PDB-8z2q: Crystal structure of trehalose synthase mutant N253Q from Deinoco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8z2q

タイトル

Crystal structure of trehalose synthase mutant N253Q from Deinococcus radiodurans

要素

maltose alpha-D-glucosyltransferase

キーワード

ISOMERASE / trehalose

機能・相同性

機能・相同性情報

maltose alpha-D-glucosyltransferase / maltose alpha-D-glucosyltransferase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.99 Å

データ登録者

Ye, L.C. / Chen, S.C.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural and Mutational Analyses of Trehalose Synthase from Deinococcus radiodurans Reveal the Interconversion of Maltose-Trehalose Mechanism.
著者: Ye, L.C. / Chow, S.Y. / Chang, S.C. / Kuo, C.H. / Wang, Y.L. / Wei, Y.J. / Lee, G.C. / Liaw, S.H. / Chen, W.M. / Chen, S.C.

履歴

登録	2024年4月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8z2q.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8z2q.ent.gz	716.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8z2q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/8z2q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/8z2q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ywdC 8z2lC 8z2rC 8z2sC 8z2tC 8z2uC 9ezlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: maltose alpha-D-glucosyltransferase

B: maltose alpha-D-glucosyltransferase

C: maltose alpha-D-glucosyltransferase

D: maltose alpha-D-glucosyltransferase

E: maltose alpha-D-glucosyltransferase

F: maltose alpha-D-glucosyltransferase

G: maltose alpha-D-glucosyltransferase

H: maltose alpha-D-glucosyltransferase

ヘテロ分子

522 kDa, 8 ポリマー
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1

A: maltose alpha-D-glucosyltransferase

E: maltose alpha-D-glucosyltransferase

ヘテロ分子

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130 kDa, 2 ポリマー
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2

B: maltose alpha-D-glucosyltransferase

G: maltose alpha-D-glucosyltransferase

ヘテロ分子

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3

C: maltose alpha-D-glucosyltransferase

H: maltose alpha-D-glucosyltransferase

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4

D: maltose alpha-D-glucosyltransferase

F: maltose alpha-D-glucosyltransferase

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	96.989, 198.602, 134.117
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.010, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	maltose alpha-D-glucosyltransferase / Maltose alpha-D-glucosyltransferase 分子量: 65001.867 Da / 分子数: 8 / 変異: N253Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / CCUG 27074 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / VKM B-1422 / R1) (放射線耐性) 株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / CCUG 27074 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / VKM B-1422 / R1 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: I3NX86, maltose alpha-D-glucosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 794 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Tris-HCl pH 8.5, 8% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.99→20.08 Å / Num. obs: 99276 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 33.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.27 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 2.99→3.07 Å / R_merge(I) obs: 0.166 / Num. unique obs: 94332

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.99→20.08 Å / SU ML: 0.3819 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.6427
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	4911	4.95 %
R_work	0.1545	94269	-
obs	0.1586	99180	97.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.99→20.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	35247	0	88	794	36129

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	36391
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0353	49585
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0546	5114
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0097	6564
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.3991	4935

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.99-3.03	0.3501	140	0.2489	2510	X-RAY DIFFRACTION	77.03
3.03-3.06	0.3755	160	0.2385	3128	X-RAY DIFFRACTION	98.62
3.06-3.1	0.3057	162	0.2226	3156	X-RAY DIFFRACTION	98.31
3.1-3.14	0.3046	161	0.2043	3154	X-RAY DIFFRACTION	98.6
3.14-3.18	0.2936	190	0.1998	3123	X-RAY DIFFRACTION	98.66
3.18-3.23	0.2885	183	0.1982	3165	X-RAY DIFFRACTION	98.47
3.23-3.27	0.2979	170	0.1939	3166	X-RAY DIFFRACTION	98.64
3.27-3.32	0.2832	178	0.1989	3128	X-RAY DIFFRACTION	98.8
3.32-3.37	0.3106	171	0.1832	3150	X-RAY DIFFRACTION	98.58
3.37-3.43	0.2693	166	0.1842	3184	X-RAY DIFFRACTION	98.67
3.43-3.48	0.2841	178	0.1781	3155	X-RAY DIFFRACTION	98.58
3.49-3.55	0.2739	166	0.1714	3157	X-RAY DIFFRACTION	98.72
3.55-3.62	0.2329	154	0.1659	3188	X-RAY DIFFRACTION	98.91
3.62-3.69	0.2426	141	0.1619	3187	X-RAY DIFFRACTION	98.7
3.69-3.77	0.2559	178	0.1624	3147	X-RAY DIFFRACTION	98.81
3.77-3.86	0.252	150	0.1471	3196	X-RAY DIFFRACTION	98.82
3.86-3.95	0.2034	148	0.1392	3181	X-RAY DIFFRACTION	98.61
3.95-4.06	0.2221	185	0.1371	3169	X-RAY DIFFRACTION	98.73
4.06-4.18	0.2346	170	0.133	3176	X-RAY DIFFRACTION	98.76
4.18-4.31	0.2063	182	0.121	3156	X-RAY DIFFRACTION	98.9
4.31-4.46	0.1909	150	0.1177	3175	X-RAY DIFFRACTION	98.96
4.46-4.64	0.1681	162	0.1176	3210	X-RAY DIFFRACTION	98.6
4.64-4.85	0.1932	150	0.1186	3186	X-RAY DIFFRACTION	98.99
4.85-5.1	0.1946	180	0.1222	3160	X-RAY DIFFRACTION	98.61
5.1-5.41	0.1801	157	0.1271	3200	X-RAY DIFFRACTION	98.76
5.41-5.82	0.2183	158	0.1284	3178	X-RAY DIFFRACTION	98.79
5.82-6.39	0.1891	143	0.1354	3220	X-RAY DIFFRACTION	98.74
6.39-7.27	0.1946	176	0.1379	3170	X-RAY DIFFRACTION	98.38
7.28-9.02	0.188	168	0.1352	3171	X-RAY DIFFRACTION	98
9.03-20.08	0.1809	134	0.1501	3023	X-RAY DIFFRACTION	91.43

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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