PDB-8z36: Crystal structure of HOIP PUB domain in complex with sertraline c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8z36

タイトル

Crystal structure of HOIP PUB domain in complex with sertraline complex

要素

E3 ubiquitin-protein ligase RNF31

キーワード

LIGASE / E3 ubiquitin-protein ligase HOIP / sertraline

機能・相同性

機能・相同性情報

protein linear polyubiquitination / LUBAC complex / linear polyubiquitin binding / RBR-type E3 ubiquitin transferase / CD40 signaling pathway / positive regulation of xenophagy / CD40 receptor complex / negative regulation of necroptotic process / TNFR1-induced proapoptotic signaling / positive regulation of protein targeting to mitochondrion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.63 Å

データ登録者

Zhong, F. / Ruan, K.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Repurposing Tolfenamic Acid to Anchor the Uncharacterized Pocket of the PUB Domain for Proteolysis of the Atypical E3 Ligase HOIP.
著者: Zhong, F. / Zhou, Y. / Liu, M. / Wang, L. / Li, F. / Zhang, J. / Han, Z. / Shi, Y. / Gao, J. / Ruan, K.

履歴

登録	2024年4月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8z36.cif.gz	216 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8z36.ent.gz	173.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8z36.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8z36_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8z36_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8z36_validation.xml.gz	23.9 KB	表示
CIF形式データ	8z36_validation.cif.gz	30.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/8z36 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/8z36	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8z30C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (6) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (4) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: E3 ubiquitin-protein ligase RNF31

B: E3 ubiquitin-protein ligase RNF31

C: E3 ubiquitin-protein ligase RNF31

ヘテロ分子

61.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.173, 114.806, 66.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.52, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase RNF31 / HOIL-1-interacting protein / HOIP / RING finger protein 31 / RING-type E3 ubiquitin transferase ...HOIL-1-interacting protein / HOIP / RING finger protein 31 / RING-type E3 ubiquitin transferase RNF31 / Zinc in-between-RING-finger ubiquitin-associated domain protein 分子量: 20074.553 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNF31, ZIBRA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96EP0, RBR-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物	ChemComp-SRE / (1S,4S)-4-(3,4-dichlorophenyl)-N-methyl-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-amine / Sertraline / セルトラリン分子量: 306.230 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₇Cl₂N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗うつ薬, 阻害剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.14 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20 mM Na3PO4, 20 mM K3PO4, pH 7.5, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.63→42.1 Å / Num. obs: 18841 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 2.63→2.75 Å / R_merge(I) obs: 0.493 / Num. unique obs: 2295

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19_4092: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.63→34.53 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2692	1884	10.01 %
R_work	0.2202	-	-
obs	0.2252	18830	98.18 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.63→34.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4048	0	20	58	4126

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	4149
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.488	5659
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.992	585
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	649
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	747

