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- PDB-8z32: Crystal Structure of HIF-PHD2 in complex with compound 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z32
タイトルCrystal Structure of HIF-PHD2 in complex with compound 3
要素Egl nine homolog 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Renal anemia / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline dioxygenase activity / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / regulation protein catabolic process at postsynapse / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / heart trabecula formation ...peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline dioxygenase activity / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / regulation protein catabolic process at postsynapse / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / heart trabecula formation / regulation of modification of postsynaptic structure / cardiac muscle tissue morphogenesis / L-ascorbic acid binding / response to nitric oxide / ventricular septum morphogenesis / regulation of angiogenesis / regulation of neuron apoptotic process / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / ferrous iron binding / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / cellular response to hypoxia / intracellular iron ion homeostasis / response to hypoxia / postsynaptic density / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Egl nine homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ito, S. / Baba, D. / Fukuda, T. / Tanaka, N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2024
タイトル: Discovery of DS44470011: An oral hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase inhibitor for the treatment of renal anemia.
著者: Fukuda, T. / Kuribayashi, T. / Takano, R. / Sasaki, K. / Tsuji, T. / Niitsu, Y. / Ishii, K. / Hashimoto, M. / Baba, D. / Ito, S. / Tanaka, N.
履歴
登録2024年4月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Egl nine homolog 1
B: Egl nine homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4166
ポリマ－55,6652
非ポリマー7504
水1,08160
1
A: Egl nine homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2083
ポリマ－27,8331
非ポリマー3752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area10980 Å2
手法PISA
2
B: Egl nine homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2083
ポリマ－27,8331
非ポリマー3752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area10710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.430, 67.743, 67.272
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Egl nine homolog 1 / Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HIF-PH2 / HIF-prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl ...Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HIF-PH2 / HIF-prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing protein 2 / PHD2 / SM-20


分子量: 27832.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGLN1, C1orf12, PNAS-118, PNAS-137 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9GZT9, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-A1L0V / 2-[[6-[(4-fluorophenyl)methyl]-2-methyl-5-oxidanyl-pyrimidin-4-yl]carbonylamino]ethanoic acid


分子量: 319.288 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H14FN3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.75 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Protein (30mg/ml in 20mM Tril-HCl (pH 7.5), 50mM NaCl), reservoir solution (1.3M ammonium sulfate, 20mM reduced glutathione, 2mM oxidized glutathione, 0.08M HEPES (pH 7.5))

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 17153 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 0.885 / Net I/av σ(I): 13 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsΧ2% possible all
2.5-2.563.30.40428900.675.2
2.56-2.623.30.3829590.62379.1
2.62-2.693.40.3510350.58585.6
2.69-2.773.50.31910960.65191.8
2.77-2.863.60.28211500.66895.6
2.86-2.963.70.2411740.68697.3
2.96-3.083.70.19711920.68598.1
3.08-3.223.80.17312030.74998.8
3.22-3.393.80.14211850.82198.8
3.39-3.613.80.10911980.9798.4
3.61-3.883.70.08912061.02498.7
3.88-4.273.70.07111961.15198.8
4.27-4.893.70.05712001.23898
4.89-6.163.70.05412181.06698.9
6.16-503.50.06112511.46498.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0405精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER1.3.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 25.495 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.742 / ESU R Free: 0.305 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24508 1667 9.7 %RANDOM
Rwork0.2052 ---
obs0.20906 15438 93.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.696 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å2-0 Å2-3 Å2
2---0.49 Å2-0 Å2
3---2.64 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3295 0 48 60 3403
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0123420
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8741.6574616
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3945412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3.933530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.46210579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2481
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022597
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2545.7021660
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.84810.2382068
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8875.9361760
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.03165.25139
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
681medium positional0.210.5
692tight thermal4.580.5
681medium thermal4.942
LS精密化 シェル解像度: 2.502→2.566 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 92 -
Rwork0.305 788 -
obs--67.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9138-0.1845-0.06670.68540.11511.1273-0.0028-0.0006-0.01490.04120.0371-0.0010.04220.0845-0.03420.23460.0237-0.15110.0318-0.02480.1028-1.2535-6.4555-17.893
20.9392-0.38720.17641.1642-0.00481.12860.007-0.03690.0274-0.0099-0.0060.0282-0.0414-0.0249-0.00090.1853-0.0069-0.11050.0185-0.00090.0701-27.21116.5793-5.0164
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A188 - 501
2X-RAY DIFFRACTION2B188 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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