and integrin-binding family member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Wu, S. / Lin, L. / Lu, Q.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2025
タイトル: Mechano-electrical transduction components TMC1-CIB2 undergo a Ca 2+ -induced conformational change linked to hearing loss.
著者: Wu, S. / Lin, L. / Hu, Q. / Yao, X. / Wang, H. / Liu, S. / Liu, Q. / Xi, Y. / Lin, Y. / Gong, J. / Hu, R. / Zhan, W. / Luo, Y. / He, G. / Liu, Z. / Xiong, W. / Wang, Q. / Xu, Z. / Bai, F. / Lu, Q.
履歴
登録2024年4月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium and integrin-binding family member 2
B: Transmembrane channel-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2715
ポリマ－28,1512
非ポリマー1203
水4,702261
1
A: Calcium and integrin-binding family member 2
ヘテロ分子

B: Transmembrane channel-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2715
ポリマ－28,1512
非ポリマー1203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area12710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.177, 36.225, 63.496
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.869, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-463-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Calcium and integrin-binding family member 2 / Kinase-interacting protein 2 / KIP 2


分子量: 22009.951 Da / 分子数: 1 / 変異: E141N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cib2, Kip2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Z309
#2: タンパク質 Transmembrane channel-like protein 1 / Beethoven protein / Deafness protein / Transmembrane cochlear-expressed protein 1


分子量: 6141.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tmc1, Bth, dn / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8R4P5
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.18 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2-Proranol, MES monohydrate Ph 6.0, PEG monomethyl ether 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→50 Å / Num. obs: 25075 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 15.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.142 / Χ2: 0.662 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.74-1.774.80.68412100.731198.5
1.77-1.812470.6861
1.8-1.8412380.7961
1.84-1.8712510.841
1.87-1.9212720.8811
1.92-1.9612090.8881
1.96-2.0112690.9191
2.01-2.0612360.9381
2.06-2.1212600.9411
2.12-2.1912210.9531
2.19-2.2712650.9661
2.27-2.3612500.9721
2.36-2.4712580.9771
2.47-2.612650.9771
2.6-2.7612530.9851
2.76-2.9812310.9851
2.98-3.2712970.9881
3.27-3.7512550.9911
3.75-4.7212650.9931
4.72-5013230.9931

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.74→25.52 Å / SU ML: 0.1408 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.6271
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1999 1269 5.06 %
Rwork0.1774 23805 -
obs0.1785 25074 98.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→25.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1844 0 3 261 2108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00751885
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09642541
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0607281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062332
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.5744243
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.74-1.810.25281480.21672539X-RAY DIFFRACTION95.93
1.81-1.890.23231390.20612624X-RAY DIFFRACTION99.14
1.89-1.990.2241370.18482663X-RAY DIFFRACTION99.08
1.99-2.120.20971310.18422631X-RAY DIFFRACTION98.57
2.12-2.280.20661350.18272658X-RAY DIFFRACTION98.52
2.28-2.510.22851310.17212643X-RAY DIFFRACTION99.07
2.51-2.870.19651450.17862645X-RAY DIFFRACTION98.14
2.87-3.620.17091520.16762681X-RAY DIFFRACTION99.33
3.62-25.520.18551510.16752721X-RAY DIFFRACTION98.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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