PDB-8z2s: Crystal structure of trehalose synthase mutant R148A from Deinoco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8z2s

タイトル

Crystal structure of trehalose synthase mutant R148A from Deinococcus radiodurans

要素

maltose alpha-D-glucosyltransferase

キーワード

ISOMERASE / trehalose

機能・相同性

機能・相同性情報

maltose alpha-D-glucosyltransferase / maltose alpha-D-glucosyltransferase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Ye, L.C. / Chen, S.C.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural and Mutational Analyses of Trehalose Synthase from Deinococcus radiodurans Reveal the Interconversion of Maltose-Trehalose Mechanism.
著者: Ye, L.C. / Chow, S.Y. / Chang, S.C. / Kuo, C.H. / Wang, Y.L. / Wei, Y.J. / Lee, G.C. / Liaw, S.H. / Chen, W.M. / Chen, S.C.

履歴

登録	2024年4月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8z2s.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8z2s.ent.gz	724.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8z2s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8z2s_validation.pdf.gz	9.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8z2s_full_validation.pdf.gz	9.6 MB	表示
XML形式データ	8z2s_validation.xml.gz	174.1 KB	表示
CIF形式データ	8z2s_validation.cif.gz	231.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/8z2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/8z2s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ywdC 8z2lC 8z2qC 8z2rC 8z2tC 8z2uC 9ezlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: maltose alpha-D-glucosyltransferase

B: maltose alpha-D-glucosyltransferase

C: maltose alpha-D-glucosyltransferase

D: maltose alpha-D-glucosyltransferase

E: maltose alpha-D-glucosyltransferase

F: maltose alpha-D-glucosyltransferase

G: maltose alpha-D-glucosyltransferase

H: maltose alpha-D-glucosyltransferase

ヘテロ分子

521 kDa, 8 ポリマー
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1

A: maltose alpha-D-glucosyltransferase

G: maltose alpha-D-glucosyltransferase

ヘテロ分子

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130 kDa, 2 ポリマー
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2

B: maltose alpha-D-glucosyltransferase

H: maltose alpha-D-glucosyltransferase

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3

C: maltose alpha-D-glucosyltransferase

F: maltose alpha-D-glucosyltransferase

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4

D: maltose alpha-D-glucosyltransferase

E: maltose alpha-D-glucosyltransferase

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	96.118, 197.475, 134.253
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.190, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	maltose alpha-D-glucosyltransferase / Maltose alpha-D-glucosyltransferase 分子量: 64901.727 Da / 分子数: 8 / 変異: R148A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) 株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / CCUG 27074 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / VKM B-1422 / R1 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: I3NX86, maltose alpha-D-glucosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Tris-HCl pH 8.5, 8% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.32→20 Å / Num. obs: 204326 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 30.53 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 2.32→2.38 Å / R_merge(I) obs: 0.179 / Num. unique obs: 180017

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.32→19.88 Å / SU ML: 0.3082 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.7983
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2389	9548	5.04 %
R_work	0.1762	180001	-
obs	0.1793	189549	88.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.32→19.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	35184	0	80	1332	36596

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0091	36304
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.069	49472
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0611	5112
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0101	6544
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.6991	4912

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.32-2.35	0.3073	214	0.2218	4104	X-RAY DIFFRACTION	60.24
2.35-2.37	0.3403	243	0.2197	4382	X-RAY DIFFRACTION	64.66
2.37-2.4	0.3155	182	0.2088	4519	X-RAY DIFFRACTION	65.53
2.4-2.43	0.303	256	0.2075	4569	X-RAY DIFFRACTION	67.85
2.43-2.46	0.3004	254	0.2196	4703	X-RAY DIFFRACTION	68.36
2.46-2.5	0.2956	263	0.2169	4715	X-RAY DIFFRACTION	70.15
2.5-2.53	0.3077	245	0.2126	4801	X-RAY DIFFRACTION	70.36
2.53-2.57	0.3055	307	0.2239	4867	X-RAY DIFFRACTION	72.44
2.57-2.61	0.2753	245	0.2226	5101	X-RAY DIFFRACTION	74.99
2.61-2.65	0.3083	329	0.2187	5338	X-RAY DIFFRACTION	78.87
2.65-2.7	0.3063	322	0.2091	5716	X-RAY DIFFRACTION	84.6
2.7-2.75	0.2986	348	0.2075	6186	X-RAY DIFFRACTION	90.5
2.75-2.8	0.2723	307	0.2119	6363	X-RAY DIFFRACTION	93.85
2.8-2.86	0.2806	357	0.213	6558	X-RAY DIFFRACTION	96.42
2.86-2.92	0.3012	362	0.2141	6701	X-RAY DIFFRACTION	97.93
2.92-2.99	0.283	366	0.1947	6687	X-RAY DIFFRACTION	98.98
2.99-3.06	0.2836	373	0.2008	6715	X-RAY DIFFRACTION	99.23
3.06-3.15	0.2585	358	0.1976	6803	X-RAY DIFFRACTION	99.31
3.15-3.24	0.2646	339	0.1977	6760	X-RAY DIFFRACTION	99.36
3.24-3.34	0.277	342	0.1964	6784	X-RAY DIFFRACTION	99.4
3.34-3.46	0.2651	335	0.1878	6817	X-RAY DIFFRACTION	99.32
3.46-3.6	0.2325	343	0.1772	6730	X-RAY DIFFRACTION	98.94
3.6-3.76	0.2383	366	0.1669	6756	X-RAY DIFFRACTION	99.19
3.76-3.96	0.2026	377	0.1524	6728	X-RAY DIFFRACTION	98.94
3.96-4.2	0.1976	368	0.1507	6768	X-RAY DIFFRACTION	98.88
4.2-4.53	0.1811	349	0.1348	6742	X-RAY DIFFRACTION	99.02
4.53-4.97	0.1834	347	0.1345	6786	X-RAY DIFFRACTION	98.82
4.97-5.68	0.1967	319	0.1428	6809	X-RAY DIFFRACTION	99.04
5.68-7.1	0.2056	360	0.1588	6773	X-RAY DIFFRACTION	98.67
7.1-19.88	0.1704	372	0.1486	6720	X-RAY DIFFRACTION	97.28

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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