PDB-8yzq: Toxascaris leonina galectin (Tl-gal) W77F/W212F oligomer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yzq

タイトル

Toxascaris leonina galectin (Tl-gal) W77F/W212F oligomer

要素

Galectin

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / galectin / Tl-gal / mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

galactoside binding / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxascaris leonina (ゆうえんかいちゅう)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Ha, M.S. / Jang, S.B. / Jeong, M.S.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Structure of mutant tl-galectin
著者: Ha, M.S. / Jang, S.B. / Jeong, M.S.

履歴

登録	2024年4月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yzq.cif.gz	540.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yzq.ent.gz	357.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yzq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/8yzq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/8yzq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galectin

B: Galectin

C: Galectin

D: Galectin

E: Galectin

F: Galectin

G: Galectin

H: Galectin

251 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Galectin

登録者が定義した集合体
31.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Galectin

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31.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Galectin

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D: Galectin

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G: Galectin

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8

H: Galectin

登録者が定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	78.519, 82.154, 114.589
Angle α, β, γ (deg.)	90.023, 90.027, 90.012
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Galectin 分子量: 31417.219 Da / 分子数: 8 / 変異: W77F/W212F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Toxascaris leonina (ゆうえんかいちゅう) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1L1QJZ7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 721 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.59 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 10% polyethylene glycol 8000, 100mm sodium/potassium phosphate (pH 6.2), 200mm NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2023年11月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. obs: 138948 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 34.44 Å² / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 2.15→2.17 Å / R_merge(I) obs: 0.076 / Mean I/σ(I) obs: 14.7 / Num. unique obs: 138948

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
HKL-2000		データ収集
Coot		モデル構築
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→28.65 Å / SU ML: 0.3484 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 32.9755

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2863	6841	4.92 %
R_work	0.2341	132078	-
obs	0.2367	138919	89.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→28.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17172	0	0	721	17893

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0089	17580
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0257	23708
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0616	2478
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0062	3138
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.901	10500

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.18	0.3832	62	0.2839	1619	X-RAY DIFFRACTION	32.08
2.18-2.2	0.3598	176	0.2916	4373	X-RAY DIFFRACTION	88.76
2.2-2.23	0.3814	220	0.2824	4286	X-RAY DIFFRACTION	86.69
2.23-2.26	0.3246	222	0.2806	4262	X-RAY DIFFRACTION	88.18
2.26-2.29	0.3637	249	0.2825	4343	X-RAY DIFFRACTION	87.05
2.29-2.32	0.354	255	0.2842	4283	X-RAY DIFFRACTION	86.93
2.32-2.35	0.3728	201	0.2763	4272	X-RAY DIFFRACTION	87.45
2.35-2.39	0.3327	226	0.264	4306	X-RAY DIFFRACTION	87.22
2.39-2.42	0.3343	229	0.2645	4245	X-RAY DIFFRACTION	86.5
2.42-2.46	0.3445	174	0.2643	4329	X-RAY DIFFRACTION	86.85
2.46-2.5	0.394	182	0.2713	4341	X-RAY DIFFRACTION	87.67
2.5-2.55	0.2881	197	0.2761	4335	X-RAY DIFFRACTION	87.83
2.55-2.6	0.3404	243	0.2803	4321	X-RAY DIFFRACTION	87.37
2.6-2.65	0.3617	285	0.2698	4255	X-RAY DIFFRACTION	87.7
2.65-2.71	0.3285	220	0.2664	4381	X-RAY DIFFRACTION	87.96
2.71-2.77	0.3485	230	0.2684	4346	X-RAY DIFFRACTION	88.8
2.77-2.84	0.3231	252	0.2602	4343	X-RAY DIFFRACTION	88.95
2.84-2.92	0.314	208	0.2791	4433	X-RAY DIFFRACTION	89.99
2.92-3.01	0.3402	213	0.254	4520	X-RAY DIFFRACTION	91.19
3.01-3.1	0.2929	247	0.2446	4549	X-RAY DIFFRACTION	92.6
3.1-3.21	0.2743	247	0.2467	4591	X-RAY DIFFRACTION	93.74
3.21-3.34	0.29	305	0.243	4658	X-RAY DIFFRACTION	95.39
3.34-3.49	0.2844	297	0.2403	4693	X-RAY DIFFRACTION	96.78
3.49-3.68	0.2568	254	0.2176	4853	X-RAY DIFFRACTION	97.93
3.68-3.91	0.2692	240	0.2102	4884	X-RAY DIFFRACTION	98.42
3.91-4.21	0.2504	249	0.207	4834	X-RAY DIFFRACTION	98.87
4.21-4.63	0.2574	158	0.1908	4966	X-RAY DIFFRACTION	98.75
4.63-5.3	0.2212	319	0.1893	4775	X-RAY DIFFRACTION	98.89
5.3-6.66	0.2659	276	0.2243	4883	X-RAY DIFFRACTION	99
6.66-28.65	0.2493	205	0.2207	4799	X-RAY DIFFRACTION	96.53

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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