PDB-8z1u: Crystal structure of aminoglycoside efflux transporter MexY from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8z1u

タイトル

Crystal structure of aminoglycoside efflux transporter MexY from Pseudomonas aeruginosa

要素

Efflux pump membrane transporter

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / multidrug efflux transporter membrane transport RND superfamily antimicrobial resistance aminoglycoside / TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / plasma membrane / Efflux pump membrane transporter

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.89 Å

データ登録者

Murakami, S. / Yamashita, E. / Okada, U. / Aoki, M.

資金援助

日本, 3件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP21H02412	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP21K19337	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP18K06079	日本

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of aminoglycoside efflux transporter MexY from Pseudomonas aeruginosa
著者: Murakami, S. / Okada, U. / Yamashita, E.

履歴

登録	2024年4月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8z1u.cif.gz	486.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8z1u.ent.gz	336 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8z1u_validation.pdf.gz	454.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8z1u_full_validation.pdf.gz	486.6 KB	表示
XML形式データ	8z1u_validation.xml.gz	43.1 KB	表示
CIF形式データ	8z1u_validation.cif.gz	55.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/8z1u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/8z1u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Efflux pump membrane transporter

ヘテロ分子

115 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: assay for oligomerization

単位格子

Length a, b, c (Å)	186.432, 186.432, 374.011
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

#1: タンパク質	Efflux pump membrane transporter / MexY 分子量: 114039.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: amrB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RG59
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 8.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 85.1 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Sodium phosphate (pH 6.5), 2.0 - 2.3 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.89→161.45 Å / Num. obs: 81724 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 303 % / B_iso Wilson estimate: 87.28 Å² / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 32.1
反射シェル	解像度: 2.89→2.99 Å / Num. unique obs: 4086 / CC_1/2: 0.618

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.89→161.45 Å / SU ML: 0.3694 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.7455
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2699	4060	4.97 %
R_work	0.2531	77648	-
obs	0.2539	81708	94.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 93.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.89→161.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7798	0	55	87	7940

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0037	7993
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6838	10873
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1270
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0058	1392
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.9377	1118

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.89-2.92	0.5135	21	0.5045	422	X-RAY DIFFRACTION	15.01
2.92-2.95	0.4962	52	0.4593	1312	X-RAY DIFFRACTION	46.71
2.95-2.99	0.4626	113	0.4166	2149	X-RAY DIFFRACTION	77.1
2.99-3.03	0.4036	123	0.3578	2574	X-RAY DIFFRACTION	91.8
3.03-3.07	0.3652	145	0.3228	2780	X-RAY DIFFRACTION	99.19
3.07-3.12	0.3282	151	0.2925	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.16	0.3168	145	0.289	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.21	0.3171	147	0.2799	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.27	0.3282	151	0.2868	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.32	0.3203	142	0.283	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.38	0.3178	152	0.2881	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.45	0.3023	147	0.2952	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.52	0.3173	149	0.3036	2827	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.59	0.3325	148	0.322	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-3.68	0.3145	147	0.2758	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
3.68-3.77	0.261	148	0.2575	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
3.77-3.87	0.2425	148	0.2303	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
3.87-3.99	0.2744	147	0.222	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
3.99-4.11	0.2433	151	0.2156	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
4.11-4.26	0.2612	152	0.2218	2857	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.26-4.43	0.2582	148	0.2322	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
4.43-4.63	0.2271	152	0.2218	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
4.63-4.88	0.2288	151	0.2002	2856	X-RAY DIFFRACTION	100
4.88-5.18	0.2164	149	0.1969	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
5.18-5.58	0.2387	152	0.222	2869	X-RAY DIFFRACTION	100
5.58-6.15	0.2726	152	0.2507	2898	X-RAY DIFFRACTION	100
6.15-7.04	0.2776	153	0.2441	2925	X-RAY DIFFRACTION	99.97
7.04-8.86	0.2057	158	0.2221	2971	X-RAY DIFFRACTION	100
8.86-161.45	0.2898	166	0.2951	3150	X-RAY DIFFRACTION	99.43

