PDB-8z0x: Crystal structure of glyoxylate reductase from Acetobacter aceti ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8z0x

タイトル

Crystal structure of glyoxylate reductase from Acetobacter aceti in the apo form

要素

3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / glyoxylate reductase apo form

機能・相同性

機能・相同性情報

organic acid catabolic process / NAD binding / NADP binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Acetobacter aceti (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Majumder, T.R. / Yoshizawa, T. / Inoue, M. / Aono, R. / Matsumura, H. / Mihara, H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the mechanism underlying the dual cofactor specificity of glyoxylate reductase from Acetobacter aceti in the beta-hydroxyacid dehydrogenase family.
著者: Majumder, T.R. / Yoshizawa, T. / Inoue, M. / Aono, R. / Matsumura, H. / Mihara, H.

履歴

登録	2024年4月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8z0x.cif.gz	511.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8z0x.ent.gz	334.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8z0x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8z0x_validation.pdf.gz	504.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8z0x_full_validation.pdf.gz	529.7 KB	表示
XML形式データ	8z0x_validation.xml.gz	93.9 KB	表示
CIF形式データ	8z0x_validation.cif.gz	126.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/8z0x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/8z0x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8z9fC 8z9gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase

B: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase

C: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase

D: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase

E: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase

F: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase

G: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase

H: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase

264 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase

B: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase

C: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase

D: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
132 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase

F: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase

G: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase

H: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
132 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.454, 191.880, 117.846
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.990, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase 分子量: 32989.816 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acetobacter aceti (バクテリア) / 遺伝子: ghr, AAJCM20276_07180 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6S6PLJ6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.4M MES, 0.2M CaCl2, 15% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→48.18 Å / Num. obs: 330996 / % possible obs: 99.38 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 13.64 Å² / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1753 / R_pim(I) all: 0.07217 / R_rim(I) all: 0.1898 / Net I/σ(I): 25.63
反射シェル	解像度: 1.6→1.657 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.6553 / Mean I/σ(I) obs: 7.17 / Num. unique obs: 32100 / CC_1/2: 0.769 / CC star: 0.932 / R_pim(I) all: 0.3395 / R_rim(I) all: 0.7428 / % possible all: 96.54

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→48.18 Å / SU ML: 0.1524 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.7029
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2207	16539	5 %
R_work	0.2015	314315	-
obs	0.2025	330854	99.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15620	0	0	1196	16816

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0065	15867
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9648	21548
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0539	2590
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0089	2800
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.3148	2271

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.2347	507	0.202	9690	X-RAY DIFFRACTION	92.73
1.62-1.64	0.2288	540	0.1981	10318	X-RAY DIFFRACTION	97.11
1.64-1.66	0.2287	549	0.1939	10416	X-RAY DIFFRACTION	99.76
1.66-1.68	0.2198	552	0.183	10496	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.68-1.7	0.2247	556	0.1856	10557	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.7-1.72	0.2168	551	0.18	10472	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.72-1.75	0.2153	557	0.1799	10583	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.75-1.77	0.2091	552	0.1844	10483	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.77-1.8	0.2047	556	0.192	10568	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.8-1.83	0.2208	553	0.1948	10511	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.83-1.86	0.2314	554	0.2047	10537	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.86-1.9	0.2274	553	0.2111	10505	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.9-1.93	0.2317	553	0.2062	10511	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.93-1.97	0.2318	556	0.2072	10553	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.97-2.02	0.2382	552	0.2036	10480	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.02-2.06	0.2216	555	0.1992	10548	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.06-2.11	0.2358	551	0.2008	10487	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.11-2.17	0.2182	551	0.1983	10461	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.17-2.24	0.2161	553	0.1939	10517	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.24-2.31	0.2318	554	0.1972	10511	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.31-2.39	0.2307	553	0.2002	10525	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.39-2.49	0.2017	551	0.2016	10458	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.49-2.6	0.2111	553	0.2012	10507	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.6-2.74	0.2218	554	0.1985	10520	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.74-2.91	0.2501	551	0.2103	10469	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.91-3.13	0.2093	552	0.2078	10484	X-RAY DIFFRACTION	99.37
3.13-3.45	0.2216	552	0.2108	10498	X-RAY DIFFRACTION	99.25
3.45-3.95	0.2228	554	0.199	10515	X-RAY DIFFRACTION	99.57
3.95-4.97	0.1986	555	0.1925	10554	X-RAY DIFFRACTION	99.51
4.97-48.18	0.2212	559	0.2248	10581	X-RAY DIFFRACTION	99.03

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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