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.63-2.7	0.3465	142	0.2736	1277	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7-2.78	0.3433	144	0.261	1301	X-RAY DIFFRACTION	98
2.78-2.87	0.3231	145	0.2703	1306	X-RAY DIFFRACTION	98
2.87-2.97	0.3225	146	0.2695	1299	X-RAY DIFFRACTION	98
2.97-3.09	0.3262	143	0.2619	1294	X-RAY DIFFRACTION	98
3.09-3.23	0.3211	145	0.241	1309	X-RAY DIFFRACTION	99
3.23-3.4	0.2935	144	0.252	1289	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4-3.62	0.3044	145	0.2422	1307	X-RAY DIFFRACTION	99
3.62-3.89	0.2253	147	0.2131	1323	X-RAY DIFFRACTION	98
3.89-4.29	0.2513	143	0.1913	1284	X-RAY DIFFRACTION	98
4.29-4.9	0.2024	147	0.1718	1324	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9-6.17	0.2767	146	0.2372	1321	X-RAY DIFFRACTION	99
6.18-34.53	0.2423	147	0.1892	1312	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4215	0.0771	-0.5119	0.3751	-0.1564	0.4761	-0.2497	-0.2535	0.7692	-0.2108	0.063	0.0961	-0.8897	-0.4315	-0	0.5738	0.1479	-0.0843	0.3948	-0.0054	0.5017	-34.303	26.9261	17.4891
2	1.019	0.1601	-0.3961	0.7707	-0.6099	1.0152	0.0264	-0.0948	-0.0553	-0.1033	-0.0853	-0.0959	0.0528	-0.0291	-0	0.208	-0.0046	-0.0172	0.1677	0.0273	0.2023	-24.225	10.9207	15.3242
3	0.1835	0.4006	0.0289	1.3228	-0.3135	0.6877	0.053	-0.0829	0.1352	-0.2305	-0.1751	0.0647	-0.1486	-0.0537	-0.0008	0.2371	0.0267	-0.0106	0.223	0.0102	0.2737	-28.6814	14.9409	14.4468
4	0.4464	-0.1808	-0.4819	0.4479	-0.06	0.3772	0.2005	0.2845	-0.3583	-0.1713	0.1398	-0.2116	0.1309	0.3373	0.0012	0.31	0.066	-0.0551	0.2468	-0.1398	0.3015	-24.4191	-19.1939	-8.274
5	0.5158	-0.1152	-0.3134	0.4464	0.0715	0.7122	0.2191	-0.1664	0.0225	0.0982	0.2242	-0.0152	-0.1409	-0.0636	0.1968	0.1808	-0.0315	-0.0088	0.322	-0.0628	0.2452	-34.5857	-7.3059	-0.4979
6	0.1611	-0.0336	0.1242	0.0013	-0.0024	0.0972	0.4721	0.4585	0.6958	-0.4613	-0.0279	-0.3492	-0.3071	-0.3775	-0.0076	0.6863	0.1002	0.129	0.4086	0.155	0.3754	-38.5856	2.1011	-15.7429
7	1.2278	-1.2495	0.195	1.1821	0.3553	1.1418	-0.0507	0.1963	0.0805	-0.1154	0.3624	-0.2433	-0.1446	0.058	0.0211	0.274	-0.0394	0.013	0.2765	-0.0507	0.2992	-31.7072	-5.681	-4.5159
8	0.4691	0.9176	0.6364	2.119	1.2822	1.1202	-0.1523	-1.3979	0.0363	0.0259	-1.084	0.9774	0.3046	-0.6465	-0.8829	0.2319	-0.3631	0.3738	0.8953	0.2018	0.2859	-32.2577	-9.5421	46.3154
9	0.2686	-0.3807	-0.1863	1.7667	0.2149	0.2036	-0.2328	-0.5681	0.4365	0.6129	0.2479	-0.6565	-0.2683	-0.1061	0.0454	0.1916	-0.072	-0.0703	0.4076	0.1134	0.2825	-17.5606	-3.5216	36.8988
10	0.6876	-0.1785	0.0394	0.0274	-0.1022	0.6598	-0.3366	-0.2469	0.1599	-0.4541	0.2378	0.3202	0.0069	-0.3276	-0.0045	0.3162	-0.0941	-0.0087	0.2842	0.0829	0.2094	-30.9575	-9.2888	28.5112
11	0.3532	0.0023	-0.0999	0.164	0.1933	0.1994	0.1134	-0.6412	0.3989	-0.5571	-0.5385	0.172	-0.2396	0.3149	-0.0047	0.3894	-0.0262	-0.03	0.2902	0.0143	0.2621	-24.3662	-7.7345	20.3089
12	0.1079	-0.0492	-0.0303	0.0246	-0.028	0.0754	-0.2308	0.0404	-0.2433	0.008	-0.0282	-0.0282	0.6584	0.2119	0.0003	0.5141	0.1065	0.0637	0.3372	0.0622	0.4467	-21.0582	-16.7301	24.5254
13	0.0109	0.026	-0.0114	0.0535	-0.0108	0.0172	-0.0703	0.0692	-0.4556	0.3614	0.0516	0.1073	0.171	0.1283	0.0006	1.2709	-0.0651	0.0548	0.4914	0.1195	0.7161	-26.9809	-26.6559	28.8253
14	0.1827	0.2709	0.2332	0.2127	0.1377	0.1	-0.0145	-0.683	-0.0808	-0.3142	0.0531	0.3107	0.1882	-0.1736	0.0042	0.3698	-0.1099	0.0259	0.4845	0.0931	0.2909	-28.0989	-7.0674	38.4798
15	1.0318	-0.0823	-0.2067	0.184	-0.0051	0.271	0.1992	-0.1408	0.6361	-0.0032	-0.006	0.1059	-0.0812	-0.2277	0.0141	0.4422	-0.1119	0.0336	0.7959	-0.2335	0.4019	-22.847	8.1178	43.8459

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 43 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 44 through 122 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 123 through 178 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 4 through 43 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 44 through 87 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 88 through 107 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 108 through 179 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 6 through 43 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 44 through 64 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 65 through 96 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 97 through 114 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 115 through 133 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 134 through 142 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 143 through 164 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 165 through 179 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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