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.435839323709	0.225346801036	0.156346561859	0.747282244615	0.197672426296	0.423013034185	0.153537872042	-0.0213429785361	0.0696007048392	0.0177306356877	0.0661691098861	-0.214002185598	-0.238103150396	0.356120035013	-0.0183211128974	0.840616008505	-0.248592838658	0.154336846796	0.246179366857	0.0674276401136	0.373465332133	21.4339748092	16.3459809729	-7.72680406702
2	1.20103942419	0.0318731496951	0.481385873951	0.92476510025	0.0789096454438	1.58353964777	0.0249096096833	-0.0493046450917	-0.142711891646	0.0564247802648	0.188491787021	-0.356836254558	0.0935195892727	0.227407194822	-0.065664980479	0.805672555578	0.0566118752092	-0.0725967724736	0.437203944629	-0.0817223063546	0.649225464163	19.7591340802	-19.3786651099	-11.6831479671
3	1.25493944924	-0.0458799415509	0.160363592839	1.39282527209	0.284858557942	1.45234627874	0.123917318399	-0.0463733512128	0.170653162166	0.108004647534	0.0269037486756	-0.271575056043	-0.158511406028	0.347835284894	-0.0636708469794	0.665203246347	-0.241312976717	-0.0267150489856	0.442318295982	0.108106135445	0.550204068122	36.5478431486	9.6538606334	-11.0926922748
4	0.20370348226	0.180788666185	-0.003118658364	0.38480149748	0.00613957636191	0.0316302696607	0.0306424938514	0.0507256429873	0.257207248266	0.0530927484768	-0.0734357878168	-0.254092310873	-0.238956011606	0.0614881834269	-0.13259981519	1.28696451062	-0.841386736881	0.106541029263	0.475268565765	0.0763670825756	0.781419833521	44.2903551543	53.3427082216	-17.3259477549
5	0.369862402393	0.0589883741946	-0.257243147834	0.523386897041	-0.208897846972	0.229146173977	0.0116593003801	0.18848222286	0.256111936638	-0.0752321435004	-0.048533012671	-0.321026799932	-0.314403272169	0.264522142299	-0.11515866156	1.10071305618	-0.455650725717	0.153268739329	0.676478181661	0.285797391392	1.16038804235	36.8426844264	42.8656681142	-34.8861283379
6	0.783238297748	-0.18235094399	-0.0285837219207	0.688742754544	-0.0872674800367	0.761367479382	0.0887827959169	0.190424757427	0.234009884964	-0.0841082550582	0.257592411766	-0.146374307813	-0.347583364885	0.0521511877456	-0.129306199669	0.819959651926	-0.271409744541	0.101219254468	0.477384055665	0.0941188675106	0.774946177255	22.2216164129	16.959812867	-30.1387836551
7	1.23285633073	1.00479213654	-1.06861347027	1.08960006135	-1.37636609814	2.05415950514	0.116175189237	-0.00631101036481	0.0245770191243	-0.00716507956355	0.0801243600809	0.298957639573	0.0535155299623	-0.324673235782	-0.169452181297	0.651677586224	-0.322028587084	-0.0359830559905	0.420346533428	0.151798358347	0.573831515684	-3.81359435311	-8.45233754277	-14.6002952113
8	-0.017155577908	0.0211105804384	-0.0114526910724	-0.000922010880022	-0.013759642861	0.0244776575338	0.234814652414	0.12160119069	0.194159648179	-0.0604658126051	0.0721153957963	-0.0586828649312	-0.17715918744	0.0976656765816	0.772303950219	1.07845718896	-0.636811259825	0.327279537896	0.396378620726	0.363243717892	1.22511130451	25.9704344203	49.1659291047	-29.3332734388

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 215 )	1 - 215	1 - 215
2	2	chain 'A' and (resid 216 through 271 )	216 - 271	216 - 271
3	3	chain 'A' and (resid 272 through 327 )	272 - 327	272 - 327
4	4	chain 'A' and (resid 328 through 495 )	328 - 495	328 - 495
5	5	chain 'A' and (resid 496 through 598 )	496 - 598	496 - 598
6	6	chain 'A' and (resid 599 through 716 )	599 - 716	599 - 716
7	7	chain 'A' and (resid 717 through 799 )	717 - 799	717 - 799
8	8	chain 'A' and (resid 800 through 1027 )	800 - 1027	800 - 1027

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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