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- PDB-8yvl: Neuraminidase of A/California/04/2009 HIN1 in complex with CAV-F34 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yvl
タイトルNeuraminidase of A/California/04/2009 HIN1 in complex with CAV-F34 Fab
要素
  • CAV-F34 heavy chain
  • CAV-F34 kappa chain
  • Vasodilator-stimulated phosphoprotein,Neuraminidase
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / influenza virus / neuraminidase / antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


profilin binding / Signaling by ROBO receptors / Cell-extracellular matrix interactions / actin polymerization or depolymerization / filopodium membrane / positive regulation of actin filament polymerization / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / lamellipodium membrane / Generation of second messenger molecules ...profilin binding / Signaling by ROBO receptors / Cell-extracellular matrix interactions / actin polymerization or depolymerization / filopodium membrane / positive regulation of actin filament polymerization / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / lamellipodium membrane / Generation of second messenger molecules / bicellular tight junction / axon guidance / viral budding from plasma membrane / neural tube closure / SH3 domain binding / actin cytoskeleton / actin binding / protein homotetramerization / carbohydrate metabolic process / postsynapse / cadherin binding / focal adhesion / host cell plasma membrane / virion membrane / glutamatergic synapse / extracellular exosome / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vasodilator-stimulated phosphoprotein/ENA/VASP-like / VASP tetramerisation / VASP tetramerisation domain superfamily / VASP tetramerisation domain / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 ...Vasodilator-stimulated phosphoprotein/ENA/VASP-like / VASP tetramerisation / VASP tetramerisation domain superfamily / VASP tetramerisation domain / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Neuraminidase / Vasodilator-stimulated phosphoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Wang, X. / Ge, J. / Li, X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Neuraminidase of A/California/04/2009 HIN1 in complex with CAV-F34 Fab
著者: Wang, X. / Ge, J. / Li, X.
履歴
登録2024年3月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vasodilator-stimulated phosphoprotein,Neuraminidase
B: Vasodilator-stimulated phosphoprotein,Neuraminidase
C: Vasodilator-stimulated phosphoprotein,Neuraminidase
D: Vasodilator-stimulated phosphoprotein,Neuraminidase
E: CAV-F34 kappa chain
F: CAV-F34 kappa chain
G: CAV-F34 kappa chain
H: CAV-F34 kappa chain
I: CAV-F34 heavy chain
J: CAV-F34 heavy chain
K: CAV-F34 heavy chain
L: CAV-F34 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)309,51733
ポリマ－306,50212
非ポリマー3,01521
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Vasodilator-stimulated phosphoprotein,Neuraminidase / VASP


分子量: 51660.816 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence reference for Influenza A virus (A/California/04/2009(H1N1) (TAX ID 641501) is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt ID TR: ...詳細: Sequence reference for Influenza A virus (A/California/04/2009(H1N1) (TAX ID 641501) is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt ID TR:A0A2R4G842 with TAX ID 11320 (Influenza A virus).
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Influenza A virus (A/California/04/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: VASP, NA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P50552, UniProt: A0A2R4G842, exo-alpha-sialidase
#2: 抗体
CAV-F34 kappa chain


分子量: 11500.826 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体
CAV-F34 heavy chain


分子量: 13463.903 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Neuraminidase of A/California/04/2009 HIN1 in complex with CAV-F34 Fab
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/California/04/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 242813 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00619460
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.69926412
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.6862680
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0522796
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053432

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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