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- PDB-8z12: Crystal structure of WT DiatB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z12
タイトルCrystal structure of WT DiatB
要素Flavin-dependent monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FAD-dependent oxidoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavin monooxygenase FMO / Flavin monooxygenase-like / Flavin-binding monooxygenase-like / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / CITRATE ANION / Flavin-dependent monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces ardesiacus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.238 Å
データ登録者Peng, M. / Wu, Q.L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Bacterial Biosynthesis of Nitrile-Containing Natural Products: Basis for Recognition of Diversified Substrates
著者: Peng, M. / Wu, Q. / Ma, L. / Teng, Z.J. / Hou, X. / Zhu, H. / Ju, J.
履歴
登録2024年4月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavin-dependent monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8343
ポリマ－46,8591
非ポリマー9752
水2,702150
1
A: Flavin-dependent monooxygenase
ヘテロ分子

A: Flavin-dependent monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6676
ポリマ－93,7182
非ポリマー1,9494
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/61
Buried area2120 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area36130 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area18580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.846, 66.846, 376.751
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-614-

HOH

21A-675-

HOH

31A-716-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Flavin-dependent monooxygenase


分子量: 46858.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence reference for Streptomyces ardesiacus (285564) is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt ID A0A7T1BYC5. GenBank Accession ...詳細: Sequence reference for Streptomyces ardesiacus (285564) is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt ID A0A7T1BYC5. GenBank Accession Number: PP691700 protein_id="WZN32524.1.
由来: (組換発現) Streptomyces ardesiacus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7T1BYC5
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.19 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Lithium citrate tribasic tetrahydrate (pH 8.4), 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→62.8 Å / Num. obs: 24232 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 33.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.184 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.24→2.36 Å / Rmerge(I) obs: 1.634 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 2144 / CC1/2: 0.901 / Rpim(I) all: 0.286 / Rrim(I) all: 1.66 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.16_3549: ???)精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.238→52.573 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2489 2000 8.3 %
Rwork0.2048 --
obs0.2085 24097 94.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.238→52.573 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3255 0 66 150 3471
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083407
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0294653
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.3961979
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058503
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006611
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.238-2.2940.2731200.26791317X-RAY DIFFRACTION82
2.294-2.3560.32491440.23281602X-RAY DIFFRACTION100
2.356-2.42530.31951470.23491616X-RAY DIFFRACTION100
2.4253-2.50360.31981450.22951612X-RAY DIFFRACTION100
2.5036-2.59310.2981480.23531638X-RAY DIFFRACTION100
2.5931-2.69690.28881150.23331261X-RAY DIFFRACTION78
2.6969-2.81960.3231480.23271641X-RAY DIFFRACTION100
2.8196-2.96830.26841480.23721638X-RAY DIFFRACTION100
2.9683-3.15420.27341500.23621661X-RAY DIFFRACTION100
3.1542-3.39770.25381510.22011665X-RAY DIFFRACTION100
3.3977-3.73960.25841210.20841331X-RAY DIFFRACTION79
3.7396-4.28050.19941330.17371477X-RAY DIFFRACTION87
4.2805-5.39210.20151580.16671735X-RAY DIFFRACTION100
5.3921-52.5730.2291720.18971903X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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