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- PDB-8z0n: Structure and dynamics of Drk-SH2 domain and its site-specific in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z0n
タイトルStructure and dynamics of Drk-SH2 domain and its site-specific interaction with Sev
要素Growth factor receptor-bound protein 2
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Src homology 2 / Drosophila / Downstream receptor kinase / Sev / Growth factor receptor-bound protein 2 / solution structure / dynamics
機能・相同性
機能・相同性情報


PI3K Cascade / Generation of second messenger molecules / PI-3K cascade:FGFR1 / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR3 / PI-3K cascade:FGFR4 / Erythropoietin activates RAS / Signaling by CSF3 (G-CSF) / SOS-mediated signalling / Signaling by SCF-KIT ...PI3K Cascade / Generation of second messenger molecules / PI-3K cascade:FGFR1 / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR3 / PI-3K cascade:FGFR4 / Erythropoietin activates RAS / Signaling by CSF3 (G-CSF) / SOS-mediated signalling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signalling to RAS / Downstream signal transduction / DAP12 signaling / SHC-related events triggered by IGF1R / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / FCERI mediated Ca+2 mobilization / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR1 signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / FRS-mediated FGFR2 signaling / SHC-mediated cascade:FGFR3 / FRS-mediated FGFR3 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signal attenuation / Insulin receptor signalling cascade / RET signaling / FLT3 Signaling / FCERI mediated MAPK activation / PIP3 activates AKT signaling / GAB1 signalosome / PI3K events in ERBB2 signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / sevenless binding / SHC1 events in ERBB4 signaling / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / torso signaling pathway / NCAM signaling for neurite out-growth / tracheal outgrowth, open tracheal system / Spry regulation of FGF signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Regulation of signaling by CBL / RAF/MAP kinase cascade / EGFR downregulation / RHOU GTPase cycle / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / epithelial cell migration, open tracheal system / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / R7 cell fate commitment / sevenless signaling pathway / follicle cell of egg chamber development / Clathrin-mediated endocytosis / imaginal disc-derived wing morphogenesis / olfactory learning / COP9 signalosome / short-term memory / epidermal growth factor receptor binding / regulation of MAPK cascade / associative learning / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of cell size / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / phosphotyrosine residue binding / positive regulation of TORC1 signaling / sensory perception of sound / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / epidermal growth factor receptor signaling pathway / insulin receptor signaling pathway / presynapse / signaling receptor complex adaptor activity / Ras protein signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / signal transduction / protein-containing complex / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Grb2-like / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth factor receptor-bound protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Sayeesh, P.M. / Mayumi, I. / Inomata, K. / IKeya, T. / Ito, Y.
資金援助 日本, 9件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyCREST:JPMJCR13M3 日本
Japan Science and TechnologyCREST;JPMJCR21E5 日本
Japan Science and TechnologyJP15K06979 日本
Japan Science and TechnologyJP19H05645 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP26102538 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP25120003 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP16H00779 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP21K06114 日本
Japan Science and TechnologyJP15K0979 日本
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2024
タイトル: Structure and Dynamics of Drk-SH2 Domain and Its Site-Specific Interaction with Sev Receptor Tyrosine Kinase.
著者: Sayeesh, P.M. / Iguchi, M. / Inomata, K. / Ikeya, T. / Ito, Y.
履歴
登録2024年4月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth factor receptor-bound protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7391
ポリマ－10,7391
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Growth factor receptor-bound protein 2 / Downstream of receptor kinase / Protein enhancer of sevenless 2B


分子量: 10739.168 Da / 分子数: 1 / 断片: SH2 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: drk, E(sev)2B, Grb2, CG6033 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Codon-Plus RIPL / 参照: UniProt: Q08012
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic113C-seperated NOESY
121isotropic115N-seperated NOESY
131isotropic12D 1H-15N HSQC
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HN(CA)CO
161isotropic13D HNCA
171isotropic13D HN(CO)CA
181isotropic13D CBCA(CO)NH
191isotropic13D CBCANH
1101isotropic13D CC(CO)NH
1111isotropic13D H(CCO)NH
1121isotropic12D 1H-13C HSQC
1131isotropic13D HBHA(CO)NH
1151isotropic13D HN(CO)CA
1141isotropic13D HN(CA)CO
1161isotropic13D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1300 uM [U-10% 13C; U-100% 15N] SH2 domain of Drk adaptor protein, 90% H2O/10% D2O13C15N_sample90% H2O/10% D2O
solution2300 uM [U-100% 15N] SH2 domain of Drk adaptor protein, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMSH2 domain of Drk adaptor protein[U-10% 13C; U-100% 15N]1
300 uMSH2 domain of Drk adaptor protein[U-100% 15N]2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1200 mM13C15N_Sample7.4AMBIENT atm298 K
2200 mM15N_Sample7.4AMBIENT atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Azara2.8Boucher解析
CcpNmr Analysis2.5.1CCPNchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
TopSpinBruker Biospincollection
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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