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万見
- PDB-8z2k: Substrate analog a013 bound form of PET-degrading cutinase mutant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z2k
タイトルSubstrate analog a013 bound form of PET-degrading cutinase mutant Cut190**SS_S176A
要素Alpha/beta hydrolase family protein
キーワードHYDROLASE / PROTEIN ENGINEERING / POLYESTERASE / METAL BINDING / Aromatic ligand
機能・相同性Cutinase / PET hydrolase-like / : / carboxylic ester hydrolase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / metal ion binding / : / Cutinase
機能・相同性情報
生物種Saccharomonospora viridis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Numoto, N. / Kondo, F. / Bekker, G.J. / Liao, Z. / Yamashita, M. / Iida, A. / Ito, N. / Kamiya, N. / Oda, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP21H02120 日本
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Structural dynamics of the Ca 2+ -regulated cutinase towards structure-based improvement of PET degradation activity.
著者: Numoto, N. / Kondo, F. / Bekker, G.J. / Liao, Z. / Yamashita, M. / Iida, A. / Ito, N. / Kamiya, N. / Oda, M.
履歴
登録2024年4月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha/beta hydrolase family protein
B: Alpha/beta hydrolase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7795
ポリマ－57,0662
非ポリマー7133
水1,44180
1
A: Alpha/beta hydrolase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9093
ポリマ－28,5331
非ポリマー3762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alpha/beta hydrolase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8692
ポリマ－28,5331
非ポリマー3361
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.390, 84.390, 64.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Space group name HallP3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z

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要素

#1: タンパク質 Alpha/beta hydrolase family protein / cutinase


分子量: 28533.098 Da / 分子数: 2 / 変異: Q123H/Q138A/S176A/N202H/S226P/R228S/D250C/E296C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomonospora viridis (バクテリア)
遺伝子: Cut190, MINT15_00360 / プラスミド: pQE80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami B(DE3) / 参照: UniProt: W0TJ64, cutinase
#2: 化合物 ChemComp-A1L0O / 4-[oxidanyl(2-phenylmethoxyethoxy)phosphoryl]benzoic acid


分子量: 336.276 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.8
詳細: 50 mM Ammonium sulfate, 0.1 M PIPES pH 6.8, 12-18% (w/v) PEG 3,350, 0.5 mM CaCl2, and 2 mM ligands

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49 Å / Num. obs: 26260 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.9 % / CC1/2: 0.983 / Rsym value: 0.259 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2722 / CC1/2: 0.455 / Rsym value: 1.15 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CTS

7cts


解像度: 2.2→48.48 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.78 / 位相誤差: 21.5169
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1952 1345 5.12 %
Rwork0.1724 24915 -
obs0.2 26260 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3968 0 47 80 4095
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00224132
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53275630
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0426601
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059738
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7441502
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.280.28471420.24372554X-RAY DIFFRACTION94.7
2.28-2.370.27971280.24152460X-RAY DIFFRACTION95.05
2.37-2.480.26931400.22832504X-RAY DIFFRACTION94.7
2.48-2.610.25141300.22442476X-RAY DIFFRACTION95.01
2.61-2.770.20621320.22132468X-RAY DIFFRACTION94.92
2.77-2.990.26081300.19882491X-RAY DIFFRACTION95.04
2.99-3.290.26071360.20082494X-RAY DIFFRACTION94.83
3.29-3.760.1911300.20232488X-RAY DIFFRACTION95.03
3.76-4.740.16651340.16152493X-RAY DIFFRACTION94.9
4.74-48.480.19511430.17492487X-RAY DIFFRACTION94.49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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