PDB-8yzn: Crystal structural analysis of PaL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yzn

タイトル

Crystal structural analysis of PaL

要素

Lipase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Lipase / Pseudomonas alcaligenes / L-menthol

機能・相同性

機能・相同性情報

triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / dipeptidyl-peptidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas alcaligenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.799 Å

データ登録者

Xu, G. / Wu, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of lipase from Pseudomonas aeruginosa reveals an unusual catalytic triad conformation.
著者: Xu, G. / Guo, H. / Yu, Z. / Wang, S. / Shen, D. / Yang, L. / Wu, J. / Chen, B. / Yu, H.

履歴

登録	2024年4月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
置き換え	2024年4月17日	ID: 8JJ7
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yzn.cif.gz	125.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yzn.ent.gz	90.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yzn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/8yzn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/8yzn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8yzoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lipase

52.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.774, 104.782, 62.372
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-750- HOH
2	1	A-952- HOH

#1: タンパク質	Lipase 分子量: 52821.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas alcaligenes (バクテリア) 遺伝子: lip / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H9MZI2, triacylglycerol lipase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.7 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Disodium malonate 0.1 M, pH7.0 , PEG3350 18%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.799→24.164 Å / Num. obs: 48967 / % possible obs: 96.99 % / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 23.8
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / R_merge(I) obs: 0.47 / Num. unique obs: 49315

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.799→24.164 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 2.087 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.098 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1757	1999	4.082 %
R_work	0.1445	46968	-
all	0.146	-	-
obs	-	48967	96.928 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.238 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.711 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.125 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.586 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.799→24.164 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3732	0	0	552	4284

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.011	3835
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3604
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.511	1.633	5251
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.519	1.56	8273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.527	5	508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.453	5	23
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.545	10	549
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.397	10	150
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	591
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4615
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	881
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	693
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	3224
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	2129
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.217	0.2	413
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.14	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.164	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.218	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.244	1.857	2026
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.244	1.857	2026
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.426	3.328	2533
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.426	3.328	2534
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.159	2.117	1809
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.158	2.117	1810
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.696	3.729	2717
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.695	3.729	2718
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.603	21.283	4463
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.437	19.078	4273

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.799-1.845	0.23	140	0.201	3305	0.202	3674	0.963	0.973	93.767	0.182
1.845-1.896	0.176	141	0.166	3322	0.167	3559	0.979	0.981	97.3026	0.143
1.896-1.95	0.229	139	0.163	3262	0.166	3486	0.966	0.981	97.5617	0.14
1.95-2.01	0.162	135	0.14	3187	0.14	3391	0.982	0.987	97.9652	0.122
2.01-2.075	0.191	131	0.144	3056	0.146	3258	0.975	0.986	97.8207	0.126
2.075-2.147	0.189	129	0.146	3026	0.147	3224	0.98	0.987	97.8598	0.129
2.147-2.228	0.187	119	0.136	2815	0.138	3051	0.978	0.988	96.1652	0.12
2.228-2.318	0.159	119	0.135	2787	0.136	2955	0.984	0.988	98.3418	0.121
2.318-2.42	0.177	113	0.131	2658	0.133	2829	0.98	0.989	97.9498	0.119
2.42-2.537	0.199	110	0.131	2579	0.134	2734	0.978	0.989	98.3541	0.12
2.537-2.672	0.169	104	0.133	2445	0.134	2583	0.982	0.989	98.6837	0.124
2.672-2.832	0.215	97	0.147	2267	0.149	2498	0.974	0.986	94.6357	0.139
2.832-3.025	0.18	92	0.139	2173	0.141	2310	0.982	0.988	98.0519	0.135
3.025-3.263	0.16	88	0.145	2065	0.145	2186	0.982	0.987	98.4904	0.145
3.263-3.568	0.184	82	0.157	1896	0.158	2012	0.983	0.986	98.3101	0.16
3.568-3.978	0.169	73	0.148	1721	0.149	1832	0.982	0.987	97.9258	0.156
3.978-4.573	0.142	63	0.122	1483	0.123	1643	0.99	0.991	94.0962	0.133
4.573-5.552	0.138	55	0.131	1315	0.131	1407	0.993	0.992	97.3703	0.144
5.552-7.652	0.186	44	0.176	1021	0.177	1128	0.984	0.984	94.4149	0.194
7.652-24.164	0.127	25	0.154	585	0.153	726	0.988	0.986	84.022	0.173

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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