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万見
- PDB-8z0o: Cryo-EM structure of chitin synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z0o
タイトルCryo-EM structure of chitin synthase
要素chitin synthase
キーワードTRANSFERASE / chitin synthase / membrane-integrated glycosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


chitin synthase / chitin synthase activity / chitin biosynthetic process / cell wall organization / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fungal chitin synthase / Chitin synthase / Chitin synthase / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
: / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Chitin synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Phytophthora sojae strain P6497 (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zhang, X. / Niu, S. / Li, P. / Bi, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2024
タイトル: Chitin Translocation Is Functionally Coupled with Synthesis in Chitin Synthase.
著者: Suhao Niu / Lei Qi / Xiaoyue Zhang / Dongfang He / Pengwei Li / Hao Wang / Yunchen Bi /
要旨: Chitin, an extracellular polysaccharide, is synthesized by membrane-embedded chitin synthase (CHS) utilizing intracellular substrates. The mechanism of the translocation of synthesized chitin across ...Chitin, an extracellular polysaccharide, is synthesized by membrane-embedded chitin synthase (CHS) utilizing intracellular substrates. The mechanism of the translocation of synthesized chitin across the membrane to extracellular locations remains unresolved. We prove that the chitin synthase from (CHS) is a processive glycosyltransferase, which can rapidly produce and tightly bind with the highly polymerized chitin. We further demonstrate that CHS is a bifunctional enzyme, which is necessary and sufficient to translocate the synthesized chitin. CHS was purified and then reconstituted into proteoliposomes (PLs). The nascent chitin is generated and protected from chitinase degradation unless detergent solubilizes the PLs, showing that CHS translocates the newly produced chitin into the lumen of the PLs. We also attempted to resolve the CHS structure of the synthesized chitin-bound state, although it was not successful; the obtained high-resolution structure of the UDP/Mn-bound state could still assist in describing the characterization of the CHS's transmembrane channel. Consistently, we demonstrate that CHS is indispensable and capable of translocating chitin in a process that is tightly coupled to chitin synthesis.
履歴
登録2024年4月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月4日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月4日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月4日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: chitin synthase
B: chitin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,0916
ポリマ－209,1732
非ポリマー9184
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 chitin synthase


分子量: 104586.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phytophthora sojae strain P6497 (真核生物)
遺伝子: PHYSODRAFT_557500 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: G4Z2L3, chitin synthase
#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: a membrane-integrated glycosyltransferase that transfers GlcNAc from UDP-GlcNAc to a growing chitin chain
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 103 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Phytophthora sojae strain P6497 (真核生物)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 561823 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00413404
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.60818206
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.3721888
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.042002
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052292

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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