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万見
- PDB-8z11: Cryo-EM structure of haptophyte photosystem I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z11
タイトルCryo-EM structure of haptophyte photosystem I
要素
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 6
  • L-iFP
  • Photosystem I iron-sulfur center
  • PsaE
  • PsaK
  • PsaR
  • iFCPI-1
  • iFCPI-10
  • iFCPI-11
  • iFCPI-12
  • iFCPI-13
  • iFCPI-15/14/16
  • iFCPI-17
  • iFCPI-18
  • iFCPI-2
  • iFCPI-20/19/21
  • iFCPI-22
  • iFCPI-3
  • iFCPI-4
  • iFCPI-5
  • iFCPI-6
  • iFCPI-7
  • iFCPI-8
  • iFCPI-9
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Haptophyte / Photosystem I / evolution
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily ...Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A86 / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chlorophyll c2 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER ...Chem-A86 / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chlorophyll c2 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-SQD / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit XI
類似検索 - 構成要素
生物種Isochrysis galbana (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者He, F.Y. / Zhao, L.S. / Li, K. / Zhang, Y.Z. / Liu, L.N.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)2023YFA0914600 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the assembly and energy transfer of haptophyte photosystem I-light-harvesting supercomplex.
著者: Fei-Yu He / Long-Sheng Zhao / Xin-Xiao Qu / Kang Li / Jian-Ping Guo / Fang Zhao / Ning Wang / Bing-Yue Qin / Xiu-Lan Chen / Jun Gao / Lu-Ning Liu / Yu-Zhong Zhang /
要旨: Haptophyta represents a major taxonomic group, with plastids derived from the primary plastids of red algae. Here, we elucidated the cryoelectron microscopy structure of the photosystem I-light- ...Haptophyta represents a major taxonomic group, with plastids derived from the primary plastids of red algae. Here, we elucidated the cryoelectron microscopy structure of the photosystem I-light-harvesting complex I (PSI-LHCI) supercomplex from the haptophyte . The PSI core comprises 12 subunits, which have evolved differently from red algae and cryptophytes by losing the PsaO subunit while incorporating the PsaK subunit, which is absent in diatoms and dinoflagellates. The PSI core is encircled by 22 fucoxanthin-chlorophyll /-binding light-harvesting antenna proteins (iFCPIs) that form a trilayered antenna arrangement. Moreover, a pigment-binding subunit, L, which has not been identified in any other previously characterized PSI-LHCI supercomplexes, was determined in PSI-iFCPI, presumably facilitating the interactions and energy transfer between peripheral iFCPIs and the PSI core. Calculation of excitation energy transfer rates by computational simulations revealed that the intricate pigment network formed within PSI-iFCPI ensures efficient transfer of excitation energy. Overall, our study provides a solid structural foundation for understanding the light-harvesting and energy transfer mechanisms in haptophyte PSI-iFCPI and provides insights into the evolution and structural variations of red-lineage PSI-LHCIs.
履歴
登録2024年4月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: iFCPI-7
B: iFCPI-1
C: iFCPI-11
D: iFCPI-6
E: iFCPI-5
F: iFCPI-8
G: iFCPI-13
H: iFCPI-10
I: iFCPI-3
J: iFCPI-9
K: iFCPI-4
L: iFCPI-12
M: iFCPI-15/14/16
N: iFCPI-17
O: iFCPI-20/19/21
P: iFCPI-15/14/16
Q: iFCPI-18
R: iFCPI-20/19/21
S: iFCPI-22
T: iFCPI-20/19/21
U: iFCPI-2
V: L-iFP
W: iFCPI-15/14/16
a: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
b: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
c: Photosystem I iron-sulfur center
d: Photosystem I reaction center subunit II
e: PsaE
f: Photosystem I reaction center subunit III
i: Photosystem I reaction center subunit VIII
j: Photosystem I reaction center subunit IX
k: PsaK
l: Photosystem I reaction center subunit XI
m: Photosystem I reaction center subunit XII
r: PsaR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,180,902552
ポリマ－781,61935
非ポリマー399,283517
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 23種, 27分子 ABCDEFGHIJKLMPWNORTQSUVcekr

#1: タンパク質 iFCPI-7


分子量: 22841.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物)
#2: タンパク質 iFCPI-1


分子量: 22262.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物)
#3: タンパク質 iFCPI-11


分子量: 21889.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物)
#4: タンパク質 iFCPI-6


分子量: 26300.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物)
#5: タンパク質 iFCPI-5


分子量: 21683.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物)
#6: タンパク質 iFCPI-8


分子量: 25390.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物)
#7: タンパク質 iFCPI-13


分子量: 20749.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物)
#8: タンパク質 iFCPI-10


分子量: 21410.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物)
#9: タンパク質 iFCPI-3


分子量: 21055.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物)
#10: タンパク質 iFCPI-9


分子量: 20788.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物)
#11: タンパク質 iFCPI-4


分子量: 21735.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物)
#12: タンパク質 iFCPI-12


分子量: 24225.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物)
#13: タンパク質 iFCPI-15/14/16


分子量: 23142.912 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物)
#14: タンパク質 iFCPI-17


分子量: 23706.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物)
#15: タンパク質 iFCPI-20/19/21


分子量: 21494.846 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物)
#16: タンパク質 iFCPI-18


分子量: 20023.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物)
#17: タンパク質 iFCPI-22


分子量: 25384.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物)
#18: タンパク質 iFCPI-2


分子量: 21908.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物)
#19: タンパク質 L-iFP


分子量: 12567.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物)
#22: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8795.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物) / 参照: UniProt: A0A7D4X9R7, photosystem I
#24: タンパク質 PsaE


分子量: 12835.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物)
#28: タンパク質 PsaK


分子量: 9484.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物)
#31: タンパク質 PsaR


分子量: 13750.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物)

-
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 ab

#20: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PSI-A / PsaA


分子量: 83558.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物) / 参照: UniProt: A0A7D4XMT1, photosystem I
#21: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PSI-B / PsaB


分子量: 82181.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物) / 参照: UniProt: A0A7D4X9X4, photosystem I

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 6種, 6分子 dfijlm

#23: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II


分子量: 15882.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物) / 参照: UniProt: A0A7D4XG42
#25: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III / PSI-F


分子量: 20218.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物) / 参照: UniProt: A0A7D4XMU0
#26: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI-I


分子量: 3943.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物) / 参照: UniProt: A0A7D4X9U5
#27: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-J


分子量: 4506.288 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物) / 参照: UniProt: A0A7D4X9Y3
#29: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI / PSI subunit V / PSI-L


分子量: 15477.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物) / 参照: UniProt: A0A7D5B6G5
#30: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M


分子量: 3149.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Isochrysis galbana (真核生物) / 参照: UniProt: A0A7D4XMW6

-
糖 , 2種, 7分子

#38: 糖
ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#40: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 10種, 510分子

#32: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#33: 化合物...
ChemComp-KC2 / Chlorophyll c2


分子量: 608.926 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H28MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#34: 化合物...
ChemComp-DD6 / (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol / Diadinoxanthin


分子量: 582.855 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#35: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#36: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#37: 化合物...
ChemComp-A86 / (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate / Fucoxanthin


分子量: 658.906 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H58O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#39: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#41: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#42: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#43: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Photosystem I of haptophyte / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#31 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Isochrysis galbana (真核生物)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 148236 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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