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- PDB-8yzs: Structure of the NACC1 BEN domain in complex with its target DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yzs
タイトルStructure of the NACC1 BEN domain in complex with its target DNA
要素
  • CATG-containing DNA
  • Nucleus accumbens-associated protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / NACC1 / BEN domain
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / histone deacetylase binding / cell junction / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm ...DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / histone deacetylase binding / cell junction / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BEN domain / BEN domain / BEN domain profile. / BEN / : / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nucleus accumbens-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Ren, J. / Wang, Z.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071204 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32125008 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32100977 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Structural basis of DNA recognition by BEN domain proteins reveals a role for oligomerization in unmethylated DNA selection by BANP.
著者: Ren, J. / Wang, J. / Ren, Y. / Zhang, Y. / Wei, P. / Wang, M. / Zhang, Y. / Li, M. / Yuan, C. / Gong, H. / Jiang, J. / Wang, Z.
履歴
登録2024年4月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleus accumbens-associated protein 1
B: Nucleus accumbens-associated protein 1
C: Nucleus accumbens-associated protein 1
D: Nucleus accumbens-associated protein 1
E: CATG-containing DNA
F: CATG-containing DNA
G: CATG-containing DNA
H: CATG-containing DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,6198
ポリマ－76,6198
非ポリマー00
水2,378132
1
A: Nucleus accumbens-associated protein 1
E: CATG-containing DNA
F: CATG-containing DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5023
ポリマ－22,5023
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area11130 Å2
手法PISA
2
B: Nucleus accumbens-associated protein 1
G: CATG-containing DNA
H: CATG-containing DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5023
ポリマ－22,5023
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3030 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10580 Å2
手法PISA
3
C: Nucleus accumbens-associated protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8071
ポリマ－15,8071
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6840 Å2
手法PISA
4
D: Nucleus accumbens-associated protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8071
ポリマ－15,8071
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.126, 83.883, 133.845
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質
Nucleus accumbens-associated protein 1 / NAC-1 / BTB/POZ domain-containing protein 14B


分子量: 15807.461 Da / 分子数: 4 / 断片: BEN domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NACC1, BTBD14B, NAC1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96RE7
#2: DNA鎖
CATG-containing DNA


分子量: 3347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M imidazole at pH of 7.0 and 12% (w/v) polyethylene glycol 20,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 38861 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 44.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 1.096 / Num. unique obs: 1926

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.31→28.83 Å / SU ML: 0.3201 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.2 / 位相誤差: 26.9913 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2423 1938 5 %
Rwork0.206 36803 -
obs0.2079 38741 99.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→28.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3834 888 0 132 4854
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00944892
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09286782
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0602756
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007732
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.90761907
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.31-2.360.36931220.27992418X-RAY DIFFRACTION93.55
2.36-2.430.32111690.26322594X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.50.32411400.25132594X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.580.32651340.24492622X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.670.3011200.24582623X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.780.27881360.24012629X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.910.35131210.25532625X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.060.32231230.24682631X-RAY DIFFRACTION100
3.06-3.250.24641360.23662648X-RAY DIFFRACTION99.75
3.25-3.50.24841230.21622633X-RAY DIFFRACTION99.28
3.5-3.850.24221430.19692645X-RAY DIFFRACTION99.86
3.85-4.410.20091550.17582658X-RAY DIFFRACTION100
4.41-5.550.2081540.16892673X-RAY DIFFRACTION99.96
5.55-28.830.19641620.17472810X-RAY DIFFRACTION99.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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