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- PDB-8z2n: Crystal structure of 5-phosphomethyl-2'-deoxyuridine (5-PmdU) gly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z2n
タイトルCrystal structure of 5-phosphomethyl-2'-deoxyuridine (5-PmdU) glycinyltransferase gp46/PUGT from Pseudomonads phage PaMx11 in complex with dsDNA
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*CP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*A)-3')
  • Glycinyltransferase
キーワードTRANSFERASE/DNA / Pseudomonads phage / DNA / hypermodification / glycinyltransferase / 5-phosphomethyl-2'-deoxyuridine / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated evasion of host restriction-modification system / transferase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response
類似検索 - 分子機能
Amino acid:DNA transferase / Amino acid:DNA transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / DNA / DNA (> 10) / Glycinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas phage PaMx11 (ファージ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wen, Y. / Guo, W.T. / Wu, B.X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the biosynthetic mechanism of N alpha-GlyT and 5-NmdU hypermodifications of DNA.
著者: Wen, Y. / Guo, W. / Meng, C. / Yang, J. / Xu, S. / Chen, H. / Gan, J. / Wu, B.
履歴
登録2024年4月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Glycinyltransferase
C: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*CP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*TP*A)-3')
CA00: Glycinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,37711
ポリマ－74,8624
非ポリマー5157
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.787, 92.032, 167.644
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 4 through 78 or resid 80 through 291))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 4 through 78 or resid 80 through 291))
d_1ens_2(chain "C" and (resid 1 through 6 or resid 8 through 13))
d_2ens_2(chain "D" and (resid 1 through 6 or resid 8...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASNASNVALVALCA00D4 - 784 - 78
d_12ens_1GLUGLUTHRTHRCA00D80 - 29180 - 291
d_21ens_1ASNASNVALVALBA4 - 784 - 78
d_22ens_1GLUGLUTHRTHRBA80 - 29180 - 291
d_11ens_2DTDTDADACB1 - 21 - 2
d_21ens_2DTDTDADADC1 - 21 - 2

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999999474305, -0.00097485117906, 0.00031789224094), (0.00100585001828, -0.992835928016, 0.119481414065), (0.000199138240666, 0.119481671006, 0.992836386641)86.8661581123, 45.5756585407, -3.20830182204
2given(-0.999554928799, 0.0293264681637, -0.00546832503318), (-0.0296993194216, -0.995515286811, 0.0898179500467), (-0.0028097579112, 0.0899403801956, 0.995943187773)86.8293183505, 47.4115244228, -2.00382819588

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BCA00

#1: タンパク質 Glycinyltransferase / PUGT / Amino acid:DNA transferase / AADT / gp46


分子量: 33459.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas phage PaMx11 (ファージ)
遺伝子: PaMx11_46 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S0MVI5

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*CP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*A)-3')


分子量: 3966.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*TP*A)-3')


分子量: 3975.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 50分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% (w/v) PEG 8,000, 0.1M MES/Sodium hydroxide pH 6.0, 0.2M Calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 40612 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 45.64 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 1.798 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 5841 / CC1/2: 0.827 / Rpim(I) all: 0.496 / Rrim(I) all: 0.866 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_5156精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8Z2M

8z2m


解像度: 2.3→29 Å / SU ML: 0.3112 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.488
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2754 2038 5.04 %
Rwork0.2262 38433 -
obs0.2286 40471 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4663 502 28 43 5236
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00975392
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06167420
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532770
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0169891
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.03542016
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2BCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.602202379893
ens_2d_2ICA00X-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.932510809598
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.350.41611250.37982515X-RAY DIFFRACTION99.47
2.35-2.410.41721400.34572523X-RAY DIFFRACTION99.55
2.41-2.480.38291240.32652495X-RAY DIFFRACTION99.51
2.48-2.550.33781370.30852524X-RAY DIFFRACTION99.81
2.55-2.630.38451460.27782543X-RAY DIFFRACTION99.67
2.63-2.730.29861360.27132512X-RAY DIFFRACTION99.89
2.73-2.840.3121210.26372547X-RAY DIFFRACTION99.78
2.84-2.960.3281470.26832534X-RAY DIFFRACTION99.89
2.96-3.120.3181340.2622559X-RAY DIFFRACTION99.89
3.12-3.320.31361390.25592539X-RAY DIFFRACTION99.96
3.32-3.570.28121350.22722589X-RAY DIFFRACTION99.93
3.57-3.930.25911320.21052563X-RAY DIFFRACTION99.78
3.93-4.50.23061390.18412599X-RAY DIFFRACTION100
4.5-5.660.21121440.1792635X-RAY DIFFRACTION100
5.66-290.23281390.18762756X-RAY DIFFRACTION99.59
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 43.4453268248 Å / Origin y: 24.3929293907 Å / Origin z: 24.4363966068 Å
111213212223313233
T0.407726062522 Å2-0.000650240711813 Å20.0143342247333 Å2-0.608460111076 Å2-0.0497530215978 Å2--0.354717579781 Å2
L0.237983112279 °20.0258439782952 °20.00339674764894 °2-1.03120390665 °2-0.110026682272 °2--0.252013561854 °2
S-0.0350648351837 Å °-0.0523442464207 Å °0.00243247564155 Å °-0.061167090944 Å °0.0671167459903 Å °-0.0223720517791 Å °-0.0190444265636 Å °0.119306958752 Å °-0.0226229977025 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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