PDB-8z30: Crystal structure of HOIP PUB domain in complex with tolfenamic a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8z30

タイトル

Crystal structure of HOIP PUB domain in complex with tolfenamic acid complex

要素

E3 ubiquitin-protein ligase RNF31

キーワード

LIGASE / E3 ubiquitin-protein ligase HOIP / sertraline

機能・相同性

機能・相同性情報

protein linear polyubiquitination / LUBAC complex / linear polyubiquitin binding / RBR-type E3 ubiquitin transferase / CD40 signaling pathway / positive regulation of xenophagy / CD40 receptor complex / negative regulation of necroptotic process / TNFR1-induced proapoptotic signaling / positive regulation of protein targeting to mitochondrion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Zhong, F. / Ruan, K.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Repurposing Tolfenamic Acid to Anchor the Uncharacterized Pocket of the PUB Domain for Proteolysis of the Atypical E3 Ligase HOIP.
著者: Zhong, F. / Zhou, Y. / Liu, M. / Wang, L. / Li, F. / Zhang, J. / Han, Z. / Shi, Y. / Gao, J. / Ruan, K.

履歴

登録	2024年4月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8z30.cif.gz	227.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8z30.ent.gz	184 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8z30.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8z30_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8z30_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8z30_validation.xml.gz	27.3 KB	表示
CIF形式データ	8z30_validation.cif.gz	34.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/8z30 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/8z30	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8z36C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (6) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (4) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: E3 ubiquitin-protein ligase RNF31

B: E3 ubiquitin-protein ligase RNF31

C: E3 ubiquitin-protein ligase RNF31

ヘテロ分子

61.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.039, 114.758, 66.186
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.75, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-329- HOH

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase RNF31 / HOIL-1-interacting protein / HOIP / RING finger protein 31 / RING-type E3 ubiquitin transferase ...HOIL-1-interacting protein / HOIP / RING finger protein 31 / RING-type E3 ubiquitin transferase RNF31 / Zinc in-between-RING-finger ubiquitin-associated domain protein 分子量: 20074.553 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNF31, ZIBRA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96EP0, RBR-type E3 ubiquitin transferase

#1: タンパク質

E3 ubiquitin-protein ligase RNF31 / HOIL-1-interacting protein / HOIP / RING finger protein 31 / RING-type E3 ubiquitin transferase ...

分子量: 20074.553 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNF31, ZIBRA / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96EP0, RBR-type E3 ubiquitin transferase

-
非ポリマー , 5種, 194分子

#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-TLF / 2-[(3-chloro-2-methylphenyl)amino]benzoic acid / Tolfenamic acid / トルフェナム酸分子量: 261.704 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₂ClNO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-TOE / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / トリエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル分子量: 164.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₆O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.92 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20 mM Tris, 150 mM NaCl, pH 7.5, 10% w/v PEG1000, 10% w/v PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→19.53 Å / Num. obs: 29296 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / R_merge(I) obs: 0.43 / Num. unique obs: 2885

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19_4092: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→19.53 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2424	2000	6.83 %
R_work	0.1963	-	-
obs	0.1994	29282	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4123	0	110	186	4419

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	4317
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.452	5853
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.999	631
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	653
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	775

