PDB-8z1r: isocitrate lyase MoMcl1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8z1r

タイトル

isocitrate lyase MoMcl1

要素

Isocitrate lyase

キーワード

LYASE / e.g.Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

propionate catabolic process, 2-methylcitrate cycle / methylisocitrate lyase activity / isocitrate lyase activity / mitochondrial matrix / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyricularia oryzae (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Liu, X.H. / Zhao, W.H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: High-resolution crystal structure of the MoMcl1 protein
著者: Liu, X.H. / Zhao, W.H.

履歴

登録	2024年4月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8z1r.cif.gz	279.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8z1r.ent.gz	179.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8z1r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8z1r_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8z1r_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	8z1r_validation.xml.gz	43.4 KB	表示
CIF形式データ	8z1r_validation.cif.gz	64.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/8z1r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/8z1r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Isocitrate lyase

B: Isocitrate lyase

ヘテロ分子

123 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.430, 150.495, 128.243
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1036- HOH
2	1	A-1047- HOH
3	1	B-857- HOH
4	1	B-1058- HOH
5	1	B-1111- HOH

#1: タンパク質	Isocitrate lyase 分子量: 61606.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyricularia oryzae (菌類) / 株: Pyricularia oryzae / 遺伝子: MGCH7_ch7g337 / Variant: 318829 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G5EH03
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 735 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.96 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 4% v/v TacsimateTM pH 8.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 291.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→32.81 Å / Num. obs: 102343 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 12.2 % / B_iso Wilson estimate: 33.1 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1357 / R_pim(I) all: 0.04074 / R_rim(I) all: 0.1418 / Net I/σ(I): 14.46
反射シェル	解像度: 1.82→1.885 Å / Num. unique obs: 10172 / CC_1/2: 0.727 / R_pim(I) all: 0.5381

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000	7.21	データスケーリング
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000	7.21	データ削減
PHASER	2.7.0	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.82→32.81 Å / SU ML: 0.2032 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.5537
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2154	5021	4.91 %
R_work	0.184	97303	-
obs	0.1856	102324	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82→32.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8001	0	14	735	8750

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	8214
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.765	11148
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0512	1201
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0081	1458
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.6116	2973

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.82-1.84	0.3245	159	0.2855	3252	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.84-1.86	0.3112	192	0.2708	3152	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.86-1.89	0.305	183	0.2657	3231	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.89-1.91	0.3065	155	0.2462	3209	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.91-1.93	0.285	145	0.244	3204	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.96	0.2797	162	0.239	3246	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.96-1.99	0.2443	153	0.2223	3228	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.02	0.2494	182	0.2181	3171	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.02-2.05	0.2335	143	0.2141	3268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.08	0.2321	178	0.2136	3225	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.12	0.2425	165	0.1969	3187	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.12-2.16	0.2108	170	0.1876	3219	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.16-2.2	0.2065	151	0.185	3228	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.24	0.2007	148	0.1873	3268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.29	0.231	174	0.184	3216	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.35	0.1972	176	0.1882	3215	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.4	0.2269	180	0.1926	3228	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.47	0.2308	161	0.1903	3257	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.54	0.214	159	0.1902	3215	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.62	0.188	155	0.1846	3258	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.72	0.2179	187	0.198	3231	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.83	0.2391	172	0.1974	3236	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.96	0.2472	169	0.1928	3254	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.11	0.2261	164	0.1919	3253	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.11-3.31	0.1901	171	0.1894	3271	X-RAY DIFFRACTION	100
3.31-3.56	0.209	176	0.1756	3261	X-RAY DIFFRACTION	100
3.56-3.92	0.1891	187	0.1534	3235	X-RAY DIFFRACTION	100
3.92-4.48	0.1626	161	0.1519	3319	X-RAY DIFFRACTION	100
4.49-5.65	0.219	157	0.1557	3346	X-RAY DIFFRACTION	100
5.65-32.81	0.2022	186	0.1646	3420	X-RAY DIFFRACTION	99.72

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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