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- PDB-8yyq: Structure of the HitB F328L mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yyq
タイトルStructure of the HitB F328L mutant
要素Putative ATP-dependent b-aminoacyl-ACP synthetase
キーワードLIGASE / Hitachimycin / polyketide biosynthesis / ATP binding / adenylation
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / phosphopantetheine binding / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
AMP-binding / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Putative ATP-dependent b-aminoacyl-ACP synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Embleya scabrispora (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Wang, D. / Miyanaga, A. / Chisuga, T. / Kudo, F. / Eguchi, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2024
タイトル: Engineering the Substrate Specificity of (S)-beta-Phenylalanine Adenylation Enzyme HitB.
著者: Wang, D. / Miyanaga, A. / Chisuga, T. / Kudo, F. / Eguchi, T.
履歴
登録2024年4月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ATP-dependent b-aminoacyl-ACP synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1602
ポリマ－59,6421
非ポリマー5191
水4,017223
1
A: Putative ATP-dependent b-aminoacyl-ACP synthetase
ヘテロ分子

A: Putative ATP-dependent b-aminoacyl-ACP synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,3204
ポリマ－119,2832
非ポリマー1,0372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_645y+1,x-1,-z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area38460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.574, 67.574, 196.846
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Putative ATP-dependent b-aminoacyl-ACP synthetase


分子量: 59641.625 Da / 分子数: 1 / 変異: F328L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Embleya scabrispora (バクテリア)
遺伝子: hitB / プラスミド: pColdI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F7R6G7
#2: 化合物 ChemComp-A1L0G / [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl ~{N}-[(3~{S})-3-azanyl-3-(3-cyanophenyl)propanoyl]sulfamate


分子量: 518.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N8O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 / 詳細: PEG 400, calcium acetate, sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月4日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 39053 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.636 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2699 / CC1/2: 0.776 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→43.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 8.767 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2445 1979 5.1 %RANDOM
Rwork0.1886 ---
obs0.1915 37009 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.31 Å2 / Biso mean: 38.115 Å2 / Biso min: 19.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å20.44 Å20 Å2
2--0.89 Å20 Å2
3----2.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→43.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3706 0 36 223 3965
Biso mean--27.02 39.11 -
残基数----484
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0133832
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173652
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8481.6635222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4091.5798385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0825480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.47319.171217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.0415582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4881548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2497
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02879
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 123 -
Rwork0.299 2696 -
all-2819 -
obs--99.79 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 37.609 Å / Origin y: -31.152 Å / Origin z: -19.081 Å
111213212223313233
T0.0303 Å2-0.0054 Å20.0063 Å2-0.1015 Å20.0048 Å2--0.002 Å2
L0.2514 °2-0.1666 °20.3033 °2-0.114 °2-0.2449 °2--0.9467 °2
S-0.0014 Å °0.0382 Å °0.011 Å °-0.0029 Å °-0.0099 Å °-0.0075 Å °0.0194 Å °-0.1273 Å °0.0112 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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