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.36	0.3066	142	0.2454	1946	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.42	0.2615	141	0.2284	1922	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.49	0.3032	144	0.239	1956	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.57	0.3327	141	0.2467	1937	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.66	0.2895	145	0.2345	1954	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.77	0.2784	140	0.2207	1928	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.9	0.2878	142	0.2264	1929	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-3.05	0.2725	145	0.2251	1977	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.24	0.2917	142	0.2158	1946	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.49	0.2545	142	0.2178	1945	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.84	0.22	143	0.1885	1943	X-RAY DIFFRACTION	100
3.84-4.39	0.2498	145	0.1657	1973	X-RAY DIFFRACTION	100
4.39-5.5	0.1978	143	0.1632	1955	X-RAY DIFFRACTION	100
5.51-19.53	0.1795	145	0.1713	1971	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0014	-0.0044	0.0181	-0.0413	-0.0218	-0.012	-0.2788	0.5506	-0.3176	-0.3467	0.2549	-0.2355	0.3971	-0.122	0.0521	0.5085	0.072	0.4204	0.9496	-0.5615	0.1249	-38.5436	-4.6585	14.0133
2	0.1161	-0.0219	0.0349	0.216	0.0954	0.2223	-0.2913	0.4984	-0.1283	-0.5735	0.4275	-0.6328	0.1185	-0.1741	0.2612	0.4277	-0.0701	0.1905	1.0894	-0.0202	0.054	-36.1326	3.8348	16.9964
3	0.2561	0.077	-0.0323	0.1104	-0.1066	0.1091	-0.1811	0.4697	0.0628	-0.0778	0.0745	0.3832	-0.1444	-0.1258	0.0019	0.2851	-0.0339	0.0165	0.3301	-0.0416	0.295	-51.9939	4.5525	25.7754
4	-0.0183	-0.0503	0.0479	-0.0495	0.0831	0.2264	-0.1675	-0.0516	0.1201	0.2318	0.3307	-0.0533	-0.2427	0.3545	0.0138	0.2403	0.0361	-0.0387	0.3029	-0.0145	0.2741	-41.1806	4.9027	32.6363
5	-0.0011	0.0081	0.0212	-0.0183	-0.0026	0.0082	0.2381	-0.6285	-0.4292	0.0101	0.1436	-0.3494	0.013	0.1068	0.0002	0.7225	0.2088	0.0776	0.6293	-0.0146	0.5953	-33.1211	-12.3762	37.7772
6	0.0281	0.045	-0	0.0218	0.0145	-0.0026	-0.1531	-0.6158	-0.1265	0.3135	-0.0211	0.3805	0.0331	0.2865	-0.0001	0.4109	-0.0201	0.0437	0.4061	0.0346	0.3987	-43.0909	-1.0315	44.8909
7	0.0455	-0.0635	0.0861	-0.012	-0.0687	0.0936	-0.0658	-0.1067	-0.2287	-0.2437	0.1062	0.2105	-0.0433	-0.1029	0.0002	0.3318	-0.0214	0.0048	0.2454	0.0018	0.3258	-48.1518	-5.7447	38.1586
8	0.0323	0.0599	-0.0136	0.0936	-0.0279	0.0273	0.2116	-0.0618	-0.1545	0.0755	0.1208	-0.0792	0.0327	0.0136	0.0533	1.228	0.5828	-0.0341	-1.4534	-0.5785	0.3625	-41.0549	-18.8067	34.6865
9	0.6338	-0.1015	0.0845	0.095	0.0021	0.1201	0.0019	0.7947	0.0312	-0.0763	0.0743	-0.1956	0.1458	0.2624	0.0305	0.3085	-0.0068	-0.0133	0.4424	-0.0948	0.2808	-41.0246	1.3932	24.2879
10	0.0237	-0.0476	-0.033	0.0949	0.0422	0.0671	0.0188	0.2897	0.1823	-0.0606	-0.0977	0.1066	-0.057	-0.0005	-0	0.3663	-0.0536	0.0225	0.5667	0.1324	0.3764	-46.6492	16.8157	18.9542
11	0.0238	0.0267	0.1873	0.0965	0.2639	0.8724	0.0258	-0.0582	0.3877	-0.1051	0.1141	0.1356	-0.9533	-0.4062	0.0411	0.8105	-0.0831	-0.0312	0.2353	-0.021	0.637	-38.097	37.4822	44.2824
12	-0.0017	-0.0139	-0.0027	0.0004	0.0122	0.0019	-0.1243	0.2042	-0.1032	-0.0142	0.1236	-0.4522	-0.1522	0.2507	-0.0003	0.6958	-0.1736	-0.0448	0.5879	0.0372	0.6509	-27.895	31.7685	45.4214
13	0.3624	0.0191	0.0897	0.1094	0.0372	0.0004	-0.0341	-0.2329	-0.0489	0.2997	0.0092	-0.0123	0.0867	0.4166	-0.0121	0.3583	-0.0019	-0.0775	0.2858	-0.0404	0.298	-35.1605	17.7107	50.9382
14	0.1683	0.3223	-0.0536	0.2247	-0.1169	0.0502	0.1314	0.1092	-0.2972	-0.0449	-0.1313	0.1543	-0.095	0.0832	0	0.318	0.0232	-0.0699	0.2432	-0.0274	0.3325	-49.1933	23.2091	43.1429
15	0.012	-0.0081	0.0481	-0.003	0.001	0.0363	-0.0706	0.276	0.0055	0.0975	0.3628	0.0478	-0.0541	0.1658	-0	0.3826	0.0234	-0.0052	0.3342	-0.0381	0.3653	-55.5198	14.0199	45.1427
