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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8yvw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of D12N mutant of L-azetidine-2-carboxylate hydrolase | ||||||
要素 | (S)-2-haloacid dehalogenase(S)-2-haloacid dehalogenase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / azetidine-2-carboxylate / dehalogenase / alpha/beta hydrolase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas sp. A2C (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.19 Å | ||||||
データ登録者 | Toyoda, M. / Mizutani, K. / Mikami, B. / Wackett, L.P. / Esaki, N. / Kurihara, T. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Research for the crystal structure of L-azetidine-2-carboxylate hydrolase 著者: Toyoda, M. / Jitsumori, K. / Mikami, B. / Mizutani, K. / Esaki, N. / Wackett, L.P. / Kurihara, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8yvw.cif.gz | 162.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8yvw.ent.gz | 105.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8yvw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/8yvw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/8yvw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8ywoC 3smvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | ( 分子量: 27145.578 Da / 分子数: 1 / 変異: D12N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. A2C (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR / 参照: UniProt: B2Z3V8, (S)-2-haloacid dehalogenase | ||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-IMD / | #4: 化合物 | ChemComp-MG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.17 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M magnesium formate, 0.1 M imidazole/HCl buffer, pH8.0, 5 mM L-azetidine-2-carboxylate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.19→39.52 Å / Num. obs: 76136 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 9.54 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 37.06 |
反射 シェル | 解像度: 1.19→1.26 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 5.26 / Num. unique obs: 10019 / CC1/2: 0.946 / Rrim(I) all: 0.334 / % possible all: 78.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3SMV 解像度: 1.19→20.38 Å / SU ML: 0.1008 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 12.5303 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.19→20.38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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