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- PDB-8yxb: Crystal structure of the HSA complex with ceftriaxone and myristate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yxb
タイトルCrystal structure of the HSA complex with ceftriaxone and myristate
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / human serum albumin / antibiotics complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / platelet alpha granule lumen / cellular response to starvation / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin
類似検索 - ドメイン・相同性
Ceftriaxone / MYRISTIC ACID / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kawai, A.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20K16060 日本
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Interaction of Cephalosporins with Human Serum Albumin: A Structural Study.
著者: Kawai, A. / Yamasaki, K. / Otagiri, M. / Doi, Y.
履歴
登録2024年4月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,76415
ポリマ－133,1422
非ポリマー3,62113
水3,729207
1
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2687
ポリマ－66,5711
非ポリマー1,6966
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area570 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area28560 Å2
手法PISA
2
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4968
ポリマ－66,5711
非ポリマー1,9257
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area580 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area29060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.893, 93.786, 94.747
Angle α, β, γ (deg.)105.730, 100.030, 89.710
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 66571.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341
発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物 ChemComp-9F2 / Ceftriaxone


分子量: 554.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18N8O7S3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 32% PEG 3350, 50mM potassium phosphate pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→45.1 Å / Num. obs: 63358 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 50.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 17.76
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.714 / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / Num. unique obs: 10070 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→38.26 Å / SU ML: 0.3595 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 31.6258
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2642 3165 5 %
Rwork0.2331 60142 -
obs0.2346 63307 98.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8855 0 230 207 9292
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00149249
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.386212485
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03311393
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00331625
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9663481
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.230.36031320.32732509X-RAY DIFFRACTION94.19
2.23-2.270.40671360.33322587X-RAY DIFFRACTION96.77
2.27-2.30.3221390.31362639X-RAY DIFFRACTION97.78
2.3-2.340.30291350.28512561X-RAY DIFFRACTION97.75
2.34-2.390.3271360.29012585X-RAY DIFFRACTION97.28
2.39-2.430.30661410.28742673X-RAY DIFFRACTION97.61
2.43-2.480.31221350.28532571X-RAY DIFFRACTION98.08
2.48-2.530.39031360.27772601X-RAY DIFFRACTION97.61
2.54-2.590.33951400.29482646X-RAY DIFFRACTION97.65
2.59-2.660.34111340.29282558X-RAY DIFFRACTION98.57
2.66-2.730.33011380.28932616X-RAY DIFFRACTION97.83
2.73-2.810.29761390.29732633X-RAY DIFFRACTION98.26
2.81-2.90.32291360.28812601X-RAY DIFFRACTION98.49
2.9-3.010.3271400.28332656X-RAY DIFFRACTION98.31
3.01-3.130.3421360.27952583X-RAY DIFFRACTION98.66
3.13-3.270.30371410.26742681X-RAY DIFFRACTION98.81
3.27-3.440.30971350.26942566X-RAY DIFFRACTION98.61
3.44-3.660.28731400.23672656X-RAY DIFFRACTION99.11
3.66-3.940.23651400.22042670X-RAY DIFFRACTION98.87
3.94-4.330.21351390.19892640X-RAY DIFFRACTION98.97
4.33-4.960.22011380.18932622X-RAY DIFFRACTION99.32
4.96-6.240.24551390.21142648X-RAY DIFFRACTION99.36
6.24-38.260.1921400.17032640X-RAY DIFFRACTION98.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.74500483495-1.586359123921.274228623424.15456877011-1.667531658072.932811707820.00173752807542-0.0246143312536-0.127105765411-0.1155711159910.00530819683060.0420578275229-0.0500557827466-0.124380955848-0.02667635755490.421681768012-0.03630971144690.04904689489180.314820182125-0.03505052935880.375847817788-2.425-3.423-22.398
20.846714492316-0.981135781514-0.1286488712115.259477811791.593532347671.7266195417-0.164270347501-0.145583299530.07588322822490.2071959664370.205195345762-0.609592147785-0.1592843041060.0963187823007-0.07054478458680.435537749173-0.0183980611727-0.0802976657680.412516290131-0.01531907109690.427601708721.57515.2313.524
31.715537132461.181679990180.1606874264144.862689287170.03175299515162.35941999244-0.0704587089611-0.0662193944921-0.4807810207540.3342227341190.114070197189-0.05603379172910.459963515602-0.191643378091-0.05262852960840.891276993028-0.0393214960613-0.0991437640670.5715256759830.04391862598690.805758864044-6.202-12.43617.231
40.781512137086-0.006157014487430.2900116584081.139715134570.7471008382921.42941010113-0.01801638670270.0203458495324-0.00165002595150.1602228094310.0212566634458-0.1566240744770.0654426147253-0.01166898605486.197008069440.4066366774270.0271472690159-0.04449777413480.3643430383540.02828395140090.46676840889820.20944.752-15.794
51.13580188858-1.02806797744-0.5092235802748.76370897949-0.4620678661531.900540731450.0651513878810.1072167511540.317214104193-0.3456498950030.03337386188810.131684921427-0.509506282312-0.238342292259-0.07795141210230.5051365308390.03325837483360.04835526619970.5436886378920.002552995618110.39810862189413.4951.004-46.908
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:173 )A3 - 173
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 174:373 )A174 - 373
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 374:581 )A374 - 581
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 3:305 )B3 - 305
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 306:584 )B306 - 584

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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