16	0.1015	0.0191	0.0473	-0.0108	-0.0104	-0.0143	0.0548	-0.2578	-0.2292	0.4407	-0.1889	-0.1109	-0.1058	-0.0927	-0.0001	0.3747	-0.0104	-0.0277	0.2988	-0.0111	0.2977	-47.3695	17.3959	50.8375
17	0.023	0.0373	-0.0165	0.0203	-0.0237	0.0343	-0.2858	-0.3566	-0.084	0.1278	-0.0208	0.2166	-0.2862	-0.0457	-0.001	0.5703	0.0035	0.1369	0.4954	-0.0683	0.3879	-57.0477	18.626	55.9012
18	0.0086	-0.0141	0.0046	0.0065	0.0006	0.0253	-0.2277	-0.1194	0.3	0.1706	0.0492	0.0588	-0.1467	-0.0478	-0.003	0.5772	0.0625	0.1328	0.4067	-0.2199	0.6821	-58.2162	31.4651	56.0071
19	0.1398	-0.0537	0.09	0.0583	-0.1013	0.2161	0.0075	-0.1314	0.2215	-0.1601	-0.1756	0.0046	-0.4225	0.3162	-0.0821	0.5345	-0.0262	-0.0747	0.2726	-0.0372	0.4067	-39.6231	27.2879	45.1814
20	0.0324	0.0008	0.0018	0.0222	0.0349	0.0231	0.38	-0.1924	-0.2656	-0.4298	0.1959	-0.4119	0.0446	0.5163	-0	0.5034	-0.0937	0.0593	0.6129	0.0377	0.6317	-25.1036	19.644	40.1684
21	0.0153	0.02	-0.0088	0.6068	-0.0248	0.0241	0.131	-0.2675	-0.2744	0.6699	-0.0085	0.4082	0.1882	-0.1295	0.0757	0.3247	-0.0378	0.1195	0.6822	0.2739	0.6793	-47.2052	-7.208	74.0521
22	0.4719	0.1692	-0.106	1.0347	0.9147	1.0558	0.1716	-0.0694	-0.278	-0.1432	-0.069	0.0253	-0.1014	-0.3443	0.1166	0.1961	0.0161	-0.0473	0.3319	0.1028	0.3487	-39.0523	-3.1444	64.1293
23	0.3768	0.2401	0.106	0.457	-0.1595	0.1191	0.1452	-0.1595	-0.1723	-0.0497	0.0364	-0.1711	-0.1896	-0.1292	0.0202	0.2206	0.0155	0.004	0.3942	0.0693	0.2497	-30.3797	4.1402	73.3204
24	0.027	0.0053	-0.0086	0.0333	0.0085	0.0126	-0.0233	0.1497	0.1024	0.1556	0.112	-0.1235	-0.3679	-0.0745	-0	0.4387	0.049	0.0013	0.3406	-0.0406	0.3917	-26.2482	12.8361	68.8747
25	0.7049	-0.0355	0.5865	0.6043	-0.1889	0.8071	0.1833	-0.2892	-0.0634	-0.1688	-0.21	0.2028	-0.19	-0.7525	0.1594	0.2342	0.08	0.0817	0.418	0.0394	0.3263	-37.5178	7.5939	72.5556
26	0.1909	-0.1823	-0.1829	0.1517	0.1287	0.1509	-0.1863	-0.0441	-0.933	-0.64	-0.0653	0.0901	-0.0268	-0.0604	-0.0171	0.3871	0.0026	-0.026	0.2519	0.0431	0.6758	-34.8941	-9.578	53.6028

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 43 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 44 through 64 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 65 through 86 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 87 through 96 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 97 through 107 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 108 through 133 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 134 through 142 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 143 through 164 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 165 through 179 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 4 through 34 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 35 through 43 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 44 through 64 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 65 through 96 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 97 through 107 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 108 through 122 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 123 through 133 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 134 through 142 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 143 through 164 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 165 through 179 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 4 through 23 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 24 through 64 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 65 through 96 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 97 through 114 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 115 through 164 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 165 through 